| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,415,382 – 19,415,502 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.600149 |
| Location | 19,415,382 – 19,415,502 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.28 |
| Mean single sequence MFE | -45.10 |
| Consensus MFE | -30.75 |
| Energy contribution | -30.95 |
| Covariance contribution | 0.20 |
| Combinations/Pair | 1.24 |
| Mean z-score | -1.46 |
| Structure conservation index | 0.68 |
| SVM decision value | 0.13 |
| SVM RNA-class probability | 0.600149 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 19415382 120 + 22407834 ACCCAGCCUACAGCUAUUGGCUAUCCAUCAAUGACCUCGGCGAACGGGGCGUAUACGUGUCGGAGGCCACUGGUCUAGAGGCUCCGUUUCUUAACUGGUCCGCCGGAGAGCCGGACAACA .....((((..(((((.(((((.(((..(((((.(((((.....)))))))).....))..)))))))).))).))..))))((((.((((...((((....)))))))).))))..... ( -42.50) >DroVir_CAF1 18097 120 + 1 AUCCGGCGCAGAGCUACUGGCUGUCACUAUAUGACCUGGCCGAAACGGGCGUAUACGCAUCACAGGCGACCGGCACGAAUGCCCAGUUCUUGCGCUGGUCCGCCGGCCAGCCGGACAAUA .((((((....(((.....)))((((.....)))).(((((.....(((((....))).))...((((((((((.(((..((...))..))).)))))).)))))))))))))))..... ( -50.20) >DroSim_CAF1 18947 120 + 1 AUCCAGCCUACAGCUAUUGGCUAUCCAUCAAUGACCUCGGCGAACGGGGCGCAUACGUGUCGGAGGCCACUGGUCUAGAGGCUCCAUUUCUUAACUGGUCCGCCGGAGAGCCGGACAACA .((((((.....)))...((((.(((.((...((((..(((...(((.(((....))).)))...)))...))))..))(((.(((.........)))...)))))).)))))))..... ( -40.80) >DroEre_CAF1 17896 120 + 1 ACCCAGCCUACAGCUAUUGGCUAUCCAUCAAUGACCUCGGCGUUCGAGGCGUAUACGCGUCGCAGGCCACUGGUCUAGAGGCUCCAUUUCUCAACUGGUCCGCCGGAGAGCCGGACAACA ..(((((.....)))...((((.(((.((...((((..(((.(.(((.(((....))).))).).)))...))))..))(((.(((.........)))...)))))).))))))...... ( -43.50) >DroYak_CAF1 18614 120 + 1 AUCCAGCCUACAGCUAUUGGCUAUCCAUCAAUGACCUCGGCGUUCGGGGCGUAUACACGUCGGAGGCCACUGGUCUAGAGGCUCCAUUUCUUAACUGGUCCGCCGGAGAACCGGACAACA .((((((((..(((((.(((((.(((.((((((.(....))))).))(((((....))))))))))))).))).))..)))))....((((...((((....))))))))..)))..... ( -37.70) >DroMoj_CAF1 22627 120 + 1 ACCCAGCGAAGAGCUAUUGGCUAUCGCUCUAUGAGCUGGCCACACCGGGCGUAUACGCAUCGCAGGCAACGGGCAAGGAUGCCCAGUUCCUGCGCUGGUCCGCCGGCCAGCCGGACAACA ..(((((((..(((.....))).)))))....(.(((((((..((((((((....)))..((((((.((((((((....))))).)))))))))))))).....))))))))))...... ( -55.90) >consensus ACCCAGCCUACAGCUAUUGGCUAUCCAUCAAUGACCUCGGCGAACGGGGCGUAUACGCGUCGCAGGCCACUGGUCUAGAGGCUCCAUUUCUUAACUGGUCCGCCGGAGAGCCGGACAACA ..(((((.....)))...((((.(((.....((((((((.....))))(((....)))))))..(((.((((((..(((((.....)))))..))))))..)))))).))))))...... (-30.75 = -30.95 + 0.20)
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