| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,221,396 – 19,221,499 |
| Length | 103 |
| Max. P | 0.913473 |
| Location | 19,221,396 – 19,221,499 |
|---|---|
| Length | 103 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.30 |
| Mean single sequence MFE | -33.52 |
| Consensus MFE | -13.64 |
| Energy contribution | -14.03 |
| Covariance contribution | 0.40 |
| Combinations/Pair | 1.40 |
| Mean z-score | -2.51 |
| Structure conservation index | 0.41 |
| SVM decision value | 1.09 |
| SVM RNA-class probability | 0.913473 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 19221396 103 - 22407834 --GUACGUGGUCGGAAUGAGAUAUGUCAGCCAAGCACCUGCAGAAUCUGAGAUAUUU-----CGAU--------GAAUUGUCAAUUCUUGAAAUUCUUCGGUUAUCUUGUUUUGAUUG --......((((((((..(((((((.(((........)))))....(((((..((((-----(((.--------((((.....)))))))))))..))))).)))))..)))))))). ( -26.30) >DroSec_CAF1 41301 103 - 1 --GUACGUGGUCGGAAUGAGAUAUGUCACUAUGUCACCUGCAGAAUCUGAGAUCUUU-----CGAC--------GAAUUCGGAAUUCUUGCAAUUCAUCGGUUAUCUCGUUUCGAUUG --......(((((((((((((((....((((((.....(((((((((((((.((...-----....--------)).))))).)))).))))...))).)))))))))))))))))). ( -31.30) >DroSim_CAF1 43057 103 - 1 --GUACGUGUUCGGAAUGAGAUAUGUCACCCUGGCACCUGCAGAAUCUGAGAUCUUU-----CGAC--------GAAUUCGGAAUUCUUGCAAUUCAUCGGUUAUCUCGUUUCGAUUG --........(((((((((((((((((.....))))..(((((((((((((.((...-----....--------)).))))).)))).))))..........)))))))))))))... ( -31.20) >DroEre_CAF1 40841 102 - 1 --GUACGUGGUCGGAAUGAGAUAUGUCGGGAUGGCACCUGCAGAAUCUGAGAUCUUU-----CGAC--------GAAUUC-GAAUUCUUGCCAUUCUUCGGCUAUCUCGUUUUGAUUG --......(((((((((((((((.((((((((((((.....(((((.((((.((...-----....--------)).)))-).)))))))))))))..))))))))))))))))))). ( -38.00) >DroYak_CAF1 42762 103 - 1 --GUACGUGGUCGGAAUGAGAUAUGCCAGAAUGGCACCUGCAGAAUCUGAGAUCGUU-----CAAC--------GAAUUCUGAAUUCUUGCCAUUCUUCGGUUAUCUCGUUUUGAUUG --......(((((((((((((((.((((((((((((.....((((((.(((.(((..-----...)--------)).))).).))))))))))))))..)))))))))))))))))). ( -39.70) >DroPer_CAF1 49928 113 - 1 GGGUACGUGAUCUGAUUGAGUUAUGGGUGGAUGGCACCUGCAGCAG-----AUUGCUACUCGCAACUGGAUGGUGGAGUGGAGACAUUAGACAAUCCUCUGGGAUCACAAUUUAAUUG ......(((((((......(((..(((((.....)))))..)))((-----(((((.....))))..((((.((..((((....))))..)).))))))).))))))).......... ( -34.60) >consensus __GUACGUGGUCGGAAUGAGAUAUGUCAGCAUGGCACCUGCAGAAUCUGAGAUCUUU_____CGAC________GAAUUCGGAAUUCUUGCAAUUCUUCGGUUAUCUCGUUUUGAUUG ........(((((((((((((((.(((......((....)).................................(((((...)))))............)))))))))))))))))). (-13.64 = -14.03 + 0.40)
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