| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,183,188 – 19,183,303 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.625339 |
| Location | 19,183,188 – 19,183,303 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.78 |
| Mean single sequence MFE | -45.27 |
| Consensus MFE | -27.44 |
| Energy contribution | -28.87 |
| Covariance contribution | 1.42 |
| Combinations/Pair | 1.33 |
| Mean z-score | -1.65 |
| Structure conservation index | 0.61 |
| SVM decision value | 0.19 |
| SVM RNA-class probability | 0.625339 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 19183188 115 + 22407834 --A---GCAAAGGGAUGUGCACUUUGCCUACUCGGUGACUUUGCUUCACCACGGCUAUGUGGUGCACUGCGUCAUGCCCGGUGUGCCGUGGCAAAAGGCCCGUCUGCUGAGGCCAACAUU --.---((((((.........))))))...(((((((((...((..(((((((....)))))))....))(((.(((((((....))).))))...)))..))).))))))......... ( -41.50) >DroVir_CAF1 16648 117 + 1 GCA---GCAGCAGGAUGUGCACUUUGCAUACUCUGUUUCGCUGCUGCAUCACGGCUGUGUGCUGCACUGCGUCAUGCCGGGCGUGCCCUGGCAUAAGGCACGUCUGCUGCGUCCCACCUU (((---(((((((..(((((.....)))))..)))))..))))).(((.((((((.((((((......))).)))))))((((((((.........)))))))))).))).......... ( -50.20) >DroGri_CAF1 16671 117 + 1 GCA---GCAGCAGGAUGUCCAUUUUGCCUACUCCGUUUCGCUGUUGCAUCACGGCUGUGUGGUGCACUGCGUCAUGCCCGGUGUGCCCUGGCAUAAGGCACGCCUCUUGCGUCCCACAUU (((---(((((..((((................))))..))))))))........((((.((((((..((((...(((...(((((....))))).)))))))....)))).)))))).. ( -41.59) >DroWil_CAF1 82762 118 + 1 --AUGUGCAGCAGGAUGUGCACUUUGCCUAUUCGGUAACACUGCUCCAUCAUGGCUGUGUGGUUCAUUGUGUUAUGCCGGGUGUACCCUGGCAAAAGGCGCGUUUAUUGCGCCCAACUUU --..(..((((..((((.(((..(((((.....)))))...)))..))))...))))..)((((..........(((((((.....)))))))...((((((.....)))))).)))).. ( -42.90) >DroMoj_CAF1 18767 116 + 1 -AA---GCAGCAGGAUGUGCACUUUGCCUACUCCGUGUCGCUGUUGCAUCACGGAUGUGUGGUGCACUGCGUCAUGCCGGGCGUGCCCUGGCACAAGGCGCGCCUGCUGCGUCCCACCUU -..---((((((((..(((((((.....(((((((((..((....))..)))))).))).))))))).(((((.(((((((....))).))))...))))).)))))))).......... ( -60.30) >DroAna_CAF1 45774 115 + 1 --A---GCAGAAGGGCGUGCACUUUGCCUACUCGGUGACCCUGCUGCAUCAUGGAUGUGUGGUGCACUGCGUCAUGCCUGGCGUUCCUUGGACGAAAGCUCGCUUGUUAAGACCCACAUU --.---((((.((((....((((..(....)..)))).)))).))))......((((((.((((((..(((....((.(..((((.....))))..))).))).)))....))))))))) ( -35.10) >consensus __A___GCAGCAGGAUGUGCACUUUGCCUACUCGGUGACGCUGCUGCAUCACGGCUGUGUGGUGCACUGCGUCAUGCCGGGCGUGCCCUGGCAAAAGGCACGCCUGCUGCGUCCCACAUU ......(((...((((((((..............(((.(((.(.(((((((((....)))))))))).))).)))((((((....))).))).....))))))))..))).......... (-27.44 = -28.87 + 1.42)
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