Locus 6804

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,021,908 – 19,022,028
Length 120
Max. P 0.999464
window10861

overview

Window 1

Location 19,021,908 – 19,022,028
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.00
Mean single sequence MFE -35.14
Consensus MFE -32.58
Energy contribution -32.70
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.23
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 3.63
SVM RNA-class probability 0.999464
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19021908 120 - 22407834
GCUCUUUUUACAGACGAUGAGUGGCAUCACAUGGCUGUGCCGCAUUGUCGGUAUUCAUAUAUCAAGAGCUGGUUACAUUAUGUGGCAAACUCCAAUGAUGUGACUUAAAGGGACGACUUA
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>DroSec_CAF1 25957 120 - 1
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>DroSim_CAF1 23543 120 - 1
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>DroEre_CAF1 24118 120 - 1
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((((((.......(((((..(((((((.((...)).)))))))))))).((((......)))))))))).(((((((((((.(((......))))))))))))))............... ( -33.90)
>DroYak_CAF1 20136 120 - 1
GCUCUUUUUACAGACGAUGAGUGGCAUCACAUGGUUGUGCCACAUUGUGGGUAUUCAUAUAUCAAGAGCCGGUAACAUUAUGUGGCAAACUCCAAUAUUGUGACUUGAAGAAAGGACUUA
(..((((((.(((((((((.(((....))).(((...((((((((.((((((((....)))))....(....)..))).))))))))....))).))))))...))).))))))..)... ( -29.00)
>consensus
GCUCUUUUUACAGACGAUGAGUGGCAUCACAUGGCUGUGCCACAUUGUGGGUAUUCAUAUAUCAAGAGCUGGUUACAUUAUGUGGCAAACUCCAAUAAUGUGACUUAAAGAGAGGACUUA
((((((.......(((((..((((((.((......))))))))))))).(((((....))))))))))).(((((((((((.(((......))))))))))))))............... (-32.58 = -32.70 +   0.12)

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