Locus 6583

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 18,508,767 – 18,508,927
Length 160
Max. P 0.993043
window10500 window10501 window10502 window10503

overview

Window 0

Location 18,508,767 – 18,508,887
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.00
Mean single sequence MFE -45.52
Consensus MFE -38.47
Energy contribution -38.85
Covariance contribution 0.38
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.45
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.604116
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18508767 120 + 22407834
CUUCAUCACGCACGGCGGUAUUUUUGGAACCCAGGAGGGUAUUUACUGGGGUGUUCCGAUGCUGUGCGUACCCCUGUACGGGGAUCAGCACCGGAACACUAUUAAAUCGGUGAGGGAGGG
(((((((.(((...))).........((.(((((...........)))))((((((((.(((((......((((.....))))..))))).)))))))).......)))))))))..... ( -46.60)
>DroPse_CAF1 34566 120 + 1
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>DroSec_CAF1 29167 120 + 1
CUUCAUCACGCACGGCGGUAUUUUUGGAACCCAGGAGGGUAUUUACUGGGGUGUUCCGAUGCUGUGCGUACCCCUAUACGGGGAUCAGCACCGGAACACUAUCAAAUCGGUGAGGGAGGG
(((((((.(((...))).....(((((..(((((...........)))))((((((((.(((((......((((.....))))..))))).))))))))..)))))..)))))))..... ( -48.20)
>DroYak_CAF1 29219 120 + 1
CUUCAUCACGCACGGCGGUAUUUUUGGAACCCAGGAGGGUAUCUACUGGGGUGUUCCCAUGCUGUGUGUACCCCUGUACGGGGAUCAGCACCGGAACACUAUCAAAUCGGUUAGGGAGGG
((((.((.(((...))).....(((((..(((((.((.....)).)))))(((((((..(((((......((((.....))))..)))))..)))))))..))))).......)))))). ( -40.40)
>consensus
CUUCAUCACGCACGGCGGUAUUUUUGGAACCCAGGAGGGUAUCUACUGGGGUGUUCCGAUGCUGUGCGUACCCCUGUACGGGGAUCAGCACCGGAACACUAUCAAAUCGGUGAGGGAGGG
((((.((((((......))...(((((..(((((...........)))))((((((((.(((((...((.((((.....))))))))))).))))))))..)))))...)))).)))).. (-38.47 = -38.85 +   0.38)

alignment

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secondary structure

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Window 1

Location 18,508,767 – 18,508,887
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.00
Mean single sequence MFE -42.08
Consensus MFE -36.89
Energy contribution -37.08
Covariance contribution 0.19
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.30
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 1.72
SVM RNA-class probability 0.973811
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18508767 120 - 22407834
CCCUCCCUCACCGAUUUAAUAGUGUUCCGGUGCUGAUCCCCGUACAGGGGUACGCACAGCAUCGGAACACCCCAGUAAAUACCCUCCUGGGUUCCAAAAAUACCGCCGUGCGUGAUGAAG
.....(.((((((........((((((((((((((..((((.....))))......))))))))))))))(((((...........))))).................)).)))).)... ( -41.90)
>DroPse_CAF1 34566 120 - 1
CCCUCCCGCACUGAUUUGAUCGUGUUCCUGUGCUGAUCCCCAUAGAGGGGAAUGCACAGCAUCGGCACGCCCCAAUAGAUGCCCUCCUGGGUGCCAAAGAUCCCUCCGUGGGUGAUAAAG
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>DroSec_CAF1 29167 120 - 1
CCCUCCCUCACCGAUUUGAUAGUGUUCCGGUGCUGAUCCCCGUAUAGGGGUACGCACAGCAUCGGAACACCCCAGUAAAUACCCUCCUGGGUUCCAAAAAUACCGCCGUGCGUGAUGAAG
.....(.((((...((((...((((((((((((((..((((.....))))......))))))))))))))(((((...........)))))...))))......((...)))))).)... ( -42.60)
>DroYak_CAF1 29219 120 - 1
CCCUCCCUAACCGAUUUGAUAGUGUUCCGGUGCUGAUCCCCGUACAGGGGUACACACAGCAUGGGAACACCCCAGUAGAUACCCUCCUGGGUUCCAAAAAUACCGCCGUGCGUGAUGAAG
..............((((...(((((((.((((((..((((.....))))......)))))).)))))))(((((.((.....)).)))))...))))....((((...))).)...... ( -40.20)
>consensus
CCCUCCCUCACCGAUUUGAUAGUGUUCCGGUGCUGAUCCCCGUACAGGGGUACGCACAGCAUCGGAACACCCCAGUAAAUACCCUCCUGGGUUCCAAAAAUACCGCCGUGCGUGAUGAAG
...((.(.(((..(((((...((((((((((((((..((((.....))))......)))))))))))))).....)))))((((....))))...............))).).))..... (-36.89 = -37.08 +   0.19)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 2

Location 18,508,807 – 18,508,927
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.17
Mean single sequence MFE -47.33
Consensus MFE -38.86
Energy contribution -39.80
Covariance contribution 0.94
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.75
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.84
SVM RNA-class probability 0.979586
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18508807 120 + 22407834
AUUUACUGGGGUGUUCCGAUGCUGUGCGUACCCCUGUACGGGGAUCAGCACCGGAACACUAUUAAAUCGGUGAGGGAGGGCUAUGCCCGAUCGCUGGUGUUCUCCAAACUCACCACUGAU
.........(((((((((.(((((......((((.....))))..))))).)))))))))........(((((((((((((...((......))....)))))))...))))))...... ( -49.70)
>DroPse_CAF1 34606 120 + 1
AUCUAUUGGGGCGUGCCGAUGCUGUGCAUUCCCCUCUAUGGGGAUCAGCACAGGAACACGAUCAAAUCAGUGCGGGAGGGUUAUGCUCGAUCCCUGGUCUUCUCCAAACUGACAGUCGAU
(((.(((((..((((....(.((((((..(((((.....)))))...)))))).).))))..)...(((((..(((((((.....)))..))))(((......))).))))))))).))) ( -42.10)
>DroSec_CAF1 29207 120 + 1
AUUUACUGGGGUGUUCCGAUGCUGUGCGUACCCCUAUACGGGGAUCAGCACCGGAACACUAUCAAAUCGGUGAGGGAGGGCUAUGCCCGAUCCCUGGUGUUCUCCAAACUCACCACUGAU
......((((((((((((.(((((......((((.....))))..))))).))))))))).))).((((((.(((((((((...))))..)))))((((...........)))))))))) ( -50.80)
>DroYak_CAF1 29259 120 + 1
AUCUACUGGGGUGUUCCCAUGCUGUGUGUACCCCUGUACGGGGAUCAGCACCGGAACACUAUCAAAUCGGUUAGGGAGGGCUAUGCCCGAUCCCUGGUGUUCUCCAAACUCACCACUGAU
......(((((((((((..(((((......((((.....))))..)))))..)))))))).))).((((((.(((((((((...))))..)))))((((...........)))))))))) ( -46.70)
>consensus
AUCUACUGGGGUGUUCCGAUGCUGUGCGUACCCCUGUACGGGGAUCAGCACCGGAACACUAUCAAAUCGGUGAGGGAGGGCUAUGCCCGAUCCCUGGUGUUCUCCAAACUCACCACUGAU
.........(((((((((.(((((...((.((((.....))))))))))).))))))))).....((((((.(((((((((...))))..)))))((((...........)))))))))) (-38.86 = -39.80 +   0.94)

alignment

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Window 3

Location 18,508,807 – 18,508,927
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.17
Mean single sequence MFE -47.68
Consensus MFE -40.65
Energy contribution -42.40
Covariance contribution 1.75
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -3.14
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 2.37
SVM RNA-class probability 0.993043
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18508807 120 - 22407834
AUCAGUGGUGAGUUUGGAGAACACCAGCGAUCGGGCAUAGCCCUCCCUCACCGAUUUAAUAGUGUUCCGGUGCUGAUCCCCGUACAGGGGUACGCACAGCAUCGGAACACCCCAGUAAAU
.....(((((((.((((......)))).....((((...))))...)))))))(((((...((((((((((((((..((((.....))))......)))))))))))))).....))))) ( -50.20)
>DroPse_CAF1 34606 120 - 1
AUCGACUGUCAGUUUGGAGAAGACCAGGGAUCGAGCAUAACCCUCCCGCACUGAUUUGAUCGUGUUCCUGUGCUGAUCCCCAUAGAGGGGAAUGCACAGCAUCGGCACGCCCCAAUAGAU
(((((..((((((.(((......)))((((.............))))..)))))))))))((((((.((((((...(((((.....)))))..))))))....))))))........... ( -37.52)
>DroSec_CAF1 29207 120 - 1
AUCAGUGGUGAGUUUGGAGAACACCAGGGAUCGGGCAUAGCCCUCCCUCACCGAUUUGAUAGUGUUCCGGUGCUGAUCCCCGUAUAGGGGUACGCACAGCAUCGGAACACCCCAGUAAAU
((((.((((((...(((......)))((((..((((...))))))))))))))...)))).((((((((((((((..((((.....))))......)))))))))))))).......... ( -55.00)
>DroYak_CAF1 29259 120 - 1
AUCAGUGGUGAGUUUGGAGAACACCAGGGAUCGGGCAUAGCCCUCCCUAACCGAUUUGAUAGUGUUCCGGUGCUGAUCCCCGUACAGGGGUACACACAGCAUGGGAACACCCCAGUAGAU
((((.((((......((......))(((((..((((...))))))))).))))...)))).(((((((.((((((..((((.....))))......)))))).))))))).......... ( -48.00)
>consensus
AUCAGUGGUGAGUUUGGAGAACACCAGGGAUCGGGCAUAGCCCUCCCUCACCGAUUUGAUAGUGUUCCGGUGCUGAUCCCCGUACAGGGGUACGCACAGCAUCGGAACACCCCAGUAAAU
(((((((((((...(((......)))((((..(((.....)))))))))))))..))))).((((((((((((((..((((.....))))......)))))))))))))).......... (-40.65 = -42.40 +   1.75)

alignment

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