Locus 6517

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	18,336,706 – 18,336,831
Length	125
Max. P	0.998493

overview

Window 9

Location	18,336,706 – 18,336,804
Length	98
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.05
Mean single sequence MFE	-36.00
Consensus MFE	-17.51
Energy contribution	-18.57
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-4.08
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	3.12
SVM RNA-class probability	0.998493
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18336706 98 + 22407834
UGCAUUUGGGGCAAGA-------------GCGCGCGCGU-UGCAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGC---ACGCAUUGCAAUCGC-----UUGCAUAUAAAUUGCGCCGCAAAUGCAA
((((((((.(((....-------------((((((((((-.((((((...))))))))))))...))))---..(((.(((((....-----))))).......)))))).)))))))). ( -39.20)
>DroVir_CAF1 273527 100 + 1
UGCAUUUGGAG-------------------CGCGCACUG-CACAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGCAGCACGCAUUGCAAUUGCAAUCGCUGCAUAUAAAUUGCGCCACAAAUGCAU
((((((((..(-------------------(((....((-((((((...(((....)))...))))))))(((.(((((((....))))).))))).........))))..)))))))). ( -41.30)
>DroPse_CAF1 213074 97 + 1
UGC---------------AUGAGGAAUCCGCGCGCUCGUCUGCAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGC---ACGCAUUGCAAUCGC-----UUGCAUAUAAAUUGCGCCGCAAAUGCAA
(((---------------((..((.....(((((..(((.(((((((...))))))).)))...)))))---.((((.(((((....-----))))).......))))))....))))). ( -28.10)
>DroGri_CAF1 222899 98 + 1
UGCAUUUGGAG-------------------CG--CUGAG-CACAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGCACCACGCAUUGCAAUUGCAAUCGCUGCAUAUAAAUUGCACCGCAAAUGCAA
((((((((..(-------------------((--..(.(-((((((...(((....)))...))))))).)..)))(((((....)))))((.((((.......)))).)))))))))). ( -31.70)
>DroMoj_CAF1 293756 98 + 1
UGCAUUCGAAG-------------------CG--CUGUG-CACAAAUUACAUUUGUAUGCAUUUUGUGCACCACGCAUUGCAAUUGCAAUCGCUGCAUAUAAAUUGCGCCACAAAUGCAA
((((((.(..(-------------------((--(.(((-((((((...(((....)))...)))))))))...(((((((....))))).))............))))..).)))))). ( -33.30)
>DroPer_CAF1 215411 112 + 1
UGCAUUUGGGGCAAGAGCAUGAGGAAUCCGCGCGCUCGUCUGCAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGC---ACGCAUUGCAAUCGC-----UUGCAUAUAAAUUGCGCCGCAAAUGCAA
((((((((.(((..((((.((.((...)).)).))))....(((......(((((((((((.....(((---(.....)))).....-----.))))))))))))))))).)))))))). ( -42.40)
>consensus
UGCAUUUGGAG___________________CGCGCUCGG_CACAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGC___ACGCAUUGCAAUCGC_____CUGCAUAUAAAUUGCGCCGCAAAUGCAA
((((((((.......................(((.......((((((...)))))).((((...((((.....)))).))))..)))......((((.......))))...)))))))). (-17.51 = -18.57 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	18,336,706 – 18,336,804
Length	98
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.05
Mean single sequence MFE	-39.59
Consensus MFE	-20.33
Energy contribution	-20.58
Covariance contribution	0.25
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-5.09
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	2.68
SVM RNA-class probability	0.996334
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18336706 98 - 22407834
UUGCAUUUGCGGCGCAAUUUAUAUGCAA-----GCGAUUGCAAUGCGU---GCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGCA-ACGCGCGCGC-------------UCUUGCCCCAAAUGCA
.((((((((.(((((((.((((((((((-----....)))).((((((---.......))))))....)))))).)))).-..((....))-------------....))).)))))))) ( -36.50)
>DroVir_CAF1 273527 100 - 1
AUGCAUUUGUGGCGCAAUUUAUAUGCAGCGAUUGCAAUUGCAAUGCGUGCUGCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGUG-CAGUGCGCG-------------------CUCCAAAUGCA
.((((((((..((((............((.(((((....)))))))(..(((((((((..((((....))))..))))))-)))..))))-------------------)..)))))))) ( -48.40)
>DroPse_CAF1 213074 97 - 1
UUGCAUUUGCGGCGCAAUUUAUAUGCAA-----GCGAUUGCAAUGCGU---GCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGCAGACGAGCGCGCGGAUUCCUCAU---------------GCA
.((((((((((((((((.((((((((((-----....)))).((((((---.......))))))....)))))).))))......)).)))))).......)---------------))) ( -26.81)
>DroGri_CAF1 222899 98 - 1
UUGCAUUUGCGGUGCAAUUUAUAUGCAGCGAUUGCAAUUGCAAUGCGUGGUGCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGUG-CUCAG--CG-------------------CUCCAAAUGCA
.((((((((.(((((......(((((((((((....)))))..))))))(.(((((((..((((....))))..))))))-).).)--))-------------------)).)))))))) ( -37.80)
>DroMoj_CAF1 293756 98 - 1
UUGCAUUUGUGGCGCAAUUUAUAUGCAGCGAUUGCAAUUGCAAUGCGUGGUGCACAAAAUGCAUACAAAUGUAAUUUGUG-CACAG--CG-------------------CUUCGAAUGCA
.((((((((.(((((......(((((((((((....)))))..))))))(((((((((.(((((....))))).))))))-))).)--))-------------------)).)))))))) ( -45.50)
>DroPer_CAF1 215411 112 - 1
UUGCAUUUGCGGCGCAAUUUAUAUGCAA-----GCGAUUGCAAUGCGU---GCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGCAGACGAGCGCGCGGAUUCCUCAUGCUCUUGCCCCAAAUGCA
.((((((((.(((((((.((((((((((-----....)))).((((((---.......))))))....)))))).))))....(((((.(.((...)).).)))))..))).)))))))) ( -42.50)
>consensus
UUGCAUUUGCGGCGCAAUUUAUAUGCAA_____GCAAUUGCAAUGCGU___GCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGCA_ACGAGCGCG___________________CUCCAAAUGCA
.((((((((.((.(((.......))).......(((((((((((((((..........)))))).....))))).))))..............................)).)))))))) (-20.33 = -20.58 +   0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	18,336,732 – 18,336,831
Length	99
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.68
Mean single sequence MFE	-27.87
Consensus MFE	-15.58
Energy contribution	-15.08
Covariance contribution	-0.50
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.25
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	0.46
SVM RNA-class probability	0.743651
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18336732 99 + 22407834
UGCAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGC---ACGCAUUGCAAUCGC-----UUGCAUAUAAAUUGCGCCGCAAAUGCAAAGCCACAAC--AAUUGUUG-----CC--UCC----GUACG
(((......(((((((..((((..(((((---(.((.........))-----.))))))......)))).)))))))........((((--....))))-----..--...----))).. ( -22.10)
>DroVir_CAF1 273547 113 + 1
CACAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGCAGCACGCAUUGCAAUUGCAAUCGCUGCAUAUAAAUUGCGCCACAAAUGCAUAGCCACAAC--AAUUGUGG-----AGCUGUCCCUCAGCCC
.........(((((((..((((..((((((((....(((((....))))).))))))))......)))).))))))).....(((((..--...)))))-----.((((.....)))).. ( -36.60)
>DroPse_CAF1 213099 106 + 1
UGCAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGC---ACGCAUUGCAAUCGC-----UUGCAUAUAAAUUGCGCCGCAAAUGCAAAGCCACAACACAAUUGUUGCCUUGCC--UCC----AUGCG
.(((......((((((..((((..(((((---(.((.........))-----.))))))......)))).))))))((((.((.((((.....)))).)).)))).--...----.))). ( -27.70)
>DroGri_CAF1 222917 107 + 1
CACAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGCACCACGCAUUGCAAUUGCAAUCGCUGCAUAUAAAUUGCACCGCAAAUGCAAAGCCACAAC--AAUUGGUU-----GG--UCC----GCCCC
.........(((((((.((((...((((((...((.(((((....))))))).)))))).....))))..)))))))...(((((....--...)))))-----((--...----.)).. ( -26.20)
>DroMoj_CAF1 293774 109 + 1
CACAAAUUACAUUUGUAUGCAUUUUGUGCACCACGCAUUGCAAUUGCAAUCGCUGCAUAUAAAUUGCGCCACAAAUGCAAAGCCACAAU--AAUUGUGA-----GGCGGCC----ACCCC
..........(((((((((((....(((...)))(((((((....))))).)))))))))))))..((((......((...))((((..--...)))).-----))))...----..... ( -26.90)
>DroPer_CAF1 215451 106 + 1
UGCAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGC---ACGCAUUGCAAUCGC-----UUGCAUAUAAAUUGCGCCGCAAAUGCAAAGCCACAACACAAUUGUUGCCUUGCC--UCC----AUGCG
.(((......((((((..((((..(((((---(.((.........))-----.))))))......)))).))))))((((.((.((((.....)))).)).)))).--...----.))). ( -27.70)
>consensus
CACAAAUUACAUUUGUAUGCGUUUUGUGC___ACGCAUUGCAAUCGC_____CUGCAUAUAAAUUGCGCCGCAAAUGCAAAGCCACAAC__AAUUGUUG_____CC__UCC____AUCCC
.........(((((((.((((...((((.....)))).))))...........((((.......))))..)))))))........................................... (-15.58 = -15.08 +  -0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	18,336,732 – 18,336,831
Length	99
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.68
Mean single sequence MFE	-34.82
Consensus MFE	-21.19
Energy contribution	-20.75
Covariance contribution	-0.44
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.63
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	1.06
SVM RNA-class probability	0.908236
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18336732 99 - 22407834
CGUAC----GGA--GG-----CAACAAUU--GUUGUGGCUUUGCAUUUGCGGCGCAAUUUAUAUGCAA-----GCGAUUGCAAUGCGU---GCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGCA
.(((.----((.--.(-----((((....--)))))..)).))).........((((.((((((((((-----....)))).((((((---.......))))))....)))))).)))). ( -29.30)
>DroVir_CAF1 273547 113 - 1
GGGCUGAGGGACAGCU-----CCACAAUU--GUUGUGGCUAUGCAUUUGUGGCGCAAUUUAUAUGCAGCGAUUGCAAUUGCAAUGCGUGCUGCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGUG
((((((.....)))))-----)((((...--..))))....(((((((((((((.........((((((((((((....)))))...))))))).....))).))))))))))....... ( -37.14)
>DroPse_CAF1 213099 106 - 1
CGCAU----GGA--GGCAAGGCAACAAUUGUGUUGUGGCUUUGCAUUUGCGGCGCAAUUUAUAUGCAA-----GCGAUUGCAAUGCGU---GCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGCA
((((.----...--.(((((((.(((((...))))).)))))))...))))..((((.((((((((((-----....)))).((((((---.......))))))....)))))).)))). ( -38.40)
>DroGri_CAF1 222917 107 - 1
GGGGC----GGA--CC-----AACCAAUU--GUUGUGGCUUUGCAUUUGCGGUGCAAUUUAUAUGCAGCGAUUGCAAUUGCAAUGCGUGGUGCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGUG
((...----...--))-----.((((...--((((..(..(((((.((((..((((.......)))))))).))))))..))))...)))).((((((..((((....))))..)))))) ( -30.60)
>DroMoj_CAF1 293774 109 - 1
GGGGU----GGCCGCC-----UCACAAUU--AUUGUGGCUUUGCAUUUGUGGCGCAAUUUAUAUGCAGCGAUUGCAAUUGCAAUGCGUGGUGCACAAAAUGCAUACAAAUGUAAUUUGUG
.....----.(((((.-----.((((...--..))))((.(((((.(((..((((............))).)..))).))))).))))))).((((((.(((((....))))).)))))) ( -35.10)
>DroPer_CAF1 215451 106 - 1
CGCAU----GGA--GGCAAGGCAACAAUUGUGUUGUGGCUUUGCAUUUGCGGCGCAAUUUAUAUGCAA-----GCGAUUGCAAUGCGU---GCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGCA
((((.----...--.(((((((.(((((...))))).)))))))...))))..((((.((((((((((-----....)))).((((((---.......))))))....)))))).)))). ( -38.40)
>consensus
CGGAU____GGA__CG_____CAACAAUU__GUUGUGGCUUUGCAUUUGCGGCGCAAUUUAUAUGCAA_____GCAAUUGCAAUGCGU___GCACAAAACGCAUACAAAUGUAAUUUGCA
.......................(((((...))))).((.(((((((((....(((((.....(((.......)))))))).((((((..........)))))).)))))))))...)). (-21.19 = -20.75 +  -0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:13:08 2006