Locus 6415

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	18,018,400 – 18,018,550
Length	150
Max. P	0.999850

overview

Window 5

Location	18,018,400 – 18,018,512
Length	112
Sequences	5
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.15
Mean single sequence MFE	-44.80
Consensus MFE	-40.30
Energy contribution	-40.06
Covariance contribution	-0.24
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.78
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	4.25
SVM RNA-class probability	0.999850
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18018400 112 + 22407834
GUAUAUGAGGGGCUGUCAGGCAAGGAGUCUGCCCAACUGGGCCACAAAACCUUUAUGGCUGCCCAUACACACACUGGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUGU--GCA
((((.....((((.((((...((((.....((((....)))).......))))..)))).))))(((((((((((.((((((....)))))).))))...)))))))))--)). ( -46.70)
>DroSec_CAF1 234132 112 + 1
GUAUAUGAGGGGCUGUCAGCCAAGGAGUCUGCCCAACUGGGCCACAAAACCUUUAUGGCUGCCCAUGCACACACUAGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUGU--GCA
((((((...((((.((((...((((.....((((....)))).......))))..)))).))))..(((((((((.((((((....)))))).))))...)))))))))--)). ( -44.80)
>DroSim_CAF1 233866 112 + 1
GUAUAUGAGGGGCUGUCAGCCAAGGAGUCUGCCCAACUGGGCCACAAAACCUUUAUGGCUGCCCAUGCACACACUGGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUGU--GCA
((((((...((((.((((...((((.....((((....)))).......))))..)))).))))..(((((((((.((((((....)))))).))))...)))))))))--)). ( -46.90)
>DroEre_CAF1 226780 113 + 1
GUAUAUGAG-GGCUGUCGUCCAAGGAGUCUGCCCAACUGGGCCACAAAACCUUUAUGGCUGUCCAGACACACACUGGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUAUGUGCA
(((((((.(-(((.(((((..((((.....((((....)))).......)))).))))).))))..(((((((((.((((((....)))))).))))...))))).))))))). ( -44.70)
>DroYak_CAF1 243522 109 + 1
GUAUAUGAGGGGCUGUCAUCCAAGGAGUCUGCCCAACUGGGCCACAAAACCUUUAUGGCUGUCCGUACACACACUGGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUGU-----
.........((((.(((((..((((.....((((....)))).......)))).))))).))))..((((((((..((((.(((.......)))))))...))))))))----- ( -40.90)
>consensus
GUAUAUGAGGGGCUGUCAGCCAAGGAGUCUGCCCAACUGGGCCACAAAACCUUUAUGGCUGCCCAUACACACACUGGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUGU__GCA
.........((((.((((...((((.....((((....)))).......))))..)))).))))..((((((((..((((.(((.......)))))))...))))))))..... (-40.30 = -40.06 +  -0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	18,018,400 – 18,018,512
Length	112
Sequences	5
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.15
Mean single sequence MFE	-41.24
Consensus MFE	-33.60
Energy contribution	-34.24
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.78
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	2.49
SVM RNA-class probability	0.994543
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18018400 112 - 22407834
UGC--ACACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCCAGUGUGUGUAUGGGCAGCCAUAAAGGUUUUGUGGCCCAGUUGGGCAGACUCCUUGCCUGACAGCCCCUCAUAUAC
...--..((((((((((.....(((.((....)).)))))))))))))..((((.(((((((.....)))))))...((..(((((.....)))))..)).))))......... ( -46.50)
>DroSec_CAF1 234132 112 - 1
UGC--ACACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCUAGUGUGUGCAUGGGCAGCCAUAAAGGUUUUGUGGCCCAGUUGGGCAGACUCCUUGGCUGACAGCCCCUCAUAUAC
(((--((((((.....(....)(((.((....)).)))..))))))))).(((((((((...(((..((...((((....)))).))..))))))))....))))......... ( -43.60)
>DroSim_CAF1 233866 112 - 1
UGC--ACACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCCAGUGUGUGCAUGGGCAGCCAUAAAGGUUUUGUGGCCCAGUUGGGCAGACUCCUUGGCUGACAGCCCCUCAUAUAC
(((--((((((....(((....))).((....))......))))))))).(((((((((...(((..((...((((....)))).))..))))))))....))))......... ( -43.60)
>DroEre_CAF1 226780 113 - 1
UGCACAUACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCCAGUGUGUGUCUGGACAGCCAUAAAGGUUUUGUGGCCCAGUUGGGCAGACUCCUUGGACGACAGCC-CUCAUAUAC
.......((((((((((.....(((.((....)).)))))))))))))((((...(((((((.....)))))))))))..((((.(.(((....)).).).)))-)........ ( -37.10)
>DroYak_CAF1 243522 109 - 1
-----ACACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCCAGUGUGUGUACGGACAGCCAUAAAGGUUUUGUGGCCCAGUUGGGCAGACUCCUUGGAUGACAGCCCCUCAUAUAC
-----..((((((((((.....(((.((....)).)))))))))))))..((...(((((((.....))))))))).(..((((.(.(((....)).).).))))..)...... ( -35.40)
>consensus
UGC__ACACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCCAGUGUGUGUAUGGGCAGCCAUAAAGGUUUUGUGGCCCAGUUGGGCAGACUCCUUGGCUGACAGCCCCUCAUAUAC
........(((((((((.....(((.((....)).))))))))))))...((.((((((...(((..((...((((....)))).))..)))))))))....)).......... (-33.60 = -34.24 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	18,018,440 – 18,018,550
Length	110
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.38
Mean single sequence MFE	-46.92
Consensus MFE	-35.71
Energy contribution	-38.06
Covariance contribution	2.35
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-4.08
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	3.20
SVM RNA-class probability	0.998716
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18018440 110 + 22407834
GCCACAAAACCUUUAUGGCUGCCCAUACACACACUGGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUGU--GCAUGUGGCUCUGCGUGUGUAUGGGUGCUUGUGGCUCUCAA
(((((((..((.....))..(((((((((((((((.((((((....)))))).)))((.((((((....--)))))).)).....))))))))))))..)))))))...... ( -50.80)
>DroSec_CAF1 234172 110 + 1
GCCACAAAACCUUUAUGGCUGCCCAUGCACACACUAGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUGU--GCAUGUGGCUCUGCGUGUGUAUGGGUGCUUGUGGCUCUCAA
(((((((.((((.((((((.((((((((((((((..((((.(((.......))))))).....))))))--))))).)))...)).))))...))))..)))))))...... ( -51.00)
>DroSim_CAF1 233906 110 + 1
GCCACAAAACCUUUAUGGCUGCCCAUGCACACACUGGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUGU--GCAUGUGGCUCUGCGUGUGUAUGGGUGCUUGUGGCUCUCAA
(((((((.((((.((((((.((((((((((((((..((((.(((.......))))))).....))))))--))))).)))...)).))))...))))..)))))))...... ( -52.10)
>DroEre_CAF1 226819 112 + 1
GCCACAAAACCUUUAUGGCUGUCCAGACACACACUGGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUAUGUGCAUGUGGCUCCGGGUGUGUAUGGUUGCCUGUGGCUCUUAA
((((((..........(((...(((.((((((.((((....(((....(((((.(((((.....))))).))))).)))..)))))))))).)))..)))))))))...... ( -44.00)
>DroYak_CAF1 243562 84 + 1
GCCACAAAACCUUUAUGGCUGUCCGUACACACACUGGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUGU----------------------------GCAUGUGGCUCUUAA
((((((...((.....))......((((((((((..((((.(((.......)))))))...))))))))----------------------------)).))))))...... ( -36.70)
>consensus
GCCACAAAACCUUUAUGGCUGCCCAUACACACACUGGCAUACCGAAGUGUGCGGGUGCAAUGUGUGUGU__GCAUGUGGCUCUGCGUGUGUAUGGGUGCUUGUGGCUCUCAA
((((((..........(((.((((((((((((((..((((.(((.......)))))))...))))))....(((((((....))))))))))))))))))))))))...... (-35.71 = -38.06 +   2.35)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	18,018,440 – 18,018,550
Length	110
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.38
Mean single sequence MFE	-39.34
Consensus MFE	-28.94
Energy contribution	-30.50
Covariance contribution	1.56
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-3.60
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	2.69
SVM RNA-class probability	0.996397
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18018440 110 - 22407834
UUGAGAGCCACAAGCACCCAUACACACGCAGAGCCACAUGC--ACACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCCAGUGUGUGUAUGGGCAGCCAUAAAGGUUUUGUGGC
......(((((((...(((((((((((((.........(((--(.........))))...(((.((....)).)))..))))))))))))).((((.....))))))))))) ( -44.30)
>DroSec_CAF1 234172 110 - 1
UUGAGAGCCACAAGCACCCAUACACACGCAGAGCCACAUGC--ACACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCUAGUGUGUGCAUGGGCAGCCAUAAAGGUUUUGUGGC
......(((((((...................(((.(((((--((((((.....(....)(((.((....)).)))..))))))))))))))((((.....))))))))))) ( -42.80)
>DroSim_CAF1 233906 110 - 1
UUGAGAGCCACAAGCACCCAUACACACGCAGAGCCACAUGC--ACACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCCAGUGUGUGCAUGGGCAGCCAUAAAGGUUUUGUGGC
......(((((((...................(((.(((((--((((((....(((....))).((....))......))))))))))))))((((.....))))))))))) ( -42.80)
>DroEre_CAF1 226819 112 - 1
UUAAGAGCCACAGGCAACCAUACACACCCGGAGCCACAUGCACAUACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCCAGUGUGUGUCUGGACAGCCAUAAAGGUUUUGUGGC
......(((((((((..((..........)).)))...((..((.((((((((((.....(((.((....)).))))))))))))).))..))(((.....)))..)))))) ( -36.90)
>DroYak_CAF1 243562 84 - 1
UUAAGAGCCACAUGC----------------------------ACACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCCAGUGUGUGUACGGACAGCCAUAAAGGUUUUGUGGC
......((((((.((----------------------------..((((((((((.....(((.((....)).)))))))))))))..((....))......))..)))))) ( -29.90)
>consensus
UUGAGAGCCACAAGCACCCAUACACACGCAGAGCCACAUGC__ACACACACAUUGCACCCGCACACUUCGGUAUGCCAGUGUGUGUAUGGGCAGCCAUAAAGGUUUUGUGGC
......(((((((...................(((.((((......(((((((((.....(((.((....)).)))))))))))))))))))((((.....))))))))))) (-28.94 = -30.50 +   1.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:10:28 2006