Locus 6262

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 17,395,000 – 17,395,101
Length 101
Max. P 0.798423
window10008

overview

Window 8

Location 17,395,000 – 17,395,101
Length 101
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.61
Mean single sequence MFE -37.30
Consensus MFE -26.03
Energy contribution -27.03
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.87
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.61
SVM RNA-class probability 0.798423
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17395000 101 + 22407834
--AGCCAUUUGCGCAGGUGGCUGGCUUUUA--------UGCAUCUAGGCCAGUUGCUCGCUCCUUAAAUAGUCAUUCUGCAGAAACGUUAAGAGCGCAACUUUAUGGCCAA
--.(((((((((((.((..((((((((...--------.......))))))))..)).....(((((....((........))....))))).))))))....)))))... ( -35.50)
>DroSec_CAF1 16947 103 + 1
AUAGGCAUUUGCGCAGGUGGCUGGCGUUUA--------UGCAUCUAGGCCAGUUGCUCGCUCCUUAAAUGGUCAUUGUGCAGAAACGUUAGGAGCGCAAAUUUAUGGCCAA
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>DroSim_CAF1 16488 103 + 1
AUAGCCAUUUGCGCAGGUGGCUGGCGUUUA--------UGCAUCUAGGCCAGUUGCUCGCUCCUUAAAUGGUCAUUGUGCAGAAACGUUAGGAGCGCAAAUUUAUGGCCAA
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>DroEre_CAF1 18959 109 + 1
--AGCCAUUUGCGCAGGUGGCUGGCGUUUAUGUAUCUAUGCAUCUAGGCCAGUUGCUCGCUCCUUAAACGGCCAUUCUGCAGAAACGUUAGGAGCGCAAAUUUAUGGCCAA
--.(((((((((...((..((((((.(..(((((....)))))..).))))))..)).((((((..((((....(((....))).))))))))))))))....)))))... ( -43.70)
>DroYak_CAF1 16496 109 + 1
--AACCAUUUGCGCAGGUGGCUGGCGUCUAUGUAUCUAUGCAUCUAGGCCAGUUGCUCGCUCCUUAAACGGUCAUUCUGCAGAAACGUUAGGAGCGCAAAUUUAUGGCCAA
--..((((((((...((..((((((.(..(((((....)))))..).))))))..)).((((((..((((....(((....))).))))))))))))))....)))).... ( -39.60)
>DroAna_CAF1 11898 86 + 1
--GGCCAUGUGCGCAGGUGGCUAUC--UUA--------UGCAUCUGGGUUACUUGCUCGCUCCUUAAACGGCCAUUCGGCA------------GCGCAGAUUUAUGGCCA-
--(((((((((((((((.(((....--...--------.))....((((.....)))).).)))......(((....))).------------)))))....))))))).- ( -31.20)
>consensus
__AGCCAUUUGCGCAGGUGGCUGGCGUUUA________UGCAUCUAGGCCAGUUGCUCGCUCCUUAAACGGUCAUUCUGCAGAAACGUUAGGAGCGCAAAUUUAUGGCCAA
...(((((((((((((.(((((.((..............)).....))))).))))..((((((......((......)).........))))))))))....)))))... (-26.03 = -27.03 +   1.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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