Locus 62

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 238,710 – 238,901
Length 191
Max. P 0.981726
window92 window93 window94

overview

Window 2

Location 238,710 – 238,830
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.72
Mean single sequence MFE -50.57
Consensus MFE -32.60
Energy contribution -33.42
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.46
Mean z-score -3.57
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 1.90
SVM RNA-class probability 0.981726
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 238710 120 + 22407834
CUCGUGCUGCGUCAGAAGAUUUAAUCGCUCCUGCAUACGCAUUAACUUAUCUUGGUGUUGAAGCUCAUGUCCUGGAGGCAUGCAAUACAGUUCCUGUAUCUGCUGCUGCAGUGCAGCAAU
...(..((((.................((((.((((..((.(((((..........))))).))..))))...))))(((.(((((((((...)))))).)))))).))))..)...... ( -35.70)
>DroVir_CAF1 36072 120 + 1
CUCGUGCUGUUGCAACAGAUUCAGGCGCUCCUGCAGUCGCAUCAGCUUCUCCUGAUGCUGAUGCUCAUGACCGGGCGGCAUGCAGUAGAGCUCUUGGAUUUGCUGCUGCAGUGCUGCUAU
...(..((((.(((.((((((((((.(((((((((((((((((((......)))))))....((((......))))))).)))))..)))).)))))))))).))).))))..)...... ( -58.40)
>DroGri_CAF1 37007 120 + 1
UUCGUGUUGCUGCAGCAGAUUGAGGCGCUCCUGCAGACGCAUUAGCUUCUCCUGAUGCUGAUGCUCGUGCCCGGGUGGCAUGCAGUAGAGCUCUUGGAUUUGCUGUUGCAGUGCAGCAAU
...(..((((.((((((((((.(((.((((((((.((.((((((((.((....)).))))))))))(((((.....)))))))))..)))).))).)))))))))).))))..)...... ( -60.50)
>DroWil_CAF1 39060 114 + 1
CUCAUGCUGUUGCAAUAAAUUGAGACGCUCUUGCAGACGCAUUAGCUUCUCCUGAU------GCUCAUGCCCUGGUGGCAUGCAAUAGAGUUCCUGUAUUUGUUGCUGCAAUGCGGCAAU
....((((((.(((((((((..((..((((((((.((.(((((((......)))))------))))(((((.....))))))))..)))))..))..)))))))))......)))))).. ( -40.20)
>DroMoj_CAF1 34567 120 + 1
UUCGUGUUGCUGCAGUAGCUGGAGGCGCUCCUGCAUGCGGAUGAGCUUGUCCUGAUGCUGAUGCUCGUGUCCGGGCGGCAUGCAAUAGAGCUCUUGUAUUUGCUGUUGCAGCGCGGCAAU
.(((((((((.(((((((.((.(((.((((.(((((((((((......)))).........((((((....)))))))))))))...)))).))).)).))))))).))))))))).... ( -55.20)
>DroAna_CAF1 36748 120 + 1
CUCGUGCUGCUGGAGGAGAUUUAGUCGCUCCUGCAGCCGCAUAAGCUUCUCCUGGUGCUGGUGCUCGUGUCCCGGCGGCAUGCAGUAUAUCUCCUGGAUCUGCUGCUGGAGGGCAGCAAU
...((((.((((.(((((.........))))).)))).))))..(((.((((((.((((((..(....)..)))))).)).((((((.(((.....))).)))))).)))))))...... ( -53.40)
>consensus
CUCGUGCUGCUGCAGCAGAUUGAGGCGCUCCUGCAGACGCAUUAGCUUCUCCUGAUGCUGAUGCUCAUGUCCGGGCGGCAUGCAAUAGAGCUCCUGGAUUUGCUGCUGCAGUGCAGCAAU
...(((((((.((((((((((.((..((((((((....(((((((......)))))))........(((((.....)))))))))..))))..)).)))))))))).)))))))...... (-32.60 = -33.42 +   0.81)

alignment

Postscript

secondary structure

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Window 3

Location 238,750 – 238,870
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.50
Mean single sequence MFE -42.10
Consensus MFE -27.57
Energy contribution -26.93
Covariance contribution -0.63
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.03
SVM RNA-class probability 0.547531
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 238750 120 + 22407834
AUUAACUUAUCUUGGUGUUGAAGCUCAUGUCCUGGAGGCAUGCAAUACAGUUCCUGUAUCUGCUGCUGCAGUGCAGCAAUUUCUUGUUGAUGCAGCAUCGGAUAAGGUGGAUACAUUCCU
..............((((((.....((((((.....))))))))))))....(((.((((((.(((((((...((((((....)))))).))))))).))))))))).(((.....))). ( -39.70)
>DroVir_CAF1 36112 120 + 1
AUCAGCUUCUCCUGAUGCUGAUGCUCAUGACCGGGCGGCAUGCAGUAGAGCUCUUGGAUUUGCUGCUGCAGUGCUGCUAUUUCCUGCUGAUGCAGCAUCGGAUACGGCGGAUACAUGCCA
((((((.((....)).))))))((((......))))((((((((((((..(.....).....))))))).((((((((...((((((((...)))))..)))...))))).)))))))). ( -47.70)
>DroGri_CAF1 37047 120 + 1
AUUAGCUUCUCCUGAUGCUGAUGCUCGUGCCCGGGUGGCAUGCAGUAGAGCUCUUGGAUUUGCUGUUGCAGUGCAGCAAUCUCCUGUUGAUGCAACAUCGGAUAAGGUGGAUACAUGCCG
((((((.((....)).))))))(((((....)))))((((((..((...((.(((..(((((.(((((((...(((((......))))).))))))).))))))))))..)).)))))). ( -40.20)
>DroWil_CAF1 39100 114 + 1
AUUAGCUUCUCCUGAU------GCUCAUGCCCUGGUGGCAUGCAAUAGAGUUCCUGUAUUUGUUGCUGCAAUGCGGCAAUCUCUUGCUGAUGCAGCAUUGGAUAUGGUGGAUACAUGCCA
....((.....(((.(------((..(((((.....)))))))).))).((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).)))))))..)))))))).))))....)).. ( -38.30)
>DroMoj_CAF1 34607 120 + 1
AUGAGCUUGUCCUGAUGCUGAUGCUCGUGUCCGGGCGGCAUGCAAUAGAGCUCUUGUAUUUGCUGUUGCAGCGCGGCAAUUUCCUGCUGAUGCAGCAUCGGAUAUGGUGGAUACAUGGCA
....((((((((.(((((((.((((((....))))))((.((((((((.((....)).....)))))))))).(((((......)))))...))))))))))))..(((....)))))). ( -43.90)
>DroAna_CAF1 36788 120 + 1
AUAAGCUUCUCCUGGUGCUGGUGCUCGUGUCCCGGCGGCAUGCAGUAUAUCUCCUGGAUCUGCUGCUGGAGGGCAGCAAUCUCCUGCUGGUGGAGCAUAGGAUAAGGUGGAUACAUGCCC
....(((......)))(((((..(....)..)))))((((((.....((((((((..((((((((((....))))))...((((.......))))....)))).))).))))))))))). ( -42.80)
>consensus
AUUAGCUUCUCCUGAUGCUGAUGCUCAUGUCCGGGCGGCAUGCAAUAGAGCUCCUGGAUUUGCUGCUGCAGUGCAGCAAUCUCCUGCUGAUGCAGCAUCGGAUAAGGUGGAUACAUGCCA
....(((...(.(((.((....))))).)....)))((((((...((...(..((..(((((.(((((((...(((((......))))).))))))).)))))..))..).)))))))). (-27.57 = -26.93 +  -0.63)

alignment

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secondary structure

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Window 4

Location 238,790 – 238,901
Length 111
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.35
Mean single sequence MFE -42.22
Consensus MFE -27.36
Energy contribution -26.25
Covariance contribution -1.11
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 1.02
SVM RNA-class probability 0.901902
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 238790 111 + 22407834
UGCAAUACAGUUCCUGUAUCUGCUGCUGCAGUGCAGCAAUUUCUUGUUGAUGCAGCAUCGGAUAAGGUGGAUACAUUCCUG---------GCGCUCCUCCAUACGGAGGCAUCAUGGGAG
.........(((((..((((((.(((((((...((((((....)))))).))))))).))))))....))).))..(((((---------.....(((((....))))).....))))). ( -42.00)
>DroGri_CAF1 37087 114 + 1
UGCAGUAGAGCUCUUGGAUUUGCUGUUGCAGUGCAGCAAUCUCCUGUUGAUGCAACAUCGGAUAAGGUGGAUACAUGCCGGCG------GCAGUGCCUGGAUAUGGUGGCAACAUUGGCG
....(((..((.(((..(((((.(((((((...(((((......))))).))))))).))))))))))...)))..(((((((------....)))).......((((....))))))). ( -35.80)
>DroWil_CAF1 39134 120 + 1
UGCAAUAGAGUUCCUGUAUUUGUUGCUGCAAUGCGGCAAUCUCUUGCUGAUGCAGCAUUGGAUAUGGUGGAUACAUGCCAGCGCCAGGAGGUGCACCAGAAUAUGGUGGCAUCAUGGGCG
.((....(.((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).)))))))..)))))))).)))).)(((((.(((((....)))))((((.....))))))))).....)). ( -48.60)
>DroMoj_CAF1 34647 114 + 1
UGCAAUAGAGCUCUUGUAUUUGCUGUUGCAGCGCGGCAAUUUCCUGCUGAUGCAGCAUCGGAUAUGGUGGAUACAUGGCACCU------GUUGCGCCUGGAUACGGCGGCAACAUGGGCU
.((......(((..((((((..((((((((...(((((......))))).))))))).((....)))..)))))).))).(((------((((((((.......))).)))))).)))). ( -43.70)
>DroAna_CAF1 36828 111 + 1
UGCAGUAUAUCUCCUGGAUCUGCUGCUGGAGGGCAGCAAUCUCCUGCUGGUGGAGCAUAGGAUAAGGUGGAUACAUGCCCG---------GUGCUCCGCCAUAGGGAGGCAUCAUGGGUG
............(((((((.(((((((....))))))).((((((..(((((((((((.((.....(((....)))..)).---------)))))))))))..)))))).))).)))).. ( -44.60)
>DroPer_CAF1 37859 111 + 1
UGCAAUACAGUUCCUGGAUCUGCUGUUGCAGUGCCGCGAUCUCCUGUUGAUGCAGCAUCGGAUAGGGAGGAUACAUGCCCG---------CUCCUGCUGCAUAUGGUGGCAGCAUUGGGG
((((((((((((....)).))).)))))))...((.((((((((.....((((((((..(((..(((.(....)...))).---------.))))))))))).....)).)).)))).)) ( -38.60)
>consensus
UGCAAUAGAGCUCCUGGAUCUGCUGCUGCAGUGCAGCAAUCUCCUGCUGAUGCAGCAUCGGAUAAGGUGGAUACAUGCCAG_________GUGCUCCUGCAUAUGGUGGCAUCAUGGGCG
(((........(((...(((((.(((((((...(((((......))))).))))))).))))).....)))......................((((.......)))))))......... (-27.36 = -26.25 +  -1.11)

alignment

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