Locus 6156

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	17,153,413 – 17,153,649
Length	236
Max. P	0.999484

overview

Window 7

Location	17,153,413 – 17,153,529
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.11
Mean single sequence MFE	-36.68
Consensus MFE	-33.88
Energy contribution	-33.64
Covariance contribution	-0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.71
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.81
SVM RNA-class probability	0.978297
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17153413 116 + 22407834
UUUGGCGCAAUUUGCAUGUGAAUGUGAUAAAUUCAAUGGCGGCGCUGCACGUUACACCGCACACACCCACACACAUGCAUA----UACAUAUGCGUCUGAGGAGUAGUGUCUGUGCUGGU
.(..(((((....((...(((((.......)))))...))((((((((..((......))......((...((.(((((((----....))))))).)).)).)))))))))))))..). ( -34.90)
>DroSec_CAF1 114289 116 + 1
UUUGGCGCAAUUUGCAUGUGAAUGUGAUAAAUUCAAUGGCGGCGCUGCACGUUACACCGCACACACCCACACACAUGCAUA----UACAUAUGCGUCUGAGGAGUAGUGUCUGUGCUAGU
.((((((((....((...(((((.......)))))...))((((((((..((......))......((...((.(((((((----....))))))).)).)).)))))))))))))))). ( -35.10)
>DroSim_CAF1 126488 116 + 1
UUUGGCGCAAUUUGCAUGUGAAUGUGAUAAAUUCAAUGGCGGCGCUGCACGUUACACCGCACACACCCACACACAUGCAUA----UACAUAUGCGUCUGAGGAGUAGUGUCAGUGCUAGU
.(((((((.....((...(((((.......)))))...))((((((((..((......))......((...((.(((((((----....))))))).)).)).)))))))).))))))). ( -35.00)
>DroEre_CAF1 111642 116 + 1
UUUGGCGCAAUUUGCAUGUGAAUGUGAUAAAUUCAAUGGCGGCGCUGCACGUUACAGCGCACACACCCACACACAUGCAUA----UACAUAUGCGUCUGAGGAGUAGUGUCUGUGCUGGU
.(..(((((...(((...(((((.......)))))...)))((((((.......))))))((((((((...((.(((((((----....))))))).)).)).)).)))).)))))..). ( -38.50)
>DroYak_CAF1 114311 120 + 1
UUUGGCGCAAUUUGCAUGUGAAUGUGAUAAAUUCAAUGGCGGCGCUGCACGUUACACCGCACUCACCCACACACAUGCAUAUGUAUACAUAUGCGUCUGAGGAGUAGUGUCUGUGCUAGU
.((((((((....((...(((((.......)))))...))((((((((..((......))......((...((.(((((((((....))))))))).)).)).)))))))))))))))). ( -39.90)
>consensus
UUUGGCGCAAUUUGCAUGUGAAUGUGAUAAAUUCAAUGGCGGCGCUGCACGUUACACCGCACACACCCACACACAUGCAUA____UACAUAUGCGUCUGAGGAGUAGUGUCUGUGCUAGU
.(((((((.....((...(((((.......)))))...))((((((((..((......))......((...((.(((((((........))))))).)).)).)))))))).))))))). (-33.88 = -33.64 +  -0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	17,153,413 – 17,153,529
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.11
Mean single sequence MFE	-37.48
Consensus MFE	-35.16
Energy contribution	-35.56
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.38
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	3.64
SVM RNA-class probability	0.999484
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17153413 116 - 22407834
ACCAGCACAGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUA----UAUGCAUGUGUGUGGGUGUGUGCGGUGUAACGUGCAGCGCCGCCAUUGAAUUUAUCACAUUCACAUGCAAAUUGCGCCAAA
....(((((.((.((((((....)).((((((((.----...)))))))))))))).)))))(((((((..((((((...))...(((((.......)))))..))))..)))))))... ( -37.20)
>DroSec_CAF1 114289 116 - 1
ACUAGCACAGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUA----UAUGCAUGUGUGUGGGUGUGUGCGGUGUAACGUGCAGCGCCGCCAUUGAAUUUAUCACAUUCACAUGCAAAUUGCGCCAAA
....(((((.((.((((((....)).((((((((.----...)))))))))))))).)))))(((((((..((((((...))...(((((.......)))))..))))..)))))))... ( -37.20)
>DroSim_CAF1 126488 116 - 1
ACUAGCACUGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUA----UAUGCAUGUGUGUGGGUGUGUGCGGUGUAACGUGCAGCGCCGCCAUUGAAUUUAUCACAUUCACAUGCAAAUUGCGCCAAA
....(((((((.........))))..(((((....----))))).((((((((((((((.(((((((........)))))))............))))))))))))))...)))...... ( -37.02)
>DroEre_CAF1 111642 116 - 1
ACCAGCACAGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUA----UAUGCAUGUGUGUGGGUGUGUGCGCUGUAACGUGCAGCGCCGCCAUUGAAUUUAUCACAUUCACAUGCAAAUUGCGCCAAA
....((.(((................(((((....----))))).((((((((((((((.(((((((.....)))))))...............))))))))))))))..))).)).... ( -36.09)
>DroYak_CAF1 114311 120 - 1
ACUAGCACAGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUAUACAUAUGCAUGUGUGUGGGUGAGUGCGGUGUAACGUGCAGCGCCGCCAUUGAAUUUAUCACAUUCACAUGCAAAUUGCGCCAAA
....((((..((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))))).))))..)))))...)))).((((.((...(((((.......)))))...)).....)))).... ( -39.90)
>consensus
ACUAGCACAGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUA____UAUGCAUGUGUGUGGGUGUGUGCGGUGUAACGUGCAGCGCCGCCAUUGAAUUUAUCACAUUCACAUGCAAAUUGCGCCAAA
....((((..(((((.((....))(((((((((((......))))))))))).)))))))))(((((((..((((((...))...(((((.......)))))..))))..)))))))... (-35.16 = -35.56 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	17,153,453 – 17,153,569
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.77
Mean single sequence MFE	-39.16
Consensus MFE	-36.46
Energy contribution	-36.46
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.89
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	2.51
SVM RNA-class probability	0.994798
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17153453 116 - 22407834
UCUUUCUGUGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCACACCAGCACAGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUA----UAUGCAUGUGUGUGGGUGUGUGCGGUGUAACGUGCAGCGCC
..(((((((......))))))).........((((((.(((((.(((((.((.((((((....)).((((((((.----...)))))))))))))).))))))))))..)))).)).... ( -38.90)
>DroSec_CAF1 114329 116 - 1
UCUUUCUGUGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCACACUAGCACAGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUA----UAUGCAUGUGUGUGGGUGUGUGCGGUGUAACGUGCAGCGCC
..(((((((......))))))).........((((((.(((((.(((((.((.((((((....)).((((((((.----...)))))))))))))).))))))))))..)))).)).... ( -36.70)
>DroSim_CAF1 126528 116 - 1
UCUUUCUGCGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCACACUAGCACUGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUA----UAUGCAUGUGUGUGGGUGUGUGCGGUGUAACGUGCAGCGCC
..(((((((......)))))))..............((((....((((((.(((.((.(((...((((((((((.----...))))))))))))).)))))))))))...))))...... ( -41.50)
>DroEre_CAF1 111682 116 - 1
UCUUUCUGUGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCACACCAGCACAGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUA----UAUGCAUGUGUGUGGGUGUGUGCGCUGUAACGUGCAGCGCC
.....(((((((...(((.((...........)).)))...))..)))))((((.((((.....((((((((((.----...))))))))))))))))))(((((((.....))))))). ( -39.40)
>DroYak_CAF1 114351 120 - 1
UCUUUCUGUGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCACACUAGCACAGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUAUACAUAUGCAUGUGUGUGGGUGAGUGCGGUGUAACGUGCAGCGCC
..(((((((......)))))))........((((((.((((((((........)))..........(((((((....)))))))....))))).))))))(((.(((.....))).))). ( -39.30)
>consensus
UCUUUCUGUGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCACACUAGCACAGACACUACUCCUCAGACGCAUAUGUA____UAUGCAUGUGUGUGGGUGUGUGCGGUGUAACGUGCAGCGCC
..(((((((......))))))).........((((((.(((((.((((..(((((.((....))(((((((((((......))))))))))).))))))))))))))..)))).)).... (-36.46 = -36.46 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	17,153,529 – 17,153,649
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.25
Mean single sequence MFE	-32.20
Consensus MFE	-29.40
Energy contribution	-29.64
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	1.60
SVM RNA-class probability	0.967002
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17153529 120 - 22407834
UGUGGGUGGGGUCACGCCCACUUAUUUAAUAUACCGCUACACUUUUCAUUUUUCCAAACGUCAAACGUGAAAAAGUGAGUUCUUUCUGUGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCAC
.((((((((((.....)))..............(((((......(((((((((....(((.....)))..)))))))))(((((.....))))))))))..........))))))).... ( -31.90)
>DroSec_CAF1 114405 120 - 1
UGUGGGUGGGGUCACGCCCACUUAUUUAAUAUACCGCUACACUUUUCAUUUUUCCAAACGUCAAACGUGAAAAAGUGAGUUCUUUCUGUGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCAC
.((((((((((.....)))..............(((((......(((((((((....(((.....)))..)))))))))(((((.....))))))))))..........))))))).... ( -31.90)
>DroSim_CAF1 126604 120 - 1
UGUGGGUGGGGUCACGCCCACUUAUUUAAUAUACCGCUACACUUUUCAUUUUUCCAAACGUCAAACGUGAAAAAGUGAGUUCUUUCUGCGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCAC
.(((((((......)))))))..............((........((((((((....(((.....)))..))))))))(((.(((((((......))))))).)))..........)).. ( -33.30)
>DroEre_CAF1 111758 120 - 1
UGUGGGUGGGGUUGCGCCAACUUAUUUAAUAUACCGCUACACUUUUCAUUUUUGCAAACGUCAAACGUGAAAAAGUGAGUUCUUUCUGUGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCAC
.(((.(((((((((...))))............(((((.((((((((((.(((((....).)))).))).)))))))..(((((.....))))))))))............))))).))) ( -32.80)
>DroYak_CAF1 114431 120 - 1
UGGGGGUGGGUUUCCGCCCACUUAUUUAAUAUACCGCUACACUUUUCAUUUUUCCAAACGUCAAACGUGAAAAAGUGAGUUCUUUCUGUGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCAC
(((((((((((....)))))))...........(((((......(((((((((....(((.....)))..)))))))))(((((.....))))))))))............))))..... ( -31.10)
>consensus
UGUGGGUGGGGUCACGCCCACUUAUUUAAUAUACCGCUACACUUUUCAUUUUUCCAAACGUCAAACGUGAAAAAGUGAGUUCUUUCUGUGGGAAAGCGGGAAAAACAAAUACUCACGCAC
.(((((((......)))))))..............((........((((((((....(((.....)))..))))))))(((.(((((((......))))))).)))..........)).. (-29.40 = -29.64 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:03:56 2006