Locus 59

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	226,400 – 226,514
Length	114
Max. P	0.719787

overview

Window 8

Location	226,400 – 226,514
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.93
Mean single sequence MFE	-48.52
Consensus MFE	-23.65
Energy contribution	-25.32
Covariance contribution	1.67
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.81
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	0.08
SVM RNA-class probability	0.575406
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 226400 114 + 22407834
UCCGGACCC------ACCACUGCCGGAGCCGCUCUGCAGCUGCAUUUGCAUAGACUGAAGGGUGGGAGUGGUGGGAACCGACAGCGGCGGUGUCGAUGAAACCAAUGCCUGGAGCUGUGG
..(((.(((------((((((.(((....)(((((.(((((((....))..)).))).))))))).)))))))))..)))(((((((((((.........)))...)))....))))).. ( -46.60)
>DroVir_CAF1 23139 115 + 1
U-----GCCAACGGCACCACCACCACCGGCGCUCUGCAUCUGCAUUUGCAUCGACUGCAGCGUCGGCGUGGUGGGCACCGAUAGCGGCGGCGUCGAGGAGACCAGUGCCUGUAGCUGUUG
.-----..(((((((.(((((((..((((((((..((((((((....)))..)).))))))))))).)))))))((((((....))).((((..(.(....))..))))))).))))))) ( -54.30)
>DroGri_CAF1 22290 106 + 1
U-----GUU------GCCAACGC---CGGCGCCCUGCAUCUGCAUUUGCAUGGAUUGCAAGGUGGGCGUGGUGGGCACCGACAGCGGAGGCGUCGAUGAGACCAGCGCCUGUAGCUGUAG
.-----(.(------(((..(((---((.((((((((....)))((((((.....))))))..)))))))))))))).).(((((..((((((.(.......).))))))...))))).. ( -46.70)
>DroWil_CAF1 25450 112 + 1
--CAUUGCC------AGCAGCGCCAGUGCCGCUUUGCAAUUGCAUUUGCAUCGAUUGCAGAGUCGGUGUGGUGGGCACUGAUAAUGGUGGAGUCGAUGAUACCAAUGCCUGUAGCUGUUG
--......(------((((((((((.(((((((((((((((((....)))...))))))))).)))))))))(((((((......))(((.(((...))).))).)))))...))))))) ( -43.40)
>DroMoj_CAF1 20396 109 + 1
U-----GCC------GCCAACGCCAGUGCCGCCCUGCAUCUGCAUUUGCAUCGACUGCAGGGUGGGGGUGGUUGGCACCGAUAGCGGUGGCGUUGAUGAGACCAAAGCCUGUAGCUGUUG
.-----...------((((..((((.(.(((((((((((((((....)))..)).)))))))))).).))))))))..(((((((...(((.(((.......))).)))....))))))) ( -52.10)
>DroAna_CAF1 25138 111 + 1
U---GACCC------AGCACCGGAUGUCCCGCUCUGCAACUGCAUCUGCAUCGACUGCAAAGUGGGUGUGGUGGGCACUGAGAGCGGUGGCGUUGAUGAUACCAGGGCCUGGAGCUGUGG
.---..(((------(((....(((((((((((((.((..(((..(..((((.(((....))).))))..)...))).))))))))).)))))).......((((...)))).)))).)) ( -48.00)
>consensus
U_____GCC______ACCACCGCCAGUGCCGCUCUGCAUCUGCAUUUGCAUCGACUGCAGGGUGGGCGUGGUGGGCACCGAUAGCGGUGGCGUCGAUGAGACCAAUGCCUGUAGCUGUUG
....................(((((...((((((((((..(((....))).....))))))))))...))))).......(((((...(((((.(.......).)))))....))))).. (-23.65 = -25.32 +   1.67)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	226,400 – 226,514
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.93
Mean single sequence MFE	-43.01
Consensus MFE	-17.92
Energy contribution	-19.17
Covariance contribution	1.25
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.15
Structure conservation index	0.42
SVM decision value	0.40
SVM RNA-class probability	0.719787
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 226400 114 - 22407834
CCACAGCUCCAGGCAUUGGUUUCAUCGACACCGCCGCUGUCGGUUCCCACCACUCCCACCCUUCAGUCUAUGCAAAUGCAGCUGCAGAGCGGCUCCGGCAGUGGU------GGGUCCGGA
..(((((....(((...(((.((...)).)))))))))))(((..(((((((((.((.............(((....)))(((((...)))))...)).))))))------))).))).. ( -44.50)
>DroVir_CAF1 23139 115 - 1
CAACAGCUACAGGCACUGGUCUCCUCGACGCCGCCGCUAUCGGUGCCCACCACGCCGACGCUGCAGUCGAUGCAAAUGCAGAUGCAGAGCGCCGGUGGUGGUGGUGCCGUUGGC-----A
.....((((..(((....(((.....)))(((((((((((((((((.(.....((((((......))))..))...(((....)))).))))))))))))))))))))..))))-----. ( -54.70)
>DroGri_CAF1 22290 106 - 1
CUACAGCUACAGGCGCUGGUCUCAUCGACGCCUCCGCUGUCGGUGCCCACCACGCCCACCUUGCAAUCCAUGCAAAUGCAGAUGCAGGGCGCCG---GCGUUGGC------AAC-----A
.....((((...((((((((..(((((((((....)).)))))))........((((...(((((.....))))).(((....)))))))))))---))))))))------...-----. ( -42.10)
>DroWil_CAF1 25450 112 - 1
CAACAGCUACAGGCAUUGGUAUCAUCGACUCCACCAUUAUCAGUGCCCACCACACCGACUCUGCAAUCGAUGCAAAUGCAAUUGCAAAGCGGCACUGGCGCUGCU------GGCAAUG--
((.((((....((((((((((................))))))))))..(((..(((.((.((((((...(((....))))))))).)))))...))).)))).)------)......-- ( -35.09)
>DroMoj_CAF1 20396 109 - 1
CAACAGCUACAGGCUUUGGUCUCAUCAACGCCACCGCUAUCGGUGCCAACCACCCCCACCCUGCAGUCGAUGCAAAUGCAGAUGCAGGGCGGCACUGGCGUUGGC------GGC-----A
.....((...((((....))))......(((((.(((((..((((.....)))).((.(((((((.....(((....)))..))))))).))...))))).))))------)))-----. ( -43.80)
>DroAna_CAF1 25138 111 - 1
CCACAGCUCCAGGCCCUGGUAUCAUCAACGCCACCGCUCUCAGUGCCCACCACACCCACUUUGCAGUCGAUGCAGAUGCAGUUGCAGAGCGGGACAUCCGGUGCU------GGGUC---A
((.((((.((.(((..((((...))))..))).((((((((((((.....)))......((((((.....))))))......)).))))))).......)).)))------)))..---. ( -37.90)
>consensus
CAACAGCUACAGGCACUGGUCUCAUCGACGCCACCGCUAUCGGUGCCCACCACACCCACCCUGCAGUCGAUGCAAAUGCAGAUGCAGAGCGGCACUGGCGGUGGU______GGC_____A
.....(((...(((((((((..................)))))))))........((.(((((((.....(((....)))..))))))).))....)))..................... (-17.92 = -19.17 +   1.25)

alignment

secondary structure

dotplot

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