Locus 584

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 1,784,735 – 1,784,845
Length 110
Max. P 0.550131
window961

overview

Window 1

Location 1,784,735 – 1,784,845
Length 110
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 64.71
Mean single sequence MFE -37.07
Consensus MFE -8.74
Energy contribution -7.50
Covariance contribution -1.24
Combinations/Pair 1.68
Mean z-score -2.11
Structure conservation index 0.24
SVM decision value 0.03
SVM RNA-class probability 0.550131
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1784735 110 + 22407834
UGAGUCUGAGCGGAUGGACCUUUUGC---UCUAUCUGUACCAUCGCCUAUUGGAUCUCGGCCAGCGUCUGGCAUCCAUCUAUGAUUAUCAAAUGGUCAUGGUGAUGGUCAGCU-------
..((.(((((((((((((.(....).---))))))))).((((((((...(((((....(((((...))))))))))...((((((((...))))))))))))))))))))))------- ( -42.80)
>DroPse_CAF1 48605 110 + 1
GGACCCGGCCCGGAUCAAGCGGCUAU---UCUGGCUGUAUAGUCGCCUCCUGGAAGUAAACUCACGACUGGCUGCCAUCUAUGAUAUUCCGGUGACCCUCUUCAUGGUCACCC-------
(((...(((((((.((..((((((((---.(.....).)))))))).....(..((....))..)))))))..)))(((...)))..)))(((((((........))))))).------- ( -35.00)
>DroSec_CAF1 41683 110 + 1
UGAGUCUGAGAGGGUGGACCUUUUGC---UCUAUCUGUACCAUCGCCUAUUGGAUCUCAGCCAGCGUCUGGCAUCCAUCUAUGAUUAUCAAAUGGUCAUGGUGAUGGCCAGCU-------
.((((..((((((.....))))))))---))...(((..((((((((...(((((....(((((...))))))))))...((((((((...)))))))))))))))).)))..------- ( -38.80)
>DroYak_CAF1 52885 110 + 1
UGAGUCUGAGAAGGUGGACUUUUUGC---UCAAACUGUACCAUCGCCUAUUGGAUCUUAGCCAUCGUCUGGCAUCCAUCUAUGAUUAUCAAAUGGUCAUGGUGAUGGCCAGCU-------
(((((..((((((.....))))))))---)))..(((..((((((((...(((((....((((.....)))))))))...((((((((...)))))))))))))))).)))..------- ( -36.30)
>DroAna_CAF1 42164 117 + 1
AGAUCCCGAUGAAGU---CCUUCUGCUCCUCCAACUCUACAGUCGGCUGGUUGAGCUGAACGAUCACAUUGCCUCGAUAUACGAUGUUCAAAUGAUCCUUCUCAUGACCACAUUGGUCUC
.((..((((((..((---(.....((((..(((.((........)).)))..)))).(((.(((((....((.(((.....))).)).....))))).)))....)))..))))))..)) ( -30.00)
>DroPer_CAF1 47569 110 + 1
CGAGUCCUGCGAGGUUGACAGACUUC---UCUCCCUGUACAGUCGCUUGCUGGAGCUGAACCAUCGCCUGGCCGGCAACUACGACUACCAGAUGGUUAUGGUGAUGGUGAGCU-------
....(((.(((((((((((((.....---.....)))).))).).))))).)))(((..(((((((((((((((....)..(........)..))))).))))))))).))).------- ( -39.50)
>consensus
UGAGUCUGAGAAGGUGGACCUUCUGC___UCUAACUGUACAAUCGCCUAUUGGAUCUCAACCAUCGUCUGGCAUCCAUCUAUGAUUAUCAAAUGGUCAUGGUGAUGGCCAGCU_______
.........................................((((.....(((((.....(((.....))).)))))....)))).......(((((((....))))))).......... ( -8.74 =  -7.50 +  -1.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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