Locus 5832

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	16,550,738 – 16,550,830
Length	92
Max. P	0.941535

overview

Window 4

Location	16,550,738 – 16,550,830
Length	92
Sequences	6
Columns	94
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.91
Mean single sequence MFE	-31.88
Consensus MFE	-23.22
Energy contribution	-22.69
Covariance contribution	-0.53
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-4.31
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	1.32
SVM RNA-class probability	0.941535
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16550738 92 + 22407834
AUUGGGCCGCAUCUAAGAUAAGACCGGGC-CACGCGUCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGGAC-CA
..(((.(((..(((......))).))).(-((((((.((((((.............(((((((....))))))))))))).)))))))..)-)) ( -27.51)
>DroPse_CAF1 7775 81 + 1
-------------UUGGAUAAGCCCCGGCGUAUGCGGUGUGUGCGCCAUAAAACAAAUUAAUACAGAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGGCCACC
-------------..((.......))(((.(((((((((((((.............(((((((....)))))))))))))))))))).)))... ( -29.21)
>DroSec_CAF1 5167 92 + 1
AUUGGGCCGCAUCUAAGAUAAGACCGGGC-CACGCGGCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGGAC-CA
..(((.(((..(((......))).))).(-(((((((((((((.............(((((((....)))))))))))))))))))))..)-)) ( -34.61)
>DroSim_CAF1 5161 92 + 1
AUUGGGCCGCAUCUAAGAUAAGACCGGGC-CACGCGGCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGGAC-CA
..(((.(((..(((......))).))).(-(((((((((((((.............(((((((....)))))))))))))))))))))..)-)) ( -34.61)
>DroEre_CAF1 5147 92 + 1
AUUGGGUGGCAUCUAAGAUAAGGCCGGGC-CACGCGGCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGUAC-GA
.......(((............)))(..(-(((((((((((((.............(((((((....)))))))))))))))))))))..)-.. ( -34.01)
>DroYak_CAF1 5110 92 + 1
AUUGGGCCGCAUCUAAGAUAAGACCAGGC-CACGCGGCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUUAUACGCCGCGUGGUAU-GA
.((((..(..(((...)))..).))))((-(((((((((((((.............(((((((....))))))))))))))))))))))..-.. ( -31.31)
>consensus
AUUGGGCCGCAUCUAAGAUAAGACCGGGC_CACGCGGCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGGAC_CA
..............................(((((((((((((.............(((((((....))))))))))))))))))))....... (-23.22 = -22.69 +  -0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	16,550,738 – 16,550,830
Length	92
Sequences	6
Columns	94
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.91
Mean single sequence MFE	-34.63
Consensus MFE	-22.27
Energy contribution	-24.93
Covariance contribution	2.67
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-4.63
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	1.04
SVM RNA-class probability	0.905039
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16550738 92 - 22407834
UG-GUCCCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGACGCGUG-GCCCGGUCUUAUCUUAGAUGCGGCCCAAU
.(-(..(((((((.(((((((((((((....)))))))..((......)).)))))).))))))-).))((((.((((...)))).)))).... ( -31.60)
>DroPse_CAF1 7775 81 - 1
GGUGGCCCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUCUGUAUUAAUUUGUUUUAUGGCGCACACACCGCAUACGCCGGGGCUUAUCCAA-------------
((.(((((...((((((((((((((((....))))))).........((.(....).)).))))))))))))))...))..------------- ( -29.30)
>DroSec_CAF1 5167 92 - 1
UG-GUCCCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGCCGCGUG-GCCCGGUCUUAUCUUAGAUGCGGCCCAAU
.(-(..(((((((((((((((((((((....)))))))..((......)).)))))))))))))-).))((((.((((...)))).)))).... ( -38.70)
>DroSim_CAF1 5161 92 - 1
UG-GUCCCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGCCGCGUG-GCCCGGUCUUAUCUUAGAUGCGGCCCAAU
.(-(..(((((((((((((((((((((....)))))))..((......)).)))))))))))))-).))((((.((((...)))).)))).... ( -38.70)
>DroEre_CAF1 5147 92 - 1
UC-GUACCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGCCGCGUG-GCCCGGCCUUAUCUUAGAUGCCACCCAAU
..-(..(((((((((((((((((((((....)))))))..((......)).)))))))))))))-)..)(((.((......)).)))....... ( -35.50)
>DroYak_CAF1 5110 92 - 1
UC-AUACCACGCGGCGUAUAAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGCCGCGUG-GCCUGGUCUUAUCUUAGAUGCGGCCCAAU
..-...(((((((((((((((((((((....)))))))).((......))..))))))))))))-)...((((.((((...)))).)))).... ( -34.00)
>consensus
UG_GUCCCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGCCGCGUG_GCCCGGUCUUAUCUUAGAUGCGGCCCAAU
.......((((((((((((((((((((....)))))))..((......)).))))))))))))).....((((.((((...)))).)))).... (-22.27 = -24.93 +   2.67)

alignment

secondary structure

dotplot

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