Locus 5757

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 16,381,883 – 16,382,001
Length 118
Max. P 0.990639
window9120

overview

Window 0

Location 16,381,883 – 16,382,001
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.11
Mean single sequence MFE -25.03
Consensus MFE -22.96
Energy contribution -23.35
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 2.22
SVM RNA-class probability 0.990639
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16381883 118 - 22407834
GCAACGCGAA-UAUAAGAUUGUACACCAAUUUUAUUAACUGCAAAUCUUAUUUGCAUGUUUAUUUUGCAUAAUGUGCCGAAAAACAAGCGUCAAGUAAGGACAUCGCA-CCCCUGCAAAA
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>DroSec_CAF1 5553 118 - 1
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>DroSim_CAF1 3592 118 - 1
GCAACGCGAA-UAUAAGAUUGUACACCAAUUUUAUUAACUGCAAAUCUUAUUUGCAUGUUUAUUUUGCAUAAUGUGCCGAAAAACAAGCGUCAAGUAAGGACAUCGCA-CCCCUGCAAAA
(((..((((.-.(((((((((.....)))))))))..........(((((((((.((((((.((((((((...))))...)))).)))))))))))))))...)))).-....))).... ( -26.30)
>DroEre_CAF1 3700 119 - 1
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>DroYak_CAF1 5919 118 - 1
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>DroAna_CAF1 1700 119 - 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

Postscript

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