Locus 563

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	1,756,798 – 1,756,933
Length	135
Max. P	0.975714

overview

Window 1

Location	1,756,798 – 1,756,893
Length	95
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.25
Mean single sequence MFE	-31.83
Consensus MFE	-17.05
Energy contribution	-16.55
Covariance contribution	-0.50
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.81
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	1.76
SVM RNA-class probability	0.975714
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1756798 95 + 22407834
AGCUAUA--UAUAGAUAUAUAUGCACAUAGCA--------------CAUAACGAAGGAUCUCCUGUGACAGCACAGCUGGCGAAGUCGCCUCUUCUCCAGCUGGUGUCAAG
.((((((--((((....)))))....))))).--------------........(((....))).(((((.(.(((((((.((((......)))).))))))))))))).. ( -31.70)
>DroSec_CAF1 13914 93 + 1
AGCUAUA--UAUAGAUAUAUAAGCACAUAGCA--------------CAUAACGAAGGAUCUCCUGCGACAGC--AGCUGGCGAAGUCGCCUCUUCUCCAGCUGGUGUCAAG
.((((((--((....))))).)))........--------------......(.(((....))).)((((.(--((((((.((((......)))).))))))).))))... ( -33.50)
>DroSim_CAF1 20576 93 + 1
AGCUAUA--UAUAGAUAUAUAUGCACAUAGCA--------------CAUAACGAAGGAUCUCCUGCGACAGC--AGCUGGCGAAGUCGCCUCUUCUCCAGCUGGUGUCAAG
.((((((--((((....)))))....))))).--------------......(.(((....))).)((((.(--((((((.((((......)))).))))))).))))... ( -34.60)
>DroEre_CAF1 13575 95 + 1
AGAUAUAUAUAUAGAUAUAUAUGCACAUGGCC--------------CAUGACGAUGGGGAUCCUGUGACAGC--AGCUGGCGAAGUCGCCUCUUCUACAGCUGGUGUCAAG
..((((((((....))))))))..(((.((((--------------(((....)))))...)))))((((.(--(((((..((((......))))..)))))).))))... ( -34.30)
>DroYak_CAF1 20987 107 + 1
AGAUAUA--UAUAAAUUCAUAUGCACAUAGCACAUAGCACAGAGCACAUAACGAUGGGGAUCCUGUGACAGC--AGCUGGCGGAGUCGCCUCUUCUACAGCUGGUGUCAAG
.......--......(((((.(((.....)))....((.....))........))))).......(((((.(--(((((..((((......))))..)))))).))))).. ( -27.40)
>DroAna_CAF1 13043 78 + 1
AG----------AGGCAAAGUCGCCCCCCGCC--------------CAU-------GGGAUCCUGUGACAGC--AGCUGGCUGAGUCGCCUCUUAUACAGCUGGUGUCAAG
..----------.(((......))).((((..--------------..)-------)))......(((((.(--(((((..((((......))))..)))))).))))).. ( -29.50)
>consensus
AGCUAUA__UAUAGAUAUAUAUGCACAUAGCA______________CAUAACGAAGGAGAUCCUGUGACAGC__AGCUGGCGAAGUCGCCUCUUCUACAGCUGGUGUCAAG
......................((.....))...................................((((.(..(((((..((((......))))..)))))).))))... (-17.05 = -16.55 +  -0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	1,756,798 – 1,756,893
Length	95
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.25
Mean single sequence MFE	-31.72
Consensus MFE	-15.22
Energy contribution	-15.05
Covariance contribution	-0.17
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.54
Structure conservation index	0.48
SVM decision value	1.09
SVM RNA-class probability	0.913285
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1756798 95 - 22407834
CUUGACACCAGCUGGAGAAGAGGCGACUUCGCCAGCUGUGCUGUCACAGGAGAUCCUUCGUUAUG--------------UGCUAUGUGCAUAUAUAUCUAUA--UAUAGCU
..(((((((((((((.((((......)))).))))))).).))))).(((....)))....((((--------------(((.....)))))))........--....... ( -32.00)
>DroSec_CAF1 13914 93 - 1
CUUGACACCAGCUGGAGAAGAGGCGACUUCGCCAGCU--GCUGUCGCAGGAGAUCCUUCGUUAUG--------------UGCUAUGUGCUUAUAUAUCUAUA--UAUAGCU
...((((.(((((((.((((......)))).))))))--).))))(.(((....))).)......--------------.((((((((............))--)))))). ( -32.30)
>DroSim_CAF1 20576 93 - 1
CUUGACACCAGCUGGAGAAGAGGCGACUUCGCCAGCU--GCUGUCGCAGGAGAUCCUUCGUUAUG--------------UGCUAUGUGCAUAUAUAUCUAUA--UAUAGCU
...((((.(((((((.((((......)))).))))))--).))))(((((....)))....((((--------------(((.....)))))))........--....)). ( -34.60)
>DroEre_CAF1 13575 95 - 1
CUUGACACCAGCUGUAGAAGAGGCGACUUCGCCAGCU--GCUGUCACAGGAUCCCCAUCGUCAUG--------------GGCCAUGUGCAUAUAUAUCUAUAUAUAUAUCU
...((((.((((((..((((......))))..)))))--).))))(((((...(((((....)))--------------)))).)))..((((((((....)))))))).. ( -30.10)
>DroYak_CAF1 20987 107 - 1
CUUGACACCAGCUGUAGAAGAGGCGACUCCGCCAGCU--GCUGUCACAGGAUCCCCAUCGUUAUGUGCUCUGUGCUAUGUGCUAUGUGCAUAUGAAUUUAUA--UAUAUCU
..(((((.((((((..(..(((....))))..)))))--).)))))..((....))....((((((((.(...((.....))...).)))))))).......--....... ( -31.90)
>DroAna_CAF1 13043 78 - 1
CUUGACACCAGCUGUAUAAGAGGCGACUCAGCCAGCU--GCUGUCACAGGAUCCC-------AUG--------------GGCGGGGGGCGACUUUGCCU----------CU
(((((((.((((((.....(((....)))...)))))--).))))).))......-------..(--------------(((((((.....))))))))----------.. ( -29.40)
>consensus
CUUGACACCAGCUGGAGAAGAGGCGACUUCGCCAGCU__GCUGUCACAGGAGACCCUUCGUUAUG______________UGCUAUGUGCAUAUAUAUCUAUA__UAUAGCU
(((((((..(((((..((((......))))..)))))....))))).))...............................((.....))...................... (-15.22 = -15.05 +  -0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	1,756,827 – 1,756,933
Length	106
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.74
Mean single sequence MFE	-36.92
Consensus MFE	-19.53
Energy contribution	-21.20
Covariance contribution	1.67
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.62
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	1.34
SVM RNA-class probability	0.943504
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1756827 106 + 22407834
A--------------CAUAACGAAGGAUCUCCUGUGACAGCACAGCUGGCGAAGUCGCCUCUUCUCCAGCUGGUGUCAAGGAAUAAUAUUUGCAUUGUUGUAGCUGAAAAGGGGCUGACU
.--------------.(((((((.((((.((((.(((((.(.(((((((.((((......)))).))))))))))))))))).....))))...)))))))((((.......)))).... ( -33.80)
>DroPse_CAF1 15454 91 + 1
-------------------------GCUUGGCUGUGACAGC--CGCUGCCAAAGCCUCCUCGGCUACAGCUGGUGUCAAGGAAUAAUAUUUGCAUUGUUGUAGCUGAAAGGGGA--GACU
-------------------------(((((((.(((.....--))).))).))))(((((((((((((((.((((.((((........)))))))))))))))))))....)))--)... ( -36.90)
>DroEre_CAF1 13606 104 + 1
C--------------CAUGACGAUGGGGAUCCUGUGACAGC--AGCUGGCGAAGUCGCCUCUUCUACAGCUGGUGUCAAGGAAUAAUAUUUGCAUUGUUGUAGCUGAAAAGGGGCUGACU
(--------------((..((((((.(((((((.(((((.(--(((((..((((......))))..)))))).)))))))))......))).))))))..)..((....))))....... ( -38.70)
>DroYak_CAF1 21016 118 + 1
ACAUAGCACAGAGCACAUAACGAUGGGGAUCCUGUGACAGC--AGCUGGCGGAGUCGCCUCUUCUACAGCUGGUGUCAAGGAAUAAUAUUUGCAUUGUUGUAGCUGAAAAGGGGCUGACU
...((((.........(((((((((.(((((((.(((((.(--(((((..((((......))))..)))))).)))))))))......))).)))))))))..((....))..))))... ( -41.50)
>DroAna_CAF1 13064 97 + 1
C--------------CAU-------GGGAUCCUGUGACAGC--AGCUGGCUGAGUCGCCUCUUAUACAGCUGGUGUCAAGGAAUAAUAUUUGCAUUGUUGUAGCUGAAAGGGGGACGACU
.--------------...-------....((((.(((((.(--(((((..((((......))))..)))))).)))))))))..............(((((..((....))...))))). ( -32.50)
>DroPer_CAF1 14487 91 + 1
-------------------------GCUUGGCUGUGACAGC--CGCUGCCAAAGCCUCCUCGGCUACAGCUGGUGUCAAGGAAUAAUAUUUGCAUUGUUGUAGCUGAAAGGGGG--GACU
-------------------------..(((((.(((.....--))).)))))..((((((((((((((((.((((.((((........)))))))))))))))))))..)))))--.... ( -38.10)
>consensus
_______________CAU_______GGGAUCCUGUGACAGC__AGCUGGCGAAGUCGCCUCUUCUACAGCUGGUGUCAAGGAAUAAUAUUUGCAUUGUUGUAGCUGAAAAGGGGCUGACU
.....................................((((...))))....((((((((((((((((((.((((.((((........))))))))))))))).....)))))).))))) (-19.53 = -21.20 +   1.67)

alignment

secondary structure

dotplot

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