Locus 5475

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 15,627,701 – 15,627,818
Length 117
Max. P 0.805715
window8687 window8688

overview

Window 7

Location 15,627,701 – 15,627,818
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.85
Mean single sequence MFE -42.85
Consensus MFE -27.65
Energy contribution -27.38
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.63
SVM RNA-class probability 0.805715
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15627701 117 + 22407834
GCGUCCCCGUAGUACUCAAUCGCAUGCCGUGGUUCGACAACCCUACGGACCGCAGGACAACUUCGUGUCCCGGCUCUUUGGUCGUCCGGCCCGCAGUCAGUACUACCGGACCAUCAA
(.((((..((((((((..((.((..(((((((((((.........)))))))).(((((......))))).))).....((((....)))).)).)).)))))))).)))))..... ( -44.40)
>DroVir_CAF1 180879 117 + 1
GCGUUCACGUAACGCUCCCUCACGCGCCCUGGUACGGCAGCCAUAUGGACCCGAUGAUAACUUUGUCUCACGCCUUUUUGGCCGCCCGGCGAGGCGUCAGUACUAUCGCACCAUAAA
(((((.....)))))........(((...((((((((...((....))..))((.((((....))))))(((((((....(((....))))))))))..)))))).)))........ ( -34.00)
>DroSim_CAF1 127837 117 + 1
GCGUCCCCGUAGUACUCCAUCGAAUGCCGUGGUUCGACAACCCUACGGACCGCAGGACAACUUUGUGUCCCGGCUCUUUGGUCGUCCGGCCCGCAGUCAGUACUACCGCACCAUCAA
(((.....((((((((....((...(((((((((((.........)))))))).(((((......))))).))).....((((....)))))).....)))))))))))........ ( -39.50)
>DroEre_CAF1 130034 117 + 1
GAGUCGCCGUAGUACUGCAUCGCAUGCCGUGGUUCGACAACCCUACGGACCGCAGGACAGCUUUGUGUCCCGACUUUUUGGUCGUCCGGCCCGCAGUCAGUACUACCGGACCAUCAA
((....(((((((((((.((.((..(((((((((((.........)))))))).(((((......)))))(((((....)))))...)))..)).)))))))))).)))....)).. ( -47.30)
>DroYak_CAF1 141975 117 + 1
GCGUCCCCGUAGUACUCCAUCGCAUGCCGUGGUCCGACAACCCUACGGACCGCAGGACAACUUUGUGUCCCGACUUUUUGGACGUCCGGCCCGCAAUCAGUACUACCGGACAAUUAA
..((((..((((((((.....((..(((((((((((.........)))))))).((((.((...))((((.........)))))))))))..))....)))))))).))))...... ( -45.40)
>DroMoj_CAF1 179510 117 + 1
GCGAAUACGAAAUGCGCCGUCGCGGGCUCUGGUCCGUCAGCCCUAUGGACCCGAUGACAACUUUGUGUCGCGUCUGUUUGGGCGUCCGGCCAGGCAUCAGUACUAUCGCGCCAUUAA
((((.(((...(((((((......))).((((.(((...((((.((((((.((((.(((....))))))).))))))..))))...)))))))))))..)))...))))........ ( -46.50)
>consensus
GCGUCCCCGUAGUACUCCAUCGCAUGCCGUGGUUCGACAACCCUACGGACCGCAGGACAACUUUGUGUCCCGACUUUUUGGUCGUCCGGCCCGCAGUCAGUACUACCGCACCAUCAA
........((((((((.........(((((((((((.........)))))))).(((((......)))))(((((....)))))...)))........))))))))........... (-27.65 = -27.38 +  -0.27)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 15,627,701 – 15,627,818
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.85
Mean single sequence MFE -48.15
Consensus MFE -27.86
Energy contribution -30.42
Covariance contribution 2.56
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.602111
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15627701 117 - 22407834
UUGAUGGUCCGGUAGUACUGACUGCGGGCCGGACGACCAAAGAGCCGGGACACGAAGUUGUCCUGCGGUCCGUAGGGUUGUCGAACCACGGCAUGCGAUUGAGUACUACGGGGACGC
.....(..((.((((((((.((((((((((((....)).....((.((((((......))))))))))))))))).(((((((.....))))).))...).)))))))).))..).. ( -50.70)
>DroVir_CAF1 180879 117 - 1
UUUAUGGUGCGAUAGUACUGACGCCUCGCCGGGCGGCCAAAAAGGCGUGAGACAAAGUUAUCAUCGGGUCCAUAUGGCUGCCGUACCAGGGCGCGUGAGGGAGCGUUACGUGAACGC
((((((((((....))))(((((((((((..((((((((....(((.(((((........)).))).)))....))))))))(..(....)..))))))...))))))))))))... ( -41.70)
>DroSim_CAF1 127837 117 - 1
UUGAUGGUGCGGUAGUACUGACUGCGGGCCGGACGACCAAAGAGCCGGGACACAAAGUUGUCCUGCGGUCCGUAGGGUUGUCGAACCACGGCAUUCGAUGGAGUACUACGGGGACGC
........((.((((((((..(((((((((((....)).....((.((((((......)))))))))))))))))(..(((((.....)))))..).....))))))))(....))) ( -47.70)
>DroEre_CAF1 130034 117 - 1
UUGAUGGUCCGGUAGUACUGACUGCGGGCCGGACGACCAAAAAGUCGGGACACAAAGCUGUCCUGCGGUCCGUAGGGUUGUCGAACCACGGCAUGCGAUGCAGUACUACGGCGACUC
.....(((((.(((((((((.((((((((((..((((......))))(((((......)))))..)))))))))).(((((((.....))))).))....))))))))).).)))). ( -54.70)
>DroYak_CAF1 141975 117 - 1
UUAAUUGUCCGGUAGUACUGAUUGCGGGCCGGACGUCCAAAAAGUCGGGACACAAAGUUGUCCUGCGGUCCGUAGGGUUGUCGGACCACGGCAUGCGAUGGAGUACUACGGGGACGC
......((((.((((((((.((((((.((((............(.(((((((......))))))))((((((.........)))))).)))).)))))).).)))))))..)))).. ( -51.70)
>DroMoj_CAF1 179510 117 - 1
UUAAUGGCGCGAUAGUACUGAUGCCUGGCCGGACGCCCAAACAGACGCGACACAAAGUUGUCAUCGGGUCCAUAGGGCUGACGGACCAGAGCCCGCGACGGCGCAUUUCGUAUUCGC
........((((..((((.((((((((((((...((((.....(((.(((.(((....)))..))).)))....))))...))).)))).(((......))))))))..)))))))) ( -42.40)
>consensus
UUGAUGGUCCGGUAGUACUGACUGCGGGCCGGACGACCAAAAAGCCGGGACACAAAGUUGUCCUGCGGUCCGUAGGGUUGUCGAACCACGGCAUGCGAUGGAGUACUACGGGGACGC
........(((.(((((((..(((((((((((....)).......(((((((......))))))).))))))))).(((((((.....))))).)).....))))))))))...... (-27.86 = -30.42 +   2.56)

alignment

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secondary structure

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