Locus 5448

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	15,525,532 – 15,525,670
Length	138
Max. P	0.930129

overview

Window 8

Location	15,525,532 – 15,525,639
Length	107
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.50
Mean single sequence MFE	-26.70
Consensus MFE	-24.37
Energy contribution	-24.70
Covariance contribution	0.33
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.82
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	1.20
SVM RNA-class probability	0.930129
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15525532 107 + 22407834
CC--CGCUUUUCUCUCCACUAUCCUUGCGUAGAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACU
..--....................((((((.......((((.((.......)).))))..(((((((.((((((((((...--.)))).)))))).))))))))))))).. ( -27.70)
>DroPse_CAF1 79310 104 + 1
CCCCCAACU----CUCC---AUCAGCGCUUAAAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUAUGGCUGCGCGAUGGCAGCUGUUGCGCCGCU
.........----....---....((((.........((((.((.......)).))))..(((((((.(((.(((((((....))))).)).))).))))))))))).... ( -25.90)
>DroSim_CAF1 30506 107 + 1
CC--CGCUUUUCCCUCCACUAUCCUUGCGUAGAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACU
..--....................((((((.......((((.((.......)).))))..(((((((.((((((((((...--.)))).)))))).))))))))))))).. ( -27.70)
>DroEre_CAF1 30638 107 + 1
CC--CUCCUCCCCCUUCGUUAUCCUUGCAUAGAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACU
..--....................((((.........((((.((.......)).)))).((((((((.((((((((((...--.)))).)))))).)))))))).)))).. ( -25.30)
>DroYak_CAF1 31359 106 + 1
CC--AUCCUUC-CCUCCGUUAUCCUUGCGUAGAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACU
..--.......-............((((((.......((((.((.......)).))))..(((((((.((((((((((...--.)))).)))))).))))))))))))).. ( -27.70)
>DroPer_CAF1 78141 102 + 1
CC--CACCU----CUCC---AUCAGCGCUUAAAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUAUGGCUGCGCGAUGGCAGCUGUUGCGCCGCU
..--.....----....---....((((.........((((.((.......)).))))..(((((((.(((.(((((((....))))).)).))).))))))))))).... ( -25.90)
>consensus
CC__CACCUU__CCUCC__UAUCCUUGCGUAGAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA__GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACU
..........................((.........((((.((.......)).)))).((((((((.(((((((((((....))))).)))))).)))))))).)).... (-24.37 = -24.70 +   0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	15,525,568 – 15,525,670
Length	102
Sequences	6
Columns	110
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.67
Mean single sequence MFE	-31.07
Consensus MFE	-22.45
Energy contribution	-25.23
Covariance contribution	2.78
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	-0.03
SVM RNA-class probability	0.517638
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15525568 102 + 22407834
GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACUCCAGGUCCCGAUC------CUUCAGGACCCGCUGCUG
................((((.....)))).....(((((((((--(((((......))))))).............(((((.((..------..)).))))).))))))) ( -32.50)
>DroPse_CAF1 79341 92 + 1
GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUAUGGCUGCGCGAUGGCAGCUGUUGCGCCGCUCCUUGCUCCCGUC------------------CUGUGG
.......................((((......((((.(((...(((.(((((((((...))))))))).)))....))).)))).------------------)))).. ( -25.60)
>DroSim_CAF1 30542 102 + 1
GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACUCCAGGUCCCGAUC------CUUCAGGACCCGCUGCUG
................((((.....)))).....(((((((((--(((((......))))))).............(((((.((..------..)).))))).))))))) ( -32.50)
>DroEre_CAF1 30674 108 + 1
GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACUCCAGGUCCUGAUCCAGGACCUUCAGGACCCGCUGCUG
......................(((((((.((((((((((...--.)))).)))))).)))))))((((...(((((((((((...))))))))...)))...)).)).. ( -37.70)
>DroYak_CAF1 31394 102 + 1
GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACUCUAGGUCCCGAUC------CUUCAGGACCCGCUGCUG
................((((.....)))).....(((((((((--(((((......))))))).............(((((.((..------..)).))))).))))))) ( -32.50)
>DroPer_CAF1 78170 92 + 1
GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUAUGGCUGCGCGAUGGCAGCUGUUGCGCCGCUCCUUGCUCCCGUC------------------CUGUGG
.......................((((......((((.(((...(((.(((((((((...))))))))).)))....))).)))).------------------)))).. ( -25.60)
>consensus
GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA__GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACUCCAGGUCCCGAUC______CUUCAGGACCCGCUGCUG
.....................((((((((.(((((((((((....))))).)))))).)))))))).(((......(((((.((..........)).)))))...))).. (-22.45 = -25.23 +   2.78)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	15,525,568 – 15,525,670
Length	102
Sequences	6
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.67
Mean single sequence MFE	-35.16
Consensus MFE	-22.50
Energy contribution	-26.03
Covariance contribution	3.53
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-3.05
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.14
SVM RNA-class probability	0.605147
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15525568 102 - 22407834
CAGCAGCGGGUCCUGAAG------GAUCGGGACCUGGAGUUGCGCAACAGCUGCCAACGCGCAGC--UAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC
..((((((((((((((..------..)))))))))..((((((((.............)))))))--).)))))..........(((((((((....))))))))).... ( -39.62)
>DroPse_CAF1 79341 92 - 1
CCACAG------------------GACGGGAGCAAGGAGCGGCGCAACAGCUGCCAUCGCGCAGCCAUAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC
......------------------((((...((...(.(((((......))))))...))(((((....)))))))))......(((((((((....))))))))).... ( -26.10)
>DroSim_CAF1 30542 102 - 1
CAGCAGCGGGUCCUGAAG------GAUCGGGACCUGGAGUUGCGCAACAGCUGCCAACGCGCAGC--UAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC
..((((((((((((((..------..)))))))))..((((((((.............)))))))--).)))))..........(((((((((....))))))))).... ( -39.62)
>DroEre_CAF1 30674 108 - 1
CAGCAGCGGGUCCUGAAGGUCCUGGAUCAGGACCUGGAGUUGCGCAACAGCUGCCAACGCGCAGC--UAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC
((((.((((.(((...((((((((...))))))))))).)))).....((((((......)))))--).))))...........(((((((((....))))))))).... ( -39.90)
>DroYak_CAF1 31394 102 - 1
CAGCAGCGGGUCCUGAAG------GAUCGGGACCUAGAGUUGCGCAACAGCUGCCAACGCGCAGC--UAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC
..((((((((((((((..------..)))))))))..((((((((.............)))))))--).)))))..........(((((((((....))))))))).... ( -39.62)
>DroPer_CAF1 78170 92 - 1
CCACAG------------------GACGGGAGCAAGGAGCGGCGCAACAGCUGCCAUCGCGCAGCCAUAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC
......------------------((((...((...(.(((((......))))))...))(((((....)))))))))......(((((((((....))))))))).... ( -26.10)
>consensus
CAGCAGCGGGUCCUGAAG______GAUCGGGACCUGGAGUUGCGCAACAGCUGCCAACGCGCAGC__UAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC
.......(((((((((..........)))))))))(((((((.....))))).))((((.(((((....)))))))))......(((((((((....))))))))).... (-22.50 = -26.03 +   3.53)

alignment

secondary structure

dotplot

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