| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,031,306 – 15,031,420 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.869493 |
| Location | 15,031,306 – 15,031,420 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 116 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 70.29 |
| Mean single sequence MFE | -36.28 |
| Consensus MFE | -15.07 |
| Energy contribution | -16.55 |
| Covariance contribution | 1.48 |
| Combinations/Pair | 1.31 |
| Mean z-score | -1.97 |
| Structure conservation index | 0.42 |
| SVM decision value | 0.86 |
| SVM RNA-class probability | 0.869493 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 15031306 114 - 22407834 GUUGAGCGCGCUAACUGCAAGAGCUUAGUUUGGAAUCGGGCUUAAUAUGCUGGCUUGGAUCCCAAACAAGCGGAGCUUUAAGCUCACAGUACACAGAUAUUCGAUCCCGUGGAG-- ..(((((..((.....)).(((((((.((((((.((((((((.........))))).))).)))))).....)))))))..))))).....(((.(((.....)))..)))...-- ( -31.80) >DroPse_CAF1 37330 99 - 1 GCUUUGGGCGCUGAGUGCAAGAUCUGUGCUCGAAGACGAGCGUAAUAUACU--CUGGCAGACCGAUCGUCC-AAGCUUAAAGCUC--AGCU--CAGGU----------GAGCUGUU (((((((((((((((((((.....)))(((((....))))).......)))--).))).(((.....))).-..))))))))).(--((((--(....----------)))))).. ( -37.70) >DroSec_CAF1 25352 114 - 1 GUUCAGUGCGCUAACUGCAAGAGCUUAGUAUGGAGUCGGGCUUAAUAUGCUGGCUUGGAUCUCGAACAAGCAGAGCUUUAAGCUC--AGUACACAGAUAUUCGAUCCCGUGGUGUU ((((..((((.....)))).)))).((.(((((..((((((((((...(((.(((((.........)))))..))).))))))))--........(.....)))..))))).)).. ( -34.00) >DroSim_CAF1 27738 99 - 1 GUUCAGUGCGCUAACUGCAAGAGCUUAGUUUGGAGUCGGGCUUAAUAUGCUGGCUUGGAUCCCAAACAAGCAGAGCUUUAAGCUC--AGUGCACAGAU---------------GUU .....(((((((..........((((.((((((..(((((((.........)))))))...)))))))))).((((.....))))--)))))))....---------------... ( -36.90) >DroEre_CAF1 26574 112 - 1 GUUGAGUGCGCUAACUGCAAGAGCUUAGACCGGAGUCGGGCUUAAUAUGCUGGCUUGGAUCCACAACAAGCUAAGCUUUAAGCUC--AGAACUCAGAGAUCGGAUUCCGUGGUG-- .((((((..((.....))....)))))).((((((((((((((((...(((((((((.........)))))).))).))))))))--.((.(.....).)).))))))).)...-- ( -36.90) >DroPer_CAF1 36636 99 - 1 GCUUUGGGCGCUGAGUGCAAGAUCUGUGCUCGAAGACGAGCAUAAUAUACU--CUGGCAGACCGAUCGCGC-AAGCUUAAAGCUC--AGCU--CAGGU----------GAGCUGUU (((((((((.....((((..((((((((((((....)))))))).......--..((....))))))))))-..))))))))).(--((((--(....----------)))))).. ( -40.40) >consensus GUUCAGUGCGCUAACUGCAAGAGCUUAGUUCGGAGUCGGGCUUAAUAUGCUGGCUUGGAUCCCGAACAAGC_AAGCUUUAAGCUC__AGUACACAGAU__________GUGGUGUU .....((((((.....))..((((((((((((....))))).......(((.(((((.........)))))..)))..)))))))...))))........................ (-15.07 = -16.55 + 1.48)
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