Locus 5215

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 14,742,255 – 14,742,365
Length 110
Max. P 0.783609
window8303

overview

Window 3

Location 14,742,255 – 14,742,365
Length 110
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.96
Mean single sequence MFE -31.50
Consensus MFE -22.16
Energy contribution -25.24
Covariance contribution 3.08
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.783609
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14742255 110 + 22407834
UCAGGUGAGUGUGCUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGUUCAGAUGUGCAUACAUAUCAUUUAAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAGACUUGAUUUACUUGGGUG-
((((((((((.((((((((.(((((..((((((((..((((....((((((....))))))..))))))))))))..))))).)))))))).)))).....))))))...- ( -35.90)
>DroSec_CAF1 6782 110 + 1
UCAGGUGAGUGUGCUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGUUCAGAUGUGCACACAUAUCAUUUAAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAAACUUGAUUUACUUGGGUG-
((((((((((.((((((((.(((((..((((((((..((((....((((((....))))))..))))))))))))..))))).))))))))......))))))))))...- ( -34.20)
>DroSim_CAF1 6557 110 + 1
UCAGGUGAGUGUGCUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGUUCAGAUGUGCACACAUAUCAUUUAAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAAACUUGAUUUACUUGGGUG-
((((((((((.((((((((.(((((..((((((((..((((....((((((....))))))..))))))))))))..))))).))))))))......))))))))))...- ( -34.20)
>DroEre_CAF1 6671 110 + 1
UCAGGUGAGUGUGUUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGCUCAGAUGUGCAUACAUAUCAUUUCAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAGACUUCAUUUACUUGGGUG-
(((((((((((((((((((.(((((..((((((((...(((....((((((....))))))...)))))))))))..))))).)))))))).....)))))))))))...- ( -34.70)
>DroYak_CAF1 7984 111 + 1
UCAGGUGAGUGUGUUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGCUCAGAUGUGCAUACAUAUCAUUUCAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAGACUUGAUUUACUUGGGUGC
((((((((((.((((((((.(((((..((((((((...(((....((((((....))))))...)))))))))))..))))).)))))))).)))).....)))))).... ( -33.80)
>DroPer_CAF1 20064 89 + 1
UCAGGUGG---UCCAUGUGUGUGCGAU------AUGUCUGUGUGUGCUGUA------------CUUAAUUUUUCUGCUACGUUGGCAACCCUGCUUGAUUUACUCCGCUG-
(((((..(---(((((....))).)).------.((((..((((.((....------------............))))))..))))...)..)))))............- ( -16.19)
>consensus
UCAGGUGAGUGUGCUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGUUCAGAUGUGCAUACAUAUCAUUUAAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAGACUUGAUUUACUUGGGUG_
((((((((((.((((((((.(((((..((((((((..........((((((....))))))......))))))))..))))).)))))))).)))).....)))))).... (-22.16 = -25.24 +   3.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:38:52 2006