Locus 5208

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 14,726,344 – 14,726,464
Length 120
Max. P 0.767611
window8292

overview

Window 2

Location 14,726,344 – 14,726,464
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.83
Mean single sequence MFE -38.42
Consensus MFE -19.50
Energy contribution -20.62
Covariance contribution 1.11
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.20
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.52
SVM RNA-class probability 0.767611
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14726344 120 + 22407834
CACCAGUAGAUAUUGUGGAAGUUCUGCUGCGAGAUGAUCUGUAGCAGAAUAGAGCUAUGGUUCAGUCUGCGUUGCAGUUCAUAGAGCAGCUUUGUCGAUAAUUUAAUAACGUGUAUGUGG
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>DroPse_CAF1 114396 120 + 1
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>DroSec_CAF1 83164 120 + 1
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>DroSim_CAF1 83712 119 + 1
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>DroEre_CAF1 86262 120 + 1
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>DroYak_CAF1 82982 120 + 1
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>consensus
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.........................(((((...((((.((((((((((...((((....))))..)))..))))))).))))...))))).............................. (-19.50 = -20.62 +   1.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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