Locus 5196

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 14,706,686 – 14,706,806
Length 120
Max. P 0.933201
window8269

overview

Window 9

Location 14,706,686 – 14,706,806
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.97
Mean single sequence MFE -33.22
Consensus MFE -15.98
Energy contribution -17.90
Covariance contribution 1.92
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -3.19
Structure conservation index 0.48
SVM decision value 1.23
SVM RNA-class probability 0.933201
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14706686 120 + 22407834
GCAUUGAAUUGUGCCCCAGAGAUUGUAAAUCACAGAUUAAGUGCAUAAUGACUGUAUUUUGCCAUUCAAUGGAAUGUAAAGUCAAUCUUUAUUCAGCAACAUUUAUGAAUAUACUGUUCC
((((......))))..(((((((((......((((((((......))))..))))(((((((.((((....))))))))))))))))).((((((..........))))))..))).... ( -20.00)
>DroSec_CAF1 62876 120 + 1
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>DroSim_CAF1 63159 120 + 1
GCAUUGAACUGUGUCAUACAGAUUGUUAAUCACAGAUUAAGUGAAUAAAGGCUGUAUUUUGCCAUUCAAUGGAAUGUAAAGUCAGUCUUUAUUCAGCUUCAUUUGUGAAUAAACAGUUCA
....(((((((((((.....)))..(((.((((((((.((((((((((((((((.(((((((.((((....)))))))))))))))))))))))).))).)))))))).))))))))))) ( -45.90)
>DroEre_CAF1 62221 112 + 1
GCAUUGAACUGUGUCACUGAGAUCGCGAAGCUCUGAUUAAGUG--------CUUUAUUCUGCCAUUCGAUGGAAUGUGAAGUCAGUCUUUAUUCAGCAUCACUUGUGAGUAAACAGUUUC
.....(((((((...(((((..(((((((((.((.....)).)--------))))(((((..(....)..)))))))))..)))))..(((((((.((.....)))))))))))))))). ( -30.60)
>DroYak_CAF1 61918 112 + 1
GCAUUGAACUGUGUCACUGAGAUUGUAAAUCUGCGAUUAAGUG--------CUGUAUAUUGCCAUUCAAUGGAAUGUGAAGUCAGUCUUCAUUCAGCAUCGUUUGUGAACAAACAGUUUC
.....(((((((.((((...(((((((....)))))))..(((--------(((........(((((....)))))(((((.....)))))..)))))).....))))....))))))). ( -29.40)
>consensus
GCAUUGAACUGUGUCACAGAGAUUGUAAAUCACAGAUUAAGUG_AUAA_G_CUGUAUUUUGCCAUUCAAUGGAAUGUAAAGUCAGUCUUUAUUCAGCAUCAUUUGUGAAUAAACAGUUUC
.....(((((((.....................................(((((.(((((((.((((....)))))))))))))))).(((((((.((.....)))))))))))))))). (-15.98 = -17.90 +   1.92)

alignment

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secondary structure

Postscript

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