Locus 514

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 1,576,740 – 1,576,837
Length 97
Max. P 0.625370
window817

overview

Window 7

Location 1,576,740 – 1,576,837
Length 97
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.36
Mean single sequence MFE -27.03
Consensus MFE -10.91
Energy contribution -10.64
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.79
Structure conservation index 0.40
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.625370
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1576740 97 + 22407834
GUGCGUAGCGUAAUUAUAUAUAU-UUG--UAGUUUACAAAUGCGAUUUC--GCAAGGUUAAAUGC--------AAGGAUCCUAUUUUGCAUUUAA--GCUACCUCUGCAUGA
((((((((((((((((((.....-.))--))).))))...((((....)--)))...((((((((--------((((......))))))))))))--)))))....)))).. ( -28.00)
>DroSec_CAF1 55256 95 + 1
GUGCGUAGCGUAAUUAUA--CAU-UUG--UAGUUUACAAAUGCGAUUUC--GCAAGGUUAAAUGC--------AAGGAUCCUAUUUUGCAUUUAA--GCUACCUCUGCAUGA
(((((((((((((...((--(..-..)--))..))))...((((....)--)))...((((((((--------((((......))))))))))))--)))))....)))).. ( -28.20)
>DroSim_CAF1 57488 95 + 1
GUGCGUAGCGUAAUUACA--CAU-UUG--UAGUUUACAAAUGCGAUUUC--GCAAGGUUAAAUGC--------AAGGAUCCUAUUUUGCAUUUAA--GCUACCUCUGCAUGA
((((((((((((((((((--...-.))--))).))))...((((....)--)))...((((((((--------((((......))))))))))))--)))))....)))).. ( -28.80)
>DroEre_CAF1 56484 96 + 1
GUGCGUAGCGUAAUUAUA--CAUUUUG--CAAGCUGCAAAUGUGAUUUC--GCAAGGUUAAAUGC--------AAGGAUCCUAUUUUGCAUUUGA--GCUACCUUCGCAUGA
(((((..(((.(((((((--...((((--(.....)))))))))))).)--)).((.((((((((--------((((......))))))))))))--.)).....))))).. ( -31.00)
>DroYak_CAF1 55401 96 + 1
GUGCGUAGCGUAAUUAUA--CAUUUUG--UAAACUGCAAAUGUGAUUUC--GCAAGGUUAAAUGC--------AAGGAUCCUAUUUUGCAUUCGA--GCUACCUUCGCAUGA
(((((..(((.(((((((--...((((--(.....)))))))))))).)--)).((.(..(((((--------((((......)))))))))..)--.)).....))))).. ( -26.10)
>DroAna_CAF1 85929 110 + 1
GUGCGUGCCAUAAUUAUA--AAUUUUGUGUAAACAUUUCAUGUUAUUCAAGCCAAGGUUAAAUGUUUGCGUUAAAGAAUUUUAUUAUGCAUUUAUGUGUUACUUUCAUAUGC
....((((.(((((...(--((((((.(((((((((((.((.((.........)).)).)))))))))))....))))))).))))))))).((((((.......)))))). ( -20.10)
>consensus
GUGCGUAGCGUAAUUAUA__CAU_UUG__UAAUCUACAAAUGCGAUUUC__GCAAGGUUAAAUGC________AAGGAUCCUAUUUUGCAUUUAA__GCUACCUCCGCAUGA
(((((((((...............................(((........)))....(((((((.........((....)).....)))))))...)))))....)))).. (-10.91 = -10.64 +  -0.27)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:37:57 2006