Locus 51

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	212,936 – 213,102
Length	166
Max. P	0.787298

overview

Window 1

Location	212,936 – 213,035
Length	99
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.03
Mean single sequence MFE	-33.37
Consensus MFE	-23.50
Energy contribution	-24.37
Covariance contribution	0.86
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-2.16
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.39
SVM RNA-class probability	0.715011
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 212936 99 - 22407834
CAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCGUAUGCUGCAGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGGCGCUAUCCAAACGAGCACGUGGGGAUU
.(((..(((((((....)))))))((((((..((((((....))))))..))))))........((.....)))))((((..(((....)))..)))). ( -37.60)
>DroSec_CAF1 5231 99 - 1
CAGCAAACGCUGCAGCAGCGGCGUAUGCUGCGGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGGCGCUUUCCAAACGAUCACGUGGGGAUA
.(((..(((((((....)))))))((((((..((((((....))))))..))))))........((.....))))).(((..(((....)))..))).. ( -37.50)
>DroSim_CAF1 5219 99 - 1
CAGCAAACGCUGCAGCAGCGGCGUAUGCUGCGGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGGCGCUUUCCAAACGAUCACGUGGGGAUA
.(((..(((((((....)))))))((((((..((((((....))))))..))))))........((.....))))).(((..(((....)))..))).. ( -37.50)
>DroEre_CAF1 5518 99 - 1
CAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCCUAUGCUGCAGCUUUAGACGCGGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGGCGCUUUCCAAACGAUCACGUGGGGACA
.(((....(((((....)))))..((((((..(((((......)))))..))))))........((.....))))).(((..(((....)))..))).. ( -29.20)
>DroYak_CAF1 7279 99 - 1
CGGCAAACGCAGCAGCGGCUGCCUAUGCUGCAGCAUUAGACGCGGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAAAAGGCUCUUUCCAAACGAUCACGUGGCGAUA
.((((..(((....)))..))))..(((..(.((.......))(((((....((..........)).....)))))..............)..)))... ( -26.60)
>DroAna_CAF1 8158 84 - 1
---------CGGUGGCAGCGGCCUAUGCUGCCGCCUUGGACGCUGAACACCAGCAACAACAACAGCAGAAA------UCGAAGCGGUCGCGCAGCGAAA
---------.((((((((((.....))))))))))......((((.....)))).................------(((..(((....)))..))).. ( -31.80)
>consensus
CAGCAAACGCAGCAGCAGCGGCCUAUGCUGCAGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGGCGCUUUCCAAACGAUCACGUGGGGAUA
..((....(((((....)))))..((((((..((((((....))))))..))))))........))...........(((..(((....)))..))).. (-23.50 = -24.37 +   0.86)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	212,963 – 213,064
Length	101
Sequences	6
Columns	101
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.36
Mean single sequence MFE	-36.38
Consensus MFE	-24.10
Energy contribution	-25.47
Covariance contribution	1.36
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.37
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.513863
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 212963 101 - 22407834
GGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUGCAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCGUAUGCUGCAGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGG
.((.((((((((....).)))))))..(((((((.(((((((....))))))).)))))))((((((....))))))....)).................. ( -43.50)
>DroSec_CAF1 5258 101 - 1
GGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUACAGCAAACGCUGCAGCAGCGGCGUAUGCUGCGGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGG
.((.((((((((....).))))))).))...((..(((((((....)))))))((((((..((((((....))))))..))))))........))...... ( -40.70)
>DroSim_CAF1 5246 101 - 1
GGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUACAGCAAACGCUGCAGCAGCGGCGUAUGCUGCGGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGG
.((.((((((((....).))))))).))...((..(((((((....)))))))((((((..((((((....))))))..))))))........))...... ( -40.70)
>DroEre_CAF1 5545 101 - 1
GGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCAAGUACAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCCUAUGCUGCAGCUUUAGACGCGGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGG
.((..(((((((....).))))))..))...((....(((((....)))))..((((((..(((((......)))))..))))))........))...... ( -32.20)
>DroYak_CAF1 7306 101 - 1
AUCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCAAGUUCGGCAAACGCAGCAGCGGCUGCCUAUGCUGCAGCAUUAGACGCGGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAAAAGG
.....(((((((....).))))))..((((.((....(((((....)))))((((((....))).)))..)).))))....((..........))...... ( -29.30)
>DroAna_CAF1 8180 85 - 1
GGCCGGCGGAUCCU---CAUCCUCUU------------CGGUGGCAGCGGCCUAUGCUGCCGCCUUGGACGCUGAACACCAGCAACAACAACAGCAGAAA-
.....((((((...---.))))(((.------------.((((((((((.....))))))))))..))).((((.....))))..........)).....- ( -31.90)
>consensus
GGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUACAGCAAACGCAGCAGCAGCGGCCUAUGCUGCAGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGG
.....((((((.......)))))).......((....(((((....)))))..((((((..((((((....))))))..))))))........))...... (-24.10 = -25.47 +   1.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	212,995 – 213,102
Length	107
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.99
Mean single sequence MFE	-44.02
Consensus MFE	-29.86
Energy contribution	-29.37
Covariance contribution	-0.50
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.58
SVM RNA-class probability	0.787298
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 212995 107 - 22407834
GGUCUGGGAUCAGGAAUCUCGUUGAUACCCACAUCCUCGGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUGCAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCGUAUGCUGCAGCUUUGGA
....((((((((((.....).))))).))))..(((..(((.((((((((....).)))))))..(((((((.(((((((....))))))).))))))))))..))) ( -49.80)
>DroPse_CAF1 6621 101 - 1
GGUCUGGGAUCGGGGAUAUCGCUGAUACCUACGUCCUCGUCGGGCGG--CAGCUCCAG----CAGUUCGGCCAAUGCGGCGGCUGCUGCCUAUGCCGCUGCCCUCGA
((.((((((((((.(....).))))).)))).).))(((..((((((--(.((..(((----(((((..(((.....))))))))))).....)).))))))).))) ( -47.40)
>DroSim_CAF1 5278 107 - 1
GGUCUGGGUUCAGGAAUCUCGCUGAUACCCACUUCCUCGGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUACAGCAAACGCUGCAGCAGCGGCGUAUGCUGCGGCUUUGGA
....((((((((((.....).)))).)))))..(((..(((.((((((((....).)))))))....(((((.(((((((....))))))).)))))..)))..))) ( -46.00)
>DroEre_CAF1 5577 107 - 1
GGUCUGGGAUCAGGAAUCUCGCUGAUACCUACUUCCUCGGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCAAGUACAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCCUAUGCUGCAGCUUUAGA
.(((.((((..(((.(((.....))).)))...)))).)))..(((((((....).))))))((((.(((((...(((((....)))))...)))))..)))).... ( -37.80)
>DroYak_CAF1 7338 107 - 1
GGUCUGGGAUCAGGAAUCUCGCUGAUACCUACUUCCUCAUCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCAAGUUCGGCAAACGCAGCAGCGGCUGCCUAUGCUGCAGCAUUAGA
(((..((((..(((.(((.....))).)))..))))..)))..(((((((....).))))))..((((((((...(((((....)))))...))))).)))...... ( -35.70)
>DroPer_CAF1 6753 101 - 1
GGUCUGGGAUCGGGGAUAUCGCUGAUACCUACGUCCUCGUCGGGCGG--CAGCUCCAG----CAGUUCGGCCAAUGCGGCGGCUGCUGCCUAUGCCGCUGCCCUCGA
((.((((((((((.(....).))))).)))).).))(((..((((((--(.((..(((----(((((..(((.....))))))))))).....)).))))))).))) ( -47.40)
>consensus
GGUCUGGGAUCAGGAAUCUCGCUGAUACCUACUUCCUCGGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCAAGUUCAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCCUAUGCUGCAGCUUUAGA
(((((((((((((........))))).))))(((((.....)))))))))..............((.(((((...(((((....)))))...)))))..))...... (-29.86 = -29.37 +  -0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

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