Locus 508

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 1,521,250 – 1,521,370
Length 120
Max. P 0.707854
window811

overview

Window 1

Location 1,521,250 – 1,521,370
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.39
Mean single sequence MFE -43.05
Consensus MFE -24.74
Energy contribution -26.50
Covariance contribution 1.76
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.707854
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1521250 120 - 22407834
GGCUUCGAUCGGAGAUUUCUCAGUCGCUGUUUCAGGAGGCUAAUGUGGCAUCGAGCCAUAAGCAUGGAGAUCAAGGGACACACGUCCGUACAGAGAUCCAUGUAGAUGGCCUCCGUCAUC
(((..((((..(((....))).))))........((((((((.((((((.....)))))).(((((((..((.(.((((....)))).)...))..)))))))...)))))))))))... ( -48.60)
>DroSec_CAF1 3642 120 - 1
GGCUCUGAUCGGAGAUUUCUCAGUCGCUGUUUCAGGAGGCUAAUGUGGCACCGAGCCAUGAGCAUGGAGAUCAGGGGACACACAUCCGUACAGAGAUCCAUGUAGAUGGCCUCCGUCAUC
(((..(((.(((.(((......))).)))..)))((((((((..(((((.....)))))..(((((((..((.(.(((......))).)...))..)))))))...)))))))))))... ( -44.20)
>DroSim_CAF1 3631 120 - 1
GGCUCUGAUCGGAGAUUUCUCAGUCGCUGUUUCAGGAGGCUUAUGUGGCAUCGAGCCAUUAGCAUGGAGAUCAGGGGACACACAUCCGUACAGAGAUCCAUGUAGAUGACCUCCGUCAUC
(((((.(((..(((....))).(((((.((((....))))....)))))))))))))....(((((((..((.(.(((......))).)...))..))))))).((((((....)))))) ( -39.90)
>DroEre_CAF1 3527 120 - 1
GGCUCCGAUCUGAGAUUUCUGAGCCGCUUCUUCAGCAGGUUGAUGUGGCACUUAGCCAUGAGCAUGGCGAUCAGGGGACACACGUCCGUGCAGAGAUCCAUGUAGAUGGCCUCGGUCAUC
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>DroYak_CAF1 3641 120 - 1
GGCUUUGAUCUGAGAUUGCGAAGUCGCUUUUUCAGGAGGUUGAUGUGGCAUCGAGCCAUGAGCAUGGAGAUCAGGGGACACACAUCCGUGCAGAGAUCCAUGUAGAUGGCCUCCGUCAUC
(((.......(((((..(((....)))..)))))(((((((...(((((.....)))))..(((((((..((.(....).(((....)))..))..)))))))....))))))))))... ( -46.10)
>DroAna_CAF1 19148 120 - 1
AAGUCCAAACGCAGUGCCCUCAAUCUAUCCUUGAGCAGAGUUAUAUGGCAUCGAGCCAUUGACAUAUACGCCAGAGGACAGACAUCGGUGCACUGUUGCAUGAGGACUAUGGAACUCAUA
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>consensus
GGCUCCGAUCGGAGAUUUCUCAGUCGCUGUUUCAGGAGGCUAAUGUGGCAUCGAGCCAUGAGCAUGGAGAUCAGGGGACACACAUCCGUACAGAGAUCCAUGUAGAUGGCCUCCGUCAUC
(((........(((((............))))).((((((((..(((((.....)))))..(((((((..((.(.(((......))).)...))..)))))))...)))))))))))... (-24.74 = -26.50 +   1.76)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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