Locus 5066

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 14,498,728 – 14,498,886
Length 158
Max. P 0.981889
window8059 window8060 window8061

overview

Window 9

Location 14,498,728 – 14,498,820
Length 92
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.09
Mean single sequence MFE -27.82
Consensus MFE -19.73
Energy contribution -19.43
Covariance contribution -0.30
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 1.50
SVM RNA-class probability 0.959342
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14498728 92 + 22407834
GCCACACUUCAAAGGCCA-ACCGCCGACAUU------------GUGUGUUUUUCG-------GGGGAGCUUGGCGCUAAUAUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGU
((((..((((...(((..-...)))(((((.------------..))))).....-------..))))..))))....((((((((((((((....)))))))))))))--------).. ( -28.60)
>DroPse_CAF1 16718 95 + 1
GCC--ACUUCAAAGGCCGGGCCGCCGCUAGA----------GUGUUUAUUUUU-------------UUUUUGGCGCUAAUAUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUAUGUACAUAUGU
(((--........)))..(((.((((..(((----------(.........))-------------))..))))))).((((((((((((((....)))))))))))))).......... ( -24.90)
>DroSim_CAF1 14467 92 + 1
GCCACACUUCAAAGGCCA-ACCGCCGACACU------------GUGUGUUUUUCG-------GGGGAGCUUGGCGCUAAUAUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGU
((((..((((...(((..-...)))(((((.------------..))))).....-------..))))..))))....((((((((((((((....)))))))))))))--------).. ( -29.90)
>DroEre_CAF1 24470 99 + 1
GCCACACUUCAAAGGCCA-ACCGCCGACACU------------GUGUGUUUUUCGGGGUUCGGGGCAGCUUGGCGCUAAUAUUUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGU
((((..((....))((((-(((.(((((((.------------..)))....))))))))...)))....))))....((((.(((((((((....))))))))).)))--------).. ( -27.10)
>DroYak_CAF1 19683 104 + 1
GCCACACUUCAAAGGCCA-GCCGCCGACACCGACACAACGAGUAUGUGUUUUUCG-------GGGGAGCUUGGCGCUAAUAUUUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGU
((((..((((...((...-.)).((((....((((((.......))))))..)))-------).))))..))))....((((.(((((((((....))))))))).)))--------).. ( -31.60)
>DroPer_CAF1 16769 92 + 1
GCC--ACUUCAAAGGCCGGGCCGCCGCUAGA----------GUGUUUAUUUUUU------------UUUUUGGCGCUAAUAUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUAUGU----AUGU
(((--........)))..(((.((((..(((----------(..........))------------))..))))))).((((((((((((((....))))))))))))))..----.... ( -24.80)
>consensus
GCCACACUUCAAAGGCCA_ACCGCCGACACU____________GUGUGUUUUUCG_______GGGGAGCUUGGCGCUAAUAUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA________UGU
(((..........(((......)))(((((...............))))).....................))).....(((((((((((((....)))))))))))))........... (-19.73 = -19.43 +  -0.30)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 14,498,758 – 14,498,851
Length 93
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.27
Mean single sequence MFE -29.97
Consensus MFE -16.10
Energy contribution -16.77
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.94
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 1.90
SVM RNA-class probability 0.981889
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14498758 93 + 22407834
---GUGUGUUUUUCG-------GGGGAGCUUGGCGCUAAUAUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGUGACACUGGUCAGUGGCG--GGCUUUGCUUA-------CGU
---...........(-------(.((((((((.((((.((((((((((((((....)))))))))))))--------)..(((....))))))).))--)))))).))..-------... ( -33.50)
>DroPse_CAF1 16747 106 + 1
-GUGUUUAUUUUU-------------UUUUUGGCGCUAAUAUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUAUGUACAUAUGUGACACUGGUCAGUGCGGGGGCUUUUGCUUUCCCUUCUCGU
-............-------------......(((((.((((((((((((((....))))))))))))))..........(((....))))))))((((((....)))..)))....... ( -28.90)
>DroSim_CAF1 14497 93 + 1
---GUGUGUUUUUCG-------GGGGAGCUUGGCGCUAAUAUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGUGACACUGGUCAGUGGCG--GGCUUUGCUUA-------CGU
---...........(-------(.((((((((.((((.((((((((((((((....)))))))))))))--------)..(((....))))))).))--)))))).))..-------... ( -33.50)
>DroEre_CAF1 24500 102 + 1
---GUGUGUUUUUCGGGGUUCGGGGCAGCUUGGCGCUAAUAUUUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGUGACACCGGUCAGUGGCGGGGGCUUUGCUAA-------CGU
---..............(((((((((..((((.((((.((((.(((((((((....))))))))).)))--------)..(((....))))))).)))).))))))..))-------).. ( -27.90)
>DroYak_CAF1 19722 95 + 1
AGUAUGUGUUUUUCG-------GGGGAGCUUGGCGCUAAUAUUUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGUGACACCGGUCAGUGGCG---GCUUUGCUUA-------CGU
.............((-------...((((..(((((((((((.(((((((((....))))))))).)))--------).((((....)))).)))).---)))..)))).-------)). ( -27.10)
>DroPer_CAF1 16798 103 + 1
-GUGUUUAUUUUUU------------UUUUUGGCGCUAAUAUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUAUGU----AUGUGACACUGGUCAGUGCGGGGGCUUUUGCUUUCCCUUCUCGU
-.............------------......(((((.((((((((((((((....))))))))))))))..----....(((....))))))))((((((....)))..)))....... ( -28.90)
>consensus
___GUGUGUUUUUCG_______GGGGAGCUUGGCGCUAAUAUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA________UGUGACACUGGUCAGUGGCG__GGCUUUGCUUA_______CGU
..............................((.((((..(((((((((((((....)))))))))))))...........(((....))))))).))....................... (-16.10 = -16.77 +   0.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 14,498,788 – 14,498,886
Length 98
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.64
Mean single sequence MFE -27.70
Consensus MFE -15.23
Energy contribution -15.73
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.58
SVM RNA-class probability 0.789479
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14498788 98 + 22407834
AUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGUGACACUGGUCAGUGGCG--GGCUUUGCUUA-------CGUUAGAUCUAGAUUGUAAAUUACCCGUGGCAA-----GAAAA
((((((((((((....)))))))))))).--------..((((....))))((.(((--((.(((((...-------..(((....)))...)))))...))))).))..-----..... ( -26.90)
>DroPse_CAF1 16773 117 + 1
AUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUAUGUACAUAUGUGACACUGGUCAGUGCGGGGGCUUUUGCUUUCCCUUCUCGUUGGU---UGAUUGUAAAUUACCCCCAAAAAUCAAUGAAAA
...((((((((......(((((((.((((((....)))))).)))))))......(((((..(((((..((((........)).---.))..)))))...)))))....))))))))... ( -34.10)
>DroSim_CAF1 14527 98 + 1
AUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGUGACACUGGUCAGUGGCG--GGCUUUGCUUA-------CGUUAGAUCUAGAUUGUAAAUUACCCGUGGCAA-----GAAAA
((((((((((((....)))))))))))).--------..((((....))))((.(((--((.(((((...-------..(((....)))...)))))...))))).))..-----..... ( -26.90)
>DroEre_CAF1 24537 100 + 1
AUUUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGUGACACCGGUCAGUGGCGGGGGCUUUGCUAA-------CGUUAGUACCAGAUUGUAAAUUACCCGUGGCAA-----GGAAA
...(((((((((....)))))))))....--------..((((....))))((.(((((...(((((...-------...............)))))...))))).))..-----..... ( -24.87)
>DroYak_CAF1 19755 97 + 1
AUUUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA--------UGUGACACCGGUCAGUGGCG---GCUUUGCUUA-------CGUUAGAUCUAGAUUGUAAAUUACCAGUGGCAA-----GAAAA
...(((((((((....)))))))))....--------..........((((.(((..---(.(((((...-------..(((....)))...))))))..))).))))..-----..... ( -19.70)
>DroPer_CAF1 16825 113 + 1
AUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUAUGU----AUGUGACACUGGUCAGUGCGGGGGCUUUUGCUUUCCCUUCUCGUUGGU---UGAUUGUAAAUUACCCCCAAAAAUCAAUGAAAA
((((((((((((....))))))))))))..((----((.((((....))))))))(((((..(((((..((((........)).---.))..)))))...)))))............... ( -33.70)
>consensus
AUAUUAUUGAUAGAUAUAUCAGUGAUAUA________UGUGACACUGGUCAGUGGCG__GGCUUUGCUUA_______CGUUAGAUCUAGAUUGUAAAUUACCCGUGGCAA_____GAAAA
((((((((((((....))))))))))))...........((((....))))((.(((.....(((((.........................))))).....))).))............ (-15.23 = -15.73 +   0.50)

alignment

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