Locus 4991

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	14,374,326 – 14,374,441
Length	115
Max. P	0.998976

overview

Window 8

Location	14,374,326 – 14,374,441
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.21
Mean single sequence MFE	-38.78
Consensus MFE	-31.68
Energy contribution	-32.60
Covariance contribution	0.92
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-3.86
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	3.31
SVM RNA-class probability	0.998976
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14374326 115 + 22407834
UCAGAGCUGUAACACCUAGGCGCACGAUUUUUCUCGGAGGCCU-CUGGAAAUCUAUCGUUCGCAAUGCCGCCAUAAUCAUAGCGUCAACGUU-UUGAUUUAUGCGCACAGCUCU---CCA
..((((((((.........(((.(((((.((((.((((....)-)))))))...))))).)))......((((((((((.((((....))))-.))).))))).))))))))))---... ( -41.60)
>DroSec_CAF1 22459 116 + 1
UCAGAGCUGUAACACCUCUGCGCACGAUUUUUCUCGGAGGCCUUUUGGAAAUCUAUCGUUCGCAAUGCCGCCAUAAUCAUAGCGUCAACGUU-UUGAUUUAUGCGCACAGCUCU---CCA
..((((((((........((((.(((((.(((((..((....))..)))))...))))).)))).....((((((((((.((((....))))-.))).))))).))))))))))---... ( -39.70)
>DroSim_CAF1 24561 116 + 1
UCAGAGCUGUAACACCUCUGCGCACGAUUUUUCUCGGAGGCCUUUUGGAAAUCUAUCGUUCGCAAUGCCGCCAUAAUCAUAGCGUCAACGUU-UUGAUUUAUGCGCACAGCUCU---CCA
..((((((((........((((.(((((.(((((..((....))..)))))...))))).)))).....((((((((((.((((....))))-.))).))))).))))))))))---... ( -39.70)
>DroEre_CAF1 23254 120 + 1
UCAGUGCUGUAACACCUCUGCGCACGAUUUUUCUCAGAGGCCUCUGGAAAUCGUAUCGUUCGCAAUGCCGCCAUAAUCAUAGCGUCAACGUUUUUGAUUUAUGCGCACAGCUCUCCUCCA
..((.(((((........((((.(((((.((((.((((....))))))))....))))).)))).....((((((((((.((((....))))..))).))))).))))))).))...... ( -37.10)
>DroYak_CAF1 24042 117 + 1
UCAGAGCUGUAACACCUCUGCGCACGAUUUUUCUCGGAGGCCUCUGGAAAACCUAUCGCUCGCAAUGCCGCCAUAAUCAUAGCGUCAACGUUUUUGAUUUAUGCGCCCAGCUCU---CCA
..(((((((.........((((..(((((((((.((((....)))))))))...))))..)))).....((((((((((.((((....))))..))).))))).)).)))))))---... ( -35.80)
>consensus
UCAGAGCUGUAACACCUCUGCGCACGAUUUUUCUCGGAGGCCUCUUGGAAAUCUAUCGUUCGCAAUGCCGCCAUAAUCAUAGCGUCAACGUU_UUGAUUUAUGCGCACAGCUCU___CCA
..((((((((.........(((.(((((.(((((.(((....))).)))))...))))).)))......((((((((((..(((....)))...))).))))).))))))))))...... (-31.68 = -32.60 +   0.92)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	14,374,326 – 14,374,441
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.21
Mean single sequence MFE	-36.24
Consensus MFE	-31.48
Energy contribution	-32.08
Covariance contribution	0.60
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.56
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.11
SVM RNA-class probability	0.916421
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14374326 115 - 22407834
UGG---AGAGCUGUGCGCAUAAAUCAA-AACGUUGACGCUAUGAUUAUGGCGGCAUUGCGAACGAUAGAUUUCCAG-AGGCCUCCGAGAAAAAUCGUGCGCCUAGGUGUUACAGCUCUGA
...---((((((((((((..(((((..-..((((..((((((....))))))((...)).))))...)))))....-((((...(((......)))...))))..))).))))))))).. ( -35.30)
>DroSec_CAF1 22459 116 - 1
UGG---AGAGCUGUGCGCAUAAAUCAA-AACGUUGACGCUAUGAUUAUGGCGGCAUUGCGAACGAUAGAUUUCCAAAAGGCCUCCGAGAAAAAUCGUGCGCAGAGGUGUUACAGCUCUGA
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>DroSim_CAF1 24561 116 - 1
UGG---AGAGCUGUGCGCAUAAAUCAA-AACGUUGACGCUAUGAUUAUGGCGGCAUUGCGAACGAUAGAUUUCCAAAAGGCCUCCGAGAAAAAUCGUGCGCAGAGGUGUUACAGCUCUGA
...---(((((((((.((((...((..-.....((.((((((....)))))).)).((((.(((((...((((.....((...))..)))).))))).)))))).))))))))))))).. ( -35.60)
>DroEre_CAF1 23254 120 - 1
UGGAGGAGAGCUGUGCGCAUAAAUCAAAAACGUUGACGCUAUGAUUAUGGCGGCAUUGCGAACGAUACGAUUUCCAGAGGCCUCUGAGAAAAAUCGUGCGCAGAGGUGUUACAGCACUGA
......((.((((((.((((...((........((.((((((....)))))).)).((((.(((((....((((((((....)))).)))).))))).)))))).)))))))))).)).. ( -36.80)
>DroYak_CAF1 24042 117 - 1
UGG---AGAGCUGGGCGCAUAAAUCAAAAACGUUGACGCUAUGAUUAUGGCGGCAUUGCGAGCGAUAGGUUUUCCAGAGGCCUCCGAGAAAAAUCGUGCGCAGAGGUGUUACAGCUCUGA
...---((((((((((((...............((.((((((....)))))).))(((((.(((((...(((((..((....)).)))))..))))).)))))..))))).))))))).. ( -37.90)
>consensus
UGG___AGAGCUGUGCGCAUAAAUCAA_AACGUUGACGCUAUGAUUAUGGCGGCAUUGCGAACGAUAGAUUUCCAAAAGGCCUCCGAGAAAAAUCGUGCGCAGAGGUGUUACAGCUCUGA
......((((((((((((...............((.((((((....)))))).))(((((.(((((...((((............))))...))))).)))))..))).))))))))).. (-31.48 = -32.08 +   0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

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