Locus 4899

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 13,992,959 – 13,993,077
Length 118
Max. P 0.506552
window7768

overview

Window 8

Location 13,992,959 – 13,993,077
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.31
Mean single sequence MFE -49.38
Consensus MFE -33.07
Energy contribution -31.63
Covariance contribution -1.44
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -1.17
Structure conservation index 0.67
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.506552
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13992959 118 - 22407834
--GCGAACGCUGCACUCCAUUUGUGAGCGGUGGUUGCAGAAGCACUGUCACUGCACCGGCAGCCUGGAGGUCCUGCGGCUCAGUUGUCGGGGCAUAGGUAUCCUGGCCGUGCCCGUCAAU
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>DroVir_CAF1 139593 120 - 1
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>DroPse_CAF1 90235 118 - 1
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>DroMoj_CAF1 117245 120 - 1
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>DroAna_CAF1 78732 118 - 1
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>DroPer_CAF1 97288 118 - 1
--GCGUACGCUGCACUCGCUCUGCGAGCGCUGGCAGCAAAAGCAUUGCCACUGCAGCGGCAGCCUGGAGAGCGUCAAGCUGACCUGCCGCGGCAUCGGCAUCCUGGCAGUGCCCGUCAAC
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>consensus
__GCGCACGCUGCACACCAUCUGCGAGCGGUGGCAGCAAAAGCACUGCCACUGCACCGGCAGCCUGGAGAGCCUCAAGCUGAGCUGCCGCGGCAUCGGCAUCCUGGCAGUGCCCGUCAAC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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