Locus 4852

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 13,796,854 – 13,796,974
Length 120
Max. P 0.577530
window7699

overview

Window 9

Location 13,796,854 – 13,796,974
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.72
Mean single sequence MFE -45.37
Consensus MFE -29.37
Energy contribution -27.15
Covariance contribution -2.22
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.577530
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13796854 120 + 22407834
CGCUUAUAAUGGUAGCCCACACGGAUGGCAAUUAUCUGGGCAGCAGCUGGCUGGAUAUAGUGAAGUGCAUUAGCCAGUUGGAGCUGGCCCAACUGAUCGGCACUGGGGUGCGGCCCCAGU
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>DroVir_CAF1 3551 120 + 1
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>DroGri_CAF1 3244 120 + 1
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>DroWil_CAF1 4062 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 3174 120 + 1
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>DroAna_CAF1 3131 120 + 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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