Locus 4837

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	13,760,665 – 13,760,823
Length	158
Max. P	0.667936

overview

Window 5

Location	13,760,665 – 13,760,783
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.75
Mean single sequence MFE	-29.50
Consensus MFE	-26.28
Energy contribution	-26.78
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.29
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	0.28
SVM RNA-class probability	0.667936
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13760665 118 - 22407834
GAGCUCUGUUACGUGACCUGUUUGGUCAAUAAUGAAGUACGCAGC--GCUAUUUGUUCGGCAGUUUGUGCACAAACGAAGACAAAAUCAACGCUAAUUAACUCGUUUUAGGGCAUAAACA
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>DroSec_CAF1 24253 118 - 1
GAGCUCUGUUACGUGACCUGUUUGGUCAAUAAUGAAGUACGCAGC--GCUAUUUGUUCAGCAGUUUGUGCACAAACGAAGACAAAAUCAACGCUAAUUAACUCGUUUUAGGGCAUAAACA
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>DroAna_CAF1 45322 120 - 1
GAGCCCCGUUACGUGACCUGUUUGGUCAAUAAUGAAGUACGCAACGAGCUAUUUGUUCAGCAGUUUGUGCACAAACGAAGACAAAAUCAACGCUAAUUAACUGGUUUUAGAGCAUAAACA
((((..(((((..(((((.....))))).)))))(((((.((.....)))))))))))....((((((((.....((..((.....))..))((((..........)))).)))))))). ( -26.50)
>DroSim_CAF1 27299 118 - 1
GAGCUCUGUUACGUGACCUGUUUGGUCAAUAAUGAAGUACGCAGC--GCUAUUUGUUCAGCAGUUUGUGCACAAACGAAGACAAAAUCAACGCUAAUUAACUCGUUUUAGGGCAUAAACA
..((((((..((((((((.....)))))..............(((--(...((((((.....(((((....)))))...)))))).....))))........)))..))))))....... ( -30.10)
>DroEre_CAF1 25944 118 - 1
GAGCUCUGUUACGUGACCUGUUUGGUCAAUAAUGAAGUACGCAGC--GCUAUUUGUUCAGCAGUUUGUGCACAAACGAAGACAAAAUCAACGCUAAUUAACUCGUUUUAGGGCAUAAACA
..((((((..((((((((.....)))))..............(((--(...((((((.....(((((....)))))...)))))).....))))........)))..))))))....... ( -30.10)
>DroYak_CAF1 27376 118 - 1
GAGCUCUGUUACGUGACCUGUUUGGUCAAUAAUGAAGUACGCAGC--GCUAUUUGUUCAGCAGUUUGUGCACAAACGAAGACAAAAUCAACGCUAAUUAACUCGUUUUAGGGCAUAAACA
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>consensus
GAGCUCUGUUACGUGACCUGUUUGGUCAAUAAUGAAGUACGCAGC__GCUAUUUGUUCAGCAGUUUGUGCACAAACGAAGACAAAAUCAACGCUAAUUAACUCGUUUUAGGGCAUAAACA
..((((((..((((((((.....))))).((((..(((..((.....))..((((((.....(((((....)))))...))))))......))).))))...)))..))))))....... (-26.28 = -26.78 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	13,760,705 – 13,760,823
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.31
Mean single sequence MFE	-25.77
Consensus MFE	-23.52
Energy contribution	-23.38
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.05
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	0.09
SVM RNA-class probability	0.578621
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13760705 118 + 22407834
CUUCGUUUGUGCACAAACUGCCGAACAAAUAGC--GCUGCGUACUUCAUUAUUGACCAAACAGGUCACGUAACAGAGCUCAAAUAAAAAUCGACACCGAAACGGUUUAGUGAUACAACGU
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>DroSec_CAF1 24293 118 + 1
CUUCGUUUGUGCACAAACUGCUGAACAAAUAGC--GCUGCGUACUUCAUUAUUGACCAAACAGGUCACGUAACAGAGCUCAAAUAAAAAUCGACACCGAAACGGUUUAGUGAUACAACGU
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>DroAna_CAF1 45362 120 + 1
CUUCGUUUGUGCACAAACUGCUGAACAAAUAGCUCGUUGCGUACUUCAUUAUUGACCAAACAGGUCACGUAACGGGGCUCAAAUAAAAAUCGACACCGAAACGGUUUAGUGAUACAACGU
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>DroSim_CAF1 27339 118 + 1
CUUCGUUUGUGCACAAACUGCUGAACAAAUAGC--GCUGCGUACUUCAUUAUUGACCAAACAGGUCACGUAACAGAGCUCAAAUAAAAAUCGACACCGAAACGGUUUAGUGAUACAACGU
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>DroEre_CAF1 25984 118 + 1
CUUCGUUUGUGCACAAACUGCUGAACAAAUAGC--GCUGCGUACUUCAUUAUUGACCAAACAGGUCACGUAACAGAGCUCAAAUAAAAAUCGACACCGAAACGGUUUAGUGAUACAACGU
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>DroYak_CAF1 27416 118 + 1
CUUCGUUUGUGCACAAACUGCUGAACAAAUAGC--GCUGCGUACUUCAUUAUUGACCAAACAGGUCACGUAACAGAGCUCAAAUAAAAAUCGACACCGAAACGGUUUAGUGAUACAACGU
...((((.((((((((((((..........(((--.(((.........(((((((((.....))))).))))))).)))..........(((....)))..)))))).))).))))))). ( -24.70)
>consensus
CUUCGUUUGUGCACAAACUGCUGAACAAAUAGC__GCUGCGUACUUCAUUAUUGACCAAACAGGUCACGUAACAGAGCUCAAAUAAAAAUCGACACCGAAACGGUUUAGUGAUACAACGU
...((((.((((((((((((....................(..(((..(((((((((.....))))).))))..)))..).........(((....)))..)))))).))).))))))). (-23.52 = -23.38 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

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