Locus 482

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 1,409,760 – 1,409,858
Length 98
Max. P 0.999688
window774

overview

Window 4

Location 1,409,760 – 1,409,858
Length 98
Sequences 5
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.21
Mean single sequence MFE -31.77
Consensus MFE -23.84
Energy contribution -23.44
Covariance contribution -0.40
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -3.38
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 3.89
SVM RNA-class probability 0.999688
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1409760 98 + 22407834
GGUCUGGCUCUGGAUCUCCAUCUCAGCACUGAGGAAAAUAGU----------CAACAUCUAGCGAAUCUAGAGCAGAUCUAG------AAUGAUUAUAUAGAGACUAGACGAUA
.(((((((((((........(((((....)))))...(((((----------((...((....)).((((((.....)))))------).))))))).))))).)))))).... ( -29.60)
>DroSec_CAF1 27969 108 + 1
GGUCUGGCUCUGGAUCUCCAUCUCAGCACUGAGGAAAAUAGUCUACUUUUGCCAACAUCUAGGGGAUCUAGAGCAGAUCUAG------AAUGAUUAUACAGAGACUAGACGAUA
.((((((((((((((((((.(((((....)))))....(((.................)))))))))))))))).((((...------...))))..........))))).... ( -34.73)
>DroSim_CAF1 28191 108 + 1
GGUCUGGCUCUGGAUCUCCAUCUCAGCACUGAGGAAAAUAGUCUACUUUUGCCAACAUCUAGGGGAUCUAGAGCAGAUCUAG------AAUGAUUAUACAGAGACUAGACGAUA
.((((((((((((((((((.(((((....)))))....(((.................)))))))))))))))).((((...------...))))..........))))).... ( -34.73)
>DroEre_CAF1 27883 88 + 1
GGUCUGGCUCUGGAUCUGCAUCUCAGCACUGAGGGAAA-AG-------------------------UCUGGGGAAGAUCUGGAUCUAGAGAGAUUAAACAGAGACUAGACAGGA
.((((((((((((((((...((((((.(((........-))-------------------------))))))).)))))..(((((....)))))...))))).)))))).... ( -33.70)
>DroYak_CAF1 28372 84 + 1
GGUCUGGCUCUGGAUCUCCAUCUGCGCACUGAGGAAAA-AG-------------------------UCUGGAGAAGAUCUAGAUCA----AGAUUAAAUAGAGACUAGACAGGA
.((((((((((((((((((.((........)))))...-.(-------------------------((((((.....)))))))..----.))))...))))).)))))).... ( -26.10)
>consensus
GGUCUGGCUCUGGAUCUCCAUCUCAGCACUGAGGAAAAUAGU__________CAACAUCUAG_G_AUCUAGAGCAGAUCUAG______AAUGAUUAUACAGAGACUAGACGAUA
.(((((((((((((((....(((((....))))).................................(((((.....))))).........))))...))))).)))))).... (-23.84 = -23.44 +  -0.40)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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