Locus 4803

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 13,709,037 – 13,709,157
Length 120
Max. P 0.670987
window7599

overview

Window 9

Location 13,709,037 – 13,709,157
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.22
Mean single sequence MFE -54.37
Consensus MFE -25.22
Energy contribution -24.28
Covariance contribution -0.94
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -2.51
Structure conservation index 0.46
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.670987
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13709037 120 + 22407834
AACCGAUGGCCUUCGCGGUGGCGUCGUCUACUAUGAUGGUCAGGUGGAUGAUGCCCGGAUGUGCGUCGCAUUGGUGAUGACCGCGGUGGCCCUGGGCGCCAAUGUGGGCAACCACAUGGA
..((.(.((((.((((((((((((((((((((.((.....)))))))))))))))........((((((....))))))))))))).)))).).))..(((.(((((....)))))))). ( -64.10)
>DroPse_CAF1 78255 120 + 1
GUCCAAGGGUCUGCGUGGCGGACUGGUCUACUACGAUGGCCAGGUGGACGACGCCCGUAUGUGCAUAGCCCUCGUCAUGACAGCCGUCCAUCUGGGGGCGAAUGUGGCCAACCACAUGGA
(((((..((((..(((((..((....))..)))))..))))...)))))..(((((.((.(((.(..((..((.....))..))..).))).)).))))).((((((....))))))... ( -48.10)
>DroSec_CAF1 66515 120 + 1
AACCGAUGGGCUUCGCGGUGGUGUCGUCUACUAUGAUGGUCAGGUGGACGAUGCCCGCAUGUGCGUCGCAUUGGUGAUGACCGCGGUGGCCCUGGGUGCCAAUGUGGGCAACCACAUGGA
.(((.(.(((((((((((((((((((((((((.((.....)))))))))))))))........((((((....))))))))))))).)))))).))).(((.(((((....)))))))). ( -64.40)
>DroSim_CAF1 64351 120 + 1
AACCGAUGGGCUUCGCGGUGGUGUCGUCUACUAUGAUGGUCAGGUAGACGAUGCCCGGAUGUGCGUUGCAUUGGUGAUGACCGCGGUGGCCCUGGGCGCCAAUGUGGGCAACCACAUGGA
..((.(.(((((((((((((((((((((((((.((.....)))))))))))))))(.(((((.....))))).).....))))))).)))))).))..(((.(((((....)))))))). ( -60.70)
>DroWil_CAF1 222041 120 + 1
AGAAGAUGGUCUCAGGGGCGGCCUGGUUUACUACGAUGGACAACUCGAUGACGCCCGCAUGUGCAUAGCGUUGAUCAUGACGGCCGUCGAACUGGGCGCCAACGUGGCAAACCAUAUGGA
.....(((((.(((.(((((.((..((((....(((.(.....))))..((((.(((((((..((......))..)))).))).))))))))..))))))..).)))...)))))..... ( -40.80)
>DroPer_CAF1 78916 120 + 1
GUCCAAGGGUCUGCGUGGCGGACUGGUCUACUACGAUGGCCAGGUGGACGACGCCCGUAUGUGCAUAGCCCUCGUCAUGACAGCCGUCCAUCUGGGGGCGAAUGUGGCCAACCACAUGGA
(((((..((((..(((((..((....))..)))))..))))...)))))..(((((.((.(((.(..((..((.....))..))..).))).)).))))).((((((....))))))... ( -48.10)
>consensus
AACCGAUGGUCUUCGCGGCGGACUCGUCUACUACGAUGGUCAGGUGGACGACGCCCGCAUGUGCAUAGCAUUGGUCAUGACCGCCGUCGACCUGGGCGCCAAUGUGGCCAACCACAUGGA
...........((((.((((.....(((((((..........)))))))..)))))))).((.(((.((....)).)))))...((((........)))).((((((....))))))... (-25.22 = -24.28 +  -0.94)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:27:42 2006