Locus 4666

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 13,391,458 – 13,391,578
Length 120
Max. P 0.915242
window7378

overview

Window 8

Location 13,391,458 – 13,391,578
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.00
Mean single sequence MFE -43.16
Consensus MFE -26.15
Energy contribution -27.52
Covariance contribution 1.37
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -2.06
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 1.10
SVM RNA-class probability 0.915242
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13391458 120 + 22407834
GAUCUUCAAGUGGCUGUAGCUCAUGGCGUGCUGCAUAGCAACAUAUGCUGUGCCAAGGACAAGACGCUGCUGAACCUGCAGACUUUCGAGAUCUACAAGCACUUCUCCGAGGAAGUGCUU
((((((.((((..((((((.(((((((((.((((((((((.....))))))))........)))))))).)))..))))))))))..))))))...((((((((((....)))))))))) ( -46.00)
>DroVir_CAF1 4408 120 + 1
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....((((((((((.((((((((.(((((...((((((....)))))).))))).)))))..)))...))..)))))))).((((((.(((..............)))..)))))).... ( -36.24)
>DroPse_CAF1 5117 120 + 1
GAGCUGCAGGCGGCCAUUGCCCACGGUGUGUUGCACAGCCAGGUCUGCUGUGCCAAGGACAAGACGCUGUUCAAUCUGCAGACUUUCGAGAUAUACAAGCACUUCUCCGAGGAAGUGCUG
((((((((((.(((....))).(((((((.(((((((((.......))))))).......)).)))))))....))))))).)))............(((((((((....))))))))). ( -45.11)
>DroGri_CAF1 4171 120 + 1
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..(((((((((...(((..(((((....(((.((((((....)))))).)))....)))))..))).......)))))))))((((.((((............)))).))))........ ( -43.30)
>DroAna_CAF1 3627 120 + 1
GAGCUGCAGGUGGCAGUGGCUCACGGGGUGCUCCACAGUACUGUGUGUUGUGCGAAGGAUAAGACACUGUUGAACUUGCAGACCUUCGAGAUCUACAAGCACUUCUCUGAAGAGGUGCUG
(..((((((((.((((((((.((((.((((((....)))))).))))..)).(....)......))))))...))))))))..).............(((((((((....))))))))). ( -45.50)
>DroPer_CAF1 5167 120 + 1
GAGCUGCAGGCGGCCAUUGCGCAUGGUGUGUUGCACAGCCAGGUCUGCUGUGCCAAGGACAAGACGCUGUUCAAUCUGCAGACUUUCGAGAUAUACAAGCACUUCUCCGAGGAAGUGCUG
((((((((((..(((((.....))))).....(((((((.......)))))))...(((((......)))))..))))))).)))............(((((((((....))))))))). ( -42.80)
>consensus
GAGCUGCAGGUGGCCGUGGCCCAUGGUGUGCUGCACAGCAAAGUGUGCUGUGCCAAGGACAAGACGCUGUUCAAUCUGCAGACUUUCGAGAUCUACAAGCACUUCUCCGAGGAAGUGCUG
...((((((((.((....))...((((((.((((((((((.....))))))))........))))))))....))))))))................(((((((((....))))))))). (-26.15 = -27.52 +   1.37)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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