Locus 4631

Window 4

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13244873 111 + 22407834
AUAAAUCUUUCGCCUUUUACUAAAGAUUUCCGUGGAGAGGAACACUCUAAUGAGUCUAAAAUAA-UCU-UUUGUAGUGCCCGGC--GACUUCGGUAGCUGGGCC--AUAAGGAAUUC
............((((.(((.((((((((((.......)))..((((....)))).......))-)))-)).)))(.(((((((--.((....)).))))))))--..))))..... ( -33.30)
>DroVir_CAF1 21847 111 + 1
AUAAAUCUUUCGCCUUUUACUAAAGAUUUCCGUGGAGAGGAACACUCUAAUGAGUCUAA--UGAAAUUUUUUGCAGUGCCUGGC--CGCGUUUGUUGCCAGGCC--AUAAUUAAUAU
..((((((((.(.......).))))))))..(..(((((....((((....))))....--.....)))))..).(.(((((((--.((....)).))))))))--........... ( -26.22)
>DroPse_CAF1 24356 114 + 1
AUAAAUCUUUCGCCUUUUACUAAAGAUUUCCGUGGAGAGGGGCACUCUAAUGAGUCUAAACUGAAUUUUUUCAUAGUUCCUGGC--GACUUCGGUUGCCGGGACA-AUCAAGAAUGA
.....((.((((((((((.(((..(....)..))).)))))))((((....))))......((((....))))..((.((((((--(((....))))))))))).-.....))).)) ( -36.30)
>DroMoj_CAF1 23101 113 + 1
AUAAAUCUUUCGCCUUUUACUAAAGAUUUCCGUGGAGAGGAGCACUCUAAUGAGUCUAAAUUGAAUUUUUUGAUUGUGUCUGAC--GGCGUUUGCUGUCAGGCC--AUAAAGAAUAC
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>DroAna_CAF1 27671 113 + 1
AUAAAUCUUUCGCCUUUUACUAAAGAUUUCCGUGGAGAGGAGCACUCUAAUGAGUCUAUACUAA-UUU-UUUGUAGGGCCUAGCAUGACUUC--UUGCCGGGCCCGAUAAAUAAUAA
...........(((((((.(((..(....)..)))))))).))((((....))))........(-((.-(((((.(((((..(((.......--.)))..))))).))))).))).. ( -29.90)
>DroPer_CAF1 27712 114 + 1
AUAAAUCUUUCGCCUUUUACUAAAGAUUUCCGUGGAGAGGGGCACUCUAAUGAGUCUAAACUGAAUUUUUUCGUAGUUCCUGGC--GACUUCGGUUGCCGGGACA-AUCAAGAAUGA
........((((((((((.(((..(....)..))).)))))))((((....)))).......))).(((((.((.((.((((((--(((....))))))))))).-)).)))))... ( -35.70)
>consensus
AUAAAUCUUUCGCCUUUUACUAAAGAUUUCCGUGGAGAGGAGCACUCUAAUGAGUCUAAACUGAAUUUUUUUGUAGUGCCUGGC__GACUUCGGUUGCCGGGCC__AUAAAGAAUAA
..((((((((.(.......).)))))))).(((..((((.....)))).))).........................(((((((..(((....)))))))))).............. (-21.09 = -21.57 +   0.48) 

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Window 5

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13244913 92 + 22407834
AACACUCUAAUGAGUCUAAAAUAA-UCU-UUUGUAGUGCCCGGC--GACUUCGGUAGCUGGGCC--AUAAGGAAUUCAUUGUAA----------AGUUUUUUGCUUAU-
.......((((((((((...((((-...-.)))).(.(((((((--.((....)).))))))))--....)).))))))))..(----------(((.....))))..- ( -25.40)
>DroSec_CAF1 26185 91 + 1
AACACUCUAAUGAGUCUAAAAUAA-UUUUUUUGUAGUGCCCGGC--GACUUUUGUAGCUGGGCC--AUAAGGAAUUCAUUGUAA----------GGUUUUU--UUUAA-
...((((....)))).....((((-(((((((((.(.(((((((--.((....)).))))))))--))))))))...)))))..----------.......--.....- ( -22.50)
>DroSim_CAF1 22054 92 + 1
AACACUCUAAUGAGUCUAAAAUAA-UUUUUUUGUAGUGCCCGGC--GACUUCGGUAGCUGGGCC--AUAAUGAAUUCAUUAUAA----------GGUUUUU-GUUUAU-
...((((....))))...((((((-...((((...(.(((((((--.((....)).))))))))--((((((....))))))))----------))...))-))))..- ( -26.50)
>DroYak_CAF1 19425 78 + 1
AACACUCUAAUGAGUCUAAAAUAA-UUU-UUUGUAGUGCCCGGU--GACUUCGGUUGCUGGGCC--AUAUGGAAUACAUUAUAA-------------------------
...((((....)))).....((((-(.(-((..((..((((((.--.((....))..)))))).--.))..)))...)))))..------------------------- ( -27.50)
>DroAna_CAF1 27711 103 + 1
AGCACUCUAAUGAGUCUAUACUAA-UUU-UUUGUAGGGCCUAGCAUGACUUC--UUGCCGGGCCCGAUAAAUAAUAAAUUUUAAUCUAUCAUAAGUUCUUA-GUUUAC-
((.((((....))))))..(((((-...-(((((.(((((..(((.......--.)))..)))))((((..(((......)))...)))))))))...)))-))....- ( -26.10)
>DroPer_CAF1 27752 102 + 1
GGCACUCUAAUGAGUCUAAACUGAAUUUUUUCGUAGUUCCUGGC--GACUUCGGUUGCCGGGACA-AUCAAGAAUGAAUGCCAAAAUCGAAU--GGGGCUU--UUUGAU
(((((((....)))).........((((.(((.....(((((((--(((....))))))))))..-.....))).)))))))...((((((.--.......--)))))) ( -33.00)
>consensus
AACACUCUAAUGAGUCUAAAAUAA_UUU_UUUGUAGUGCCCGGC__GACUUCGGUAGCUGGGCC__AUAAGGAAUUCAUUAUAA__________GGUUUUU__UUUAA_
...((((....))))..............(((((...(((((((...((....)).)))))))...)))))...................................... (-15.28 = -17.20 +   1.92) 

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