Locus 4619

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 13,213,964 – 13,214,084
Length 120
Max. P 0.584031
window7294

overview

Window 4

Location 13,213,964 – 13,214,084
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.39
Mean single sequence MFE -40.82
Consensus MFE -23.94
Energy contribution -26.83
Covariance contribution 2.89
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.76
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.584031
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13213964 120 + 22407834
AGAUCGCAUGUGCAGUUCCAAGGAUUCUCGACCAGCGAUAAUGCUGUGAGCUUAGUCAAGUCCUGGAAACUCUCCACUCUCAGUUUGGUCAGCUCAUUGUUGUCCAGAUAGAUCUGCGAG
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>DroPse_CAF1 1950 120 + 1
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>DroSec_CAF1 1243 120 + 1
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>DroPer_CAF1 1948 120 + 1
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>DroEre_CAF1 1521 120 + 1
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>DroYak_CAF1 6076 120 + 1
AGAUCGCAGGUACAGUUCCAGGGAUUCUCGACCAGUGAUAAUGCUGUGAGCUUGUUCAAGUCCUGGAAACUCUCCACUCUCAGUUUGGUCAGCUCAUUGUUGUCCAAAUAGAUCUGCGAU
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>consensus
AGAUCGCAGGUGCAGUUCCAAGGAUUCUCGACCAGCGAUAAGGCUGUCAGCUUAUUCAAGUCCUGGAAACUCUCCACUCUCAGUUUGGUCAGCUCAUUGUUGUCCAGAUAGAUCUGCGAG
...((((((((....(((((.(((((((((..((((......))))))))........))))))))))..............((((((.((((.....)))).))))))..)))))))). (-23.94 = -26.83 +   2.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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