Locus 4604

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 13,182,267 – 13,182,429
Length 162
Max. P 0.753104
window7262 window7263 window7264 window7265

overview

Window 2

Location 13,182,267 – 13,182,363
Length 96
Sequences 6
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.03
Mean single sequence MFE -33.88
Consensus MFE -16.73
Energy contribution -17.71
Covariance contribution 0.98
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.49
Structure conservation index 0.49
SVM decision value 0.22
SVM RNA-class probability 0.641116
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13182267 96 + 22407834
UGGUCCAUUGCACUGCGCUGCUGCGACUCCUGGCCAC---GGCUCAUCUGCAGCAGCCAUAUGCAGCCGAUGAAGCCCACCUGCAGCACCAGCACCAAC
((((.....((...))((((.(((..(....((....---((((((((.((.(((......))).)).)))).))))..)).)..))).)))))))).. ( -31.50)
>DroPse_CAF1 3126 93 + 1
UGAUCCAGG---CUUUGCUGCUG---AUCCUGGCUGCUGUAGUUCAUCUGCAACAGCCAUAUGCAGCCUAUGAAGCCAACCUGAAGUAUCAGCACGGAC
...(((.((---(((((((((..---....((((((.(((((.....))))).))))))...)))))....))))))...((((....))))...))). ( -36.80)
>DroGri_CAF1 2784 96 + 1
AGGUCCAGUUCAGGUUGCUGCUGCAUCUGCUGGCUGC---GAUUAUUCUGCAGCAGCCAAAUGCAGCCAAUGAAACCCAACUGGACCAGGACCACAGCC
.(((((((((..((((...(((((((..((((.((((---((....)).))))))))...)))))))......)))).)))))))))............ ( -42.80)
>DroSim_CAF1 2788 96 + 1
UGGUCCAUUGCACCGCGCUGCUGGGACUCCUGGCCAC---GACUCAUCUGCAGCAGCCAUAUGCAGCCGAUGAAGCCCACCUGCAGCACCAGCACCAAC
((((.....((.....)).(((((..((.(.((....---(..(((((.((.(((......))).)).)))))..)...)).).))..))))))))).. ( -28.80)
>DroEre_CAF1 2819 96 + 1
UGGUCCACUGCACUCCGCUGCUGUGACUCCUGGCCAC---GGCUCAUCUGCAGCAGCCAUAUGCAGCCGAUGAAGCCCACCUGCAGCACCAGCACCAAC
((((...(((((....(((((((((.(.....).)))---)))(((((.((.(((......))).)).)))))))).....))))).))))........ ( -31.70)
>DroYak_CAF1 2850 96 + 1
UGGUCCACUGCACUUCGCUGCUGUGACUCCUGGCCAC---GGCUCAUCUGCAGCAGCCAUAUGCAGCCGAUGAAGCCCACCUGCAGCACCAGCACCAAC
((((...(((((....(((((((((.(.....).)))---)))(((((.((.(((......))).)).)))))))).....))))).))))........ ( -31.70)
>consensus
UGGUCCACUGCACUUCGCUGCUGCGACUCCUGGCCAC___GGCUCAUCUGCAGCAGCCAUAUGCAGCCGAUGAAGCCCACCUGCAGCACCAGCACCAAC
((((.(..........(((((((((......((((.....))))....)))))))))....(((((..............)))))).))))........ (-16.73 = -17.71 +   0.98)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 13,182,267 – 13,182,363
Length 96
Sequences 6
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.03
Mean single sequence MFE -41.55
Consensus MFE -22.50
Energy contribution -23.23
Covariance contribution 0.73
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.45
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.48
SVM RNA-class probability 0.753104
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13182267 96 - 22407834
GUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUAUGGCUGCUGCAGAUGAGCC---GUGGCCAGGAGUCGCAGCAGCGCAGUGCAAUGGACCA
..((((.(..(..((((..(..(.(......).)..).....((((((((.(((...((---.......)).)))))))))))))))..)...).)))) ( -43.00)
>DroPse_CAF1 3126 93 - 1
GUCCGUGCUGAUACUUCAGGUUGGCUUCAUAGGCUGCAUAUGGCUGUUGCAGAUGAACUACAGCAGCCAGGAU---CAGCAGCAAAG---CCUGGAUCA
((((...((((....))))...(((((.....(((((...(((((((((.((.....)).)))))))))....---..))))).)))---)).)))).. ( -36.90)
>DroGri_CAF1 2784 96 - 1
GGCUGUGGUCCUGGUCCAGUUGGGUUUCAUUGGCUGCAUUUGGCUGCUGCAGAAUAAUC---GCAGCCAGCAGAUGCAGCAGCAACCUGAACUGGACCU
(((....)))..((((((((((((((.(....((((((((((.(((((((.((....))---)))).))))))))))))).).))))).))))))))). ( -48.00)
>DroSim_CAF1 2788 96 - 1
GUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUAUGGCUGCUGCAGAUGAGUC---GUGGCCAGGAGUCCCAGCAGCGCGGUGCAAUGGACCA
..((((.(..(..((((.((((.....)))).(((((...((((..(.((......)).---)..))))((....)).)))))))))..)...).)))) ( -41.90)
>DroEre_CAF1 2819 96 - 1
GUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUAUGGCUGCUGCAGAUGAGCC---GUGGCCAGGAGUCACAGCAGCGGAGUGCAGUGGACCA
..((((.((((((..((......))..)))))(((((((.(.(((((((..(((...((---.......)).))).))))))).).)))))))).)))) ( -39.60)
>DroYak_CAF1 2850 96 - 1
GUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUAUGGCUGCUGCAGAUGAGCC---GUGGCCAGGAGUCACAGCAGCGAAGUGCAGUGGACCA
....(..((..((((((.....((((.((((.((.(((......))).)).))))))))---(((((.....))))).)))))).))..)......... ( -39.90)
>consensus
GUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUAUGGCUGCUGCAGAUGAGCC___GUGGCCAGGAGUCACAGCAGCGAAGUGCAAUGGACCA
...(((.(..(((((...((((.....)))).(((((...(((((((.((......))....)))))))(......).)))))..)))))...).))). (-22.50 = -23.23 +   0.73)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 4

Location 13,182,289 – 13,182,403
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.27
Mean single sequence MFE -48.03
Consensus MFE -23.31
Energy contribution -22.45
Covariance contribution -0.86
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -2.14
Structure conservation index 0.49
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.707861
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13182289 114 - 22407834
GCGUUGGACGGCUGGCCAUCACCAAGAAGCUGGUGCUCUGGUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUAUGGCUGCUGCAGAUGAGCC---GUGGCCAGG---AGUCGC
......(((..((((((((((((.((..((..(..((......))..)..)).))...))))((((.((((.((.(((......))).)).))))))))---)))))))).---.))).. ( -51.60)
>DroVir_CAF1 2874 117 - 1
GCGGCGGCCGUCUGGCGAGUACCAAAAAGCUCGUCCUGUGGUCUGUGGUGCUGGUUCAGCUGUGUUUCAUUGGUUGCAUUUGGCUGCUGCAGGCUAAUC---AUAGCCAGCUGCAGCUGC
(((((.((.(.(((((((((........))))......(((((((..((((..(..((((((........))))))...)..)).))..)))))))...---...)))))).)).))))) ( -48.00)
>DroPse_CAF1 3145 114 - 1
GCAUCGGGCGUUUGGCCAUAACCAAAAAACUGGUGCUCUGGUCCGUGCUGAUACUUCAGGUUGGCUUCAUAGGCUGCAUAUGGCUGUUGCAGAUGAACUACAGCAGCCAGG---AU---C
(((((((...(((((......)))))...)))))))...((((((((((((....)))....((((.....)))))))).(((((((((.((.....)).)))))))))))---))---) ( -44.10)
>DroSec_CAF1 2820 114 - 1
GGGUUGGACGGCUGGCCAUCACCAAGAAGCUGGUGCUCUGGUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGAUUUAUCGGCUGCAUAUGGCUGCUGCAGAUGAGUC---GUGGCCAGG---AGUCAC
......(((..((((((((((((.((..((..(..((......))..)..)).))...)))).((((((((.((.(((......))).)).))))))))---)))))))).---.))).. ( -48.80)
>DroEre_CAF1 2841 114 - 1
GCCUGGGACGGCUGGCCAUCACCAAAAAGCUGGUGCUCUGGUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUAUGGCUGCUGCAGAUGAGCC---GUGGCCAGG---AGUCAC
......(((..((((((((((((.....((..(..((......))..)..))......))))((((.((((.((.(((......))).)).))))))))---)))))))).---.))).. ( -51.60)
>DroPer_CAF1 3133 114 - 1
GCAUCGGGCGUUUGGCCAUAACCAAAAAACUGGUGCUCUGGUCCGUGCUGAUUCUUCAGGUUGGCUUCAUAGGCUGCAUAUGGCUGUUGCAGAUGAACUACAGCAGCCAGG---AU---C
(((((((...(((((......)))))...)))))))...((((((((((((....)))....((((.....)))))))).(((((((((.((.....)).)))))))))))---))---) ( -44.10)
>consensus
GCGUCGGACGGCUGGCCAUCACCAAAAAGCUGGUGCUCUGGUCGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUAUGGCUGCUGCAGAUGAACC___GUAGCCAGG___AGUC_C
...........(((((..(((((.....(((((....)))))...(((.......))))))))..((((((.((.(((......))).)).))))))........))))).......... (-23.31 = -22.45 +  -0.86)

alignment

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secondary structure

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Window 5

Location 13,182,323 – 13,182,429
Length 106
Sequences 6
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.91
Mean single sequence MFE -46.23
Consensus MFE -34.63
Energy contribution -36.80
Covariance contribution 2.17
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.11
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.599169
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13182323 106 - 22407834
CACCUACAACCAGACACCGGUAGCCGGCGUUGGACGGCUGGCCAUCACCAAGAAGCUGGUGCUCUGGUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUA
((((..(((((((((((((((.((((((........))))))..((.....)).))))))).)))))))).....)))).(((((.(((......))).))))).. ( -47.90)
>DroVir_CAF1 2911 99 - 1
-------AGCCAGACACUUGCAACCGGCGGCGGCCGUCUGGCGAGUACCAAAAAGCUCGUCCUGUGGUCUGUGGUGCUGGUUCAGCUGUGUUUCAUUGGUUGCAUU
-------((((((((((..(((((((((((((((((.(.(((((((........)))))))..)))).))))..))))))))..)).)))))....)))))..... ( -37.70)
>DroSec_CAF1 2854 106 - 1
CACCUACAACCAGACACCGGUAGCCGGGGUUGGACGGCUGGCCAUCACCAAGAAGCUGGUGCUCUGGUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGAUUUAUCGGCUGCAUA
((((..((((((((((((((((((((........)))))((......)).....))))))).)))))))).....)))).(((((.(((......))).))))).. ( -47.50)
>DroSim_CAF1 2844 106 - 1
CACCUACAACCAGACACCGGUAGCCGGCGUUGGACGGCUGGCCAUCACUAAGAAGCUGGUGCUCUGGUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUA
((((..(((((((((((((((.((((((........))))))..((.....)).))))))).)))))))).....)))).(((((.(((......))).))))).. ( -47.90)
>DroEre_CAF1 2875 106 - 1
CACCCACACCCAGACACCAGCAGCCGGCCUGGGACGGCUGGCCAUCACCAAAAAGCUGGUGCUCUGGUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUA
..(((((...(((.((((((((.((((((.(((..((....))..(((((......)))))))).)))))))))))))))))...)))))................ ( -48.70)
>DroYak_CAF1 2906 106 - 1
CACCCACACCCAGCCACCAGGAGCCGGCCUGGGACGGCUGGCCAUCACCAAGAAGCUGGUGCUCUGGUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUA
..(((((...((((.(((((..(((((((......)))))))((((((((.((.((....))))))).))))))))))))))...)))))................ ( -47.70)
>consensus
CACCUACAACCAGACACCGGUAGCCGGCGUUGGACGGCUGGCCAUCACCAAGAAGCUGGUGCUCUGGUUGGUGCUGGUGCUGCAGGUGGGCUUCAUCGGCUGCAUA
((((..((((((((((((((((((((........)))))((......)).....))))))).)))))))).....)))).(((((.(((......))).))))).. (-34.63 = -36.80 +   2.17)

alignment

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