Locus 4590

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 13,144,216 – 13,144,367
Length 151
Max. P 0.927490
window7242 window7243 window7244 window7245

overview

Window 2

Location 13,144,216 – 13,144,330
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.49
Mean single sequence MFE -37.04
Consensus MFE -30.42
Energy contribution -31.45
Covariance contribution 1.03
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.35
SVM RNA-class probability 0.699025
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13144216 114 + 22407834
AA------AACCUGUGGUAAAAACAUGCAAUCUACUCACGAGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGUUGCUGCUGUAGCUGCAGCAU
..------....(((((((...((..........((....)).((((((((.......)))))))).)).)))))))((((((......))))))...(((((.((....)).))))).. ( -37.50)
>DroSec_CAF1 11306 115 + 1
AA-----AAACCUGUGGUAAAAACAUGCAAUCUACUCACGAGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGCUGCUGCUGUAGCUGCAGCAU
..-----.....(((((((...((..........((....)).((((((((.......)))))))).)).)))))))((((((......))))))...(((((.((....)).))))).. ( -39.90)
>DroSim_CAF1 12105 115 + 1
AA-----AAACCUGUGGUAAAAACAUGCAAUCUACUCACGAGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGCUGCUGCUGUAGAUGCAGCAU
..-----.....(((((((...((..........((....)).((((((((.......)))))))).)).)))))))((((((......)))))).....((((((.......)))))). ( -37.20)
>DroEre_CAF1 13208 114 + 1
AA------AACCUGUGGUAAAAACAUGCAAUCUACUCACGAGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGCUGCUGCUGAAGCUGCGGCAU
..------..(((((((((.............))).))).)))((((((((.......))))))))...((((((((((((((...(((((......))))).))))))...)))))))) ( -40.52)
>DroYak_CAF1 11454 114 + 1
AA------AACCUGUGGUAAAAACAUGCAAUCUACUCACGAGGUUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGCUGCUGCCAAAGCUGCAGCAU
..------....(((((((...((..........((....)).((((((((.......)))))))).)).)))))))((((((......))))))...(((((.((....)).))))).. ( -36.80)
>DroAna_CAF1 10604 120 + 1
AGGUCUAUACCCCCGACUAGGAAUAUGCAAUUUGCUCCCGAGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCUUUCGAGUGUGCUGCAUCAGCAAAACGGUGGUGAAAAGCCUCAACCGAAGAUGCAGCAG
..((.(((.((........)).))).)).....((((..(((((((...........))))))).)))).(((((((((.......(((((((.....)))...))))..))))))))). ( -30.30)
>consensus
AA______AACCUGUGGUAAAAACAUGCAAUCUACUCACGAGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGCUGCUGCUGAAGCUGCAGCAU
............(((((((...((..........((....)).((((((((.......)))))))).)).)))))))((((((......))))))...(((((.((....)).))))).. (-30.42 = -31.45 +   1.03)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 13,144,216 – 13,144,330
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.49
Mean single sequence MFE -37.78
Consensus MFE -32.43
Energy contribution -32.22
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.29
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 1.18
SVM RNA-class probability 0.927490
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13144216 114 - 22407834
AUGCUGCAGCUACAGCAGCAACGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCUCGUGAGUAGAUUGCAUGUUUUUACCACAGGUU------UU
.(((((((....((((((.((((.........)))))))))).)))))))......((((((.......))))))(((((.(((.(((((.........)))))))))))))------.. ( -37.60)
>DroSec_CAF1 11306 115 - 1
AUGCUGCAGCUACAGCAGCAGCGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCUCGUGAGUAGAUUGCAUGUUUUUACCACAGGUUU-----UU
.(((((((....((((((.((((.........)))))))))).)))))))......((((((.......))))))(((((.(((.(((((.........))))))))))))).-----.. ( -37.60)
>DroSim_CAF1 12105 115 - 1
AUGCUGCAUCUACAGCAGCAGCGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCUCGUGAGUAGAUUGCAUGUUUUUACCACAGGUUU-----UU
.(((((((((...(((((.((((.........))))))))))))))))))......((((((.......))))))(((((.(((.(((((.........))))))))))))).-----.. ( -38.20)
>DroEre_CAF1 13208 114 - 1
AUGCCGCAGCUUCAGCAGCAGCGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCUCGUGAGUAGAUUGCAUGUUUUUACCACAGGUU------UU
.(((((((...(((((((.((((.........))))))))))))))))))......((((((.......))))))(((((.(((.(((((.........)))))))))))))------.. ( -40.90)
>DroYak_CAF1 11454 114 - 1
AUGCUGCAGCUUUGGCAGCAGCGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAACCUCGUGAGUAGAUUGCAUGUUUUUACCACAGGUU------UU
.(((((((((....))..((((((..(......)..)))))).)))))))......((((((.......))))))(((((.(((.(((((.........)))))))))))))------.. ( -37.30)
>DroAna_CAF1 10604 120 - 1
CUGCUGCAUCUUCGGUUGAGGCUUUUCACCACCGUUUUGCUGAUGCAGCACACUCGAAAGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCUCGGGAGCAAAUUGCAUAUUCCUAGUCGGGGGUAUAGACCU
.(((((((((..((((((((....))))..)))).......)))))))))..(((((...........((((....)))).((((((.....))....))))..)))))(((....))). ( -35.10)
>consensus
AUGCUGCAGCUACAGCAGCAGCGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCUCGUGAGUAGAUUGCAUGUUUUUACCACAGGUU______UU
.(((((((....((((((.((((.........)))))))))).)))))))......((((((.......))))))(((((.(((.(((((.........)))))))))))))........ (-32.43 = -32.22 +  -0.22)

alignment

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secondary structure

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Window 4

Location 13,144,250 – 13,144,367
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.86
Mean single sequence MFE -36.15
Consensus MFE -28.54
Energy contribution -29.77
Covariance contribution 1.23
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.35
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.58
SVM RNA-class probability 0.787307
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13144250 117 + 22407834
AGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGUUGCUGCUGUAGCUGCAGCAUUCAACCAUCUAACCACCA---UGCGAACAACACCAUUAGA
...((((((((.......)))))))).((((..((((((((((......))))))...((((.((((((....))))))..)))).............---))))....))))....... ( -36.70)
>DroSec_CAF1 11341 117 + 1
AGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGCUGCUGCUGUAGCUGCAGCAUUCAACCUCCUAACCACCA---UGCGAACAACACCAUUAGA
...((((((((.......)))))))).((((..((((((((((......))))))...(((((.((....)).)))))....................---))))....))))....... ( -38.40)
>DroSim_CAF1 12140 117 + 1
AGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGCUGCUGCUGUAGAUGCAGCAUUCAACCAUCUAACCACCA---UGCGAACAACACCAUUAGA
...((((((((.......)))))))).((((..((((((((((......)))))).....((((((.......))))))...................---))))....))))....... ( -35.70)
>DroEre_CAF1 13242 117 + 1
AGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGCUGCUGCUGAAGCUGCGGCAUUCAACCUGCUAACCACCA---UGCGAACAACACCAUUAGA
(((((((((((.......)))))))).(.((((((((((((((...(((((......))))).))))))...)))))))).)..)))((.........---.))................ ( -38.50)
>DroYak_CAF1 11488 120 + 1
AGGUUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGCUGCUGCCAAAGCUGCAGCAUUCAACCUCCUAACCACCAACCUGCGAACAACGCCAUUAGA
(((((((((((.......))))))((((.((...(((((........)))))(((((.(((((.((....)).))))))))))))))))........)))))(((.....)))....... ( -39.80)
>DroAna_CAF1 10644 94 + 1
AGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCUUUCGAGUGUGCUGCAUCAGCAAAACGGUGGUGAAAAGCCUCAACCGAAGAUGCAGCAG-----------------------CAAAGAA---CCUUAAA
.(((....)))..((((.((..(((...(((((((((((.......(((((((.....)))...))))..))))))))).-----------------------))..)))---)).)))) ( -27.80)
>consensus
AGGCUAAUGCCCUUUUAUGGCAUUGGAGUGUGCCGCAUCAGCAAAACGGUGCUGAAUCGCUGCUGCUGAAGCUGCAGCAUUCAACCUCCUAACCACCA___UGCGAACAACACCAUUAGA
...((((((((.......)))))))).((((..((((((((((......))))))...(((((.((....)).))))).......................))))....))))....... (-28.54 = -29.77 +   1.23)

alignment

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Window 5

Location 13,144,250 – 13,144,367
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.86
Mean single sequence MFE -40.58
Consensus MFE -31.00
Energy contribution -31.27
Covariance contribution 0.27
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.43
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.739390
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13144250 117 - 22407834
UCUAAUGGUGUUGUUCGCA---UGGUGGUUAGAUGGUUGAAUGCUGCAGCUACAGCAGCAACGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCU
......(((..(((((...---..(((((....(((.....(((((((....((((((.((((.........)))))))))).)))))))....)))..)))))....)))))...))). ( -38.40)
>DroSec_CAF1 11341 117 - 1
UCUAAUGGUGUUGUUCGCA---UGGUGGUUAGGAGGUUGAAUGCUGCAGCUACAGCAGCAGCGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCU
......(((..(((((...---..(((((..((((((((((((((((.((....)).))))).)))))))...((.((((....)))).)).))))...)))))....)))))...))). ( -45.50)
>DroSim_CAF1 12140 117 - 1
UCUAAUGGUGUUGUUCGCA---UGGUGGUUAGAUGGUUGAAUGCUGCAUCUACAGCAGCAGCGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCU
...((((((((((.((((.---((.((.(((((((((.....))..)))))).).)).))))))..))))))))))..((((((((((((........))))........)))))))).. ( -41.80)
>DroEre_CAF1 13242 117 - 1
UCUAAUGGUGUUGUUCGCA---UGGUGGUUAGCAGGUUGAAUGCCGCAGCUUCAGCAGCAGCGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCU
...((((((((((.((((.---((.((.(.(((.(((.....)))...)))..).)).))))))..))))))))))..((((((((((((........))))........)))))))).. ( -42.50)
>DroYak_CAF1 11488 120 - 1
UCUAAUGGCGUUGUUCGCAGGUUGGUGGUUAGGAGGUUGAAUGCUGCAGCUUUGGCAGCAGCGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAACCU
.(((((.(((.....)))..))))).((((.((((((((((((((((.((....)).))))).)))))))...((.((((....)))).)).))))((((((.......)))))))))). ( -46.60)
>DroAna_CAF1 10644 94 - 1
UUUAAGG---UUCUUUG-----------------------CUGCUGCAUCUUCGGUUGAGGCUUUUCACCACCGUUUUGCUGAUGCAGCACACUCGAAAGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCU
((((.((---((.((((-----------------------.(((((((((..((((((((....))))..)))).......)))))))))....)))))))).)))).((((....)))) ( -28.70)
>consensus
UCUAAUGGUGUUGUUCGCA___UGGUGGUUAGAAGGUUGAAUGCUGCAGCUACAGCAGCAGCGAUUCAGCACCGUUUUGCUGAUGCGGCACACUCCAAUGCCAUAAAAGGGCAUUAGCCU
....(((((((((.((((......)))).............(((((((....((((((.((((.........)))))))))).))))))).....)))))))))....((((....)))) (-31.00 = -31.27 +   0.27)

alignment

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