Locus 4384

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 12,625,825 – 12,625,918
Length 93
Max. P 0.621586
window6901

overview

Window 1

Location 12,625,825 – 12,625,918
Length 93
Sequences 6
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.67
Mean single sequence MFE -46.50
Consensus MFE -36.49
Energy contribution -36.55
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.20
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.621586
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12625825 93 - 22407834
GGCCAGCAACGGCGAGAUGCCACUACCCAUGGUGGAUGCCACAGCGGCGGCGGCUGCAGCCGCUGCUGCCAUGGAAUUGGGUGUGGUGGAGCC---------
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>DroSec_CAF1 6776 93 - 1
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..........(((....((((((.(((((((((((...)))))).(((((((((.......))))))))).......)))))))))))..)))--------- ( -43.40)
>DroSim_CAF1 6861 93 - 1
GGCCAGCAACGGCGAGAUGCCACUACCCAUUGUGGAUGCCACAGCGGCGGCAGCUGCAGCCGCUGCUGCCAUGGAAUUGGGUGUGGUGGAGCC---------
..........(((....((((((.(((((((((((...)))))).(((((((((.......))))))))).......)))))))))))..)))--------- ( -43.80)
>DroEre_CAF1 6720 93 - 1
GGCCAGCAACGGCGAGAUGCCACCACCCAUUGUGGAUGCCACAGCGGCGGCUGCUGCUGCCGCCGCUGCCAUGGAAUUGGGCGUGGUGGAUCC---------
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>DroYak_CAF1 6918 93 - 1
GGCCAGCAACGGCGAGAUGCCACUGCCCAUUGUGGAUGCCACGGCGGCGGCUGCUGCAGCCGCUGCUGCCAUGGAAUUGGGUGUGGUGGCUCC---------
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>DroAna_CAF1 1499 102 - 1
GGCCAACAACGGAGAAAUCCCACUGGCCACCGUGGUGGCCACUGCCGCAGCUGCUGCAGCCGCCGCUGCCAUGGAUGUAGGUGUGGUGGCUCCACCGACUAC
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>consensus
GGCCAGCAACGGCGAGAUGCCACUACCCAUUGUGGAUGCCACAGCGGCGGCUGCUGCAGCCGCUGCUGCCAUGGAAUUGGGUGUGGUGGAGCC_________
.(((......)))......(((((((((...((((...)))).((((((((.((....)).))))))))..........)).)))))))............. (-36.49 = -36.55 +   0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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