Locus 438

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 1,305,656 – 1,305,748
Length 92
Max. P 0.891913
window712

overview

Window 2

Location 1,305,656 – 1,305,748
Length 92
Sequences 6
Columns 92
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.55
Mean single sequence MFE -21.89
Consensus MFE -19.32
Energy contribution -19.27
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.87
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.97
SVM RNA-class probability 0.891913
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1305656 92 + 22407834
UCAUCCCUCGGAUCAAUAUAUCUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCUCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA
..((((((((.(((..(((......)))..))).)).)))))).(((((..(((((((....)))))))))))).................. ( -21.20)
>DroSec_CAF1 64381 92 + 1
UCAUCCUUGGGAUCAAUAUAUCUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCUCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA
..(((((((.......(((((((......)))))))))))))).(((((..(((((((....)))))))))))).................. ( -21.81)
>DroSim_CAF1 65277 92 + 1
UCAUCCUUGGGAUCAAUAUAUCUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCUCGUAAUCCAUGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA
..(((((((.......(((((((......)))))))))))))).(((((..(((((((....)))))))))))).................. ( -21.81)
>DroEre_CAF1 75882 92 + 1
UCAGCCUUGGGCUCAAUACAUCUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCCCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA
...(((..((((.(((((..(((.((((....)))).)))..)))))))))(((((((....))))))).........)))........... ( -26.40)
>DroYak_CAF1 66844 92 + 1
UCAUCCUUGGGCUCAAUAUAGGUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCUCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA
....(((............)))........(((((((...(((.(((((..(((((((....)))))))))))).))).)))))))...... ( -20.20)
>DroAna_CAF1 90429 76 + 1
--GCCCCUGGGCCCAAUA--------------UAUGCAUGAGUAUUGGCUCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA
--(((....))).....(--------------(((((...(((.(((((..(((((((....)))))))))))).))).))))))....... ( -19.90)
>consensus
UCAUCCUUGGGAUCAAUAUAUCUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCUCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA
..((((...)))).................(((((((...(((.(((((..(((((((....)))))))))))).))).)))))))...... (-19.32 = -19.27 +  -0.05)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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