Locus 4374

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 12,597,415 – 12,597,557
Length 142
Max. P 0.968315
window6888 window6889

overview

Window 8

Location 12,597,415 – 12,597,533
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 72.69
Mean single sequence MFE -38.62
Consensus MFE -16.93
Energy contribution -16.26
Covariance contribution -0.66
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.31
Structure conservation index 0.44
SVM decision value 1.62
SVM RNA-class probability 0.968315
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12597415 118 - 22407834
C-AAGUUAAGUAGUUAGAGAAGCACUCCGGAUCCACUAGAUCUGCUGGACUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCUGAUGAUCAC-UUUGGCCGGGGAUUUGGUUAUAUGGCAAUG
(-((((..((((((((...(((..(..((((((.....))))))..)..)))..))))))))..)))))((((.((((((...((((.(-((.....))))))).)))))).)))).... ( -38.40)
>DroPse_CAF1 216704 93 - 1
C-GGGUUAAGUAGUUGG--GA---GCCCGGCUCCCC-------------CCUAAUGACUGCUGUACUUGGCCGAAUGGCUGAUGAUCGUUUUUGGCCAGGGAUUUGGUUAUA--------
(-(((((.(((((((((--((---((...)))))).-------------......)))))))...((((((((((.(((........)))))))))))))))))))......-------- ( -33.61)
>DroEre_CAF1 162378 118 - 1
C-GAGUUAAGUAGUUAGAGGAGCACUUUGGAUCCACUAGAUCUGCUGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCUGAUGAUCGC-UCUGGCCGGCGAUUUGGUUAUAUGGCAAUG
(-((((..((((((((...((((.((..(((((.....)))))...))))))..))))))))..)))))((((.((((((...((((((-(......))))))).)))))).)))).... ( -44.60)
>DroYak_CAF1 167998 118 - 1
C-AAGUUAAGUAGUUAGAGGAGCACUCUGGAUCCACUAGAUCUGCUGUGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCUGAUGAUCGC-CGUGGCCGGGGAUUUGGUUAUAUGGCAAUG
(-((((..((((((((...((((((..((((((.....))))))..))))))..))))))))..)))))((((.((((((...((((.(-((....))).)))).)))))).)))).... ( -49.60)
>DroAna_CAF1 163297 102 - 1
UUUGGCUAAGUAGUGUGG----UAACUCGGA--------------UCGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAGUGGCUGAUGAUCGUCCGUGGCCACGGAUUUGGUUACAUGAGAAUG
.(((((((((((((....----..)).(((.--------------.(((((....)))))))))))))))))))(((((..(.....((((((....)))))))..)))))......... ( -34.80)
>DroPer_CAF1 213839 93 - 1
C-GGGUUAAGUAGUUGG--GA---GCCCGGUUCCCC-------------CCUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCGAAUGGCUGAUGAUCGUUUUUGGCCAGGGAUUUGGUUAUA--------
(-(((((.(((((((((--((---((...)))))).-------------......)))))))...((((((((((.(((........)))))))))))))))))))......-------- ( -30.71)
>consensus
C_GAGUUAAGUAGUUAGA_GA_CACCCCGGAUCCAC_________UGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCUGAUGAUCGC_UUUGGCCAGGGAUUUGGUUAUAUGGCAAUG
...(((..((((((((......................................))))))))..)))(((((((((((((.............)))))....)))))))).......... (-16.93 = -16.26 +  -0.66)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 12,597,454 – 12,597,557
Length 103
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.32
Mean single sequence MFE -34.65
Consensus MFE -25.42
Energy contribution -26.93
Covariance contribution 1.52
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.41
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.776896
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12597454 103 - 22407834
------------CGGUUUCUGUUUCGCUCGAGCAGU--CAAGUUAAGUAGUUAGAGAAGCACUCCGGAUCCACUAGAUCUGCUGGACUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU
------------......((((((.....)))))).--(((((..((((((((...(((..(..((((((.....))))))..)..)))..))))))))..)))))(((....))). ( -32.40)
>DroPse_CAF1 216736 85 - 1
------------UGGUUG--GACUCGCAGACGGAGUCCCGGGUUAAGUAGUUGG--GA---GCCCGGCUCCCC-------------CCUAAUGACUGCUGUACUUGGCCGAAUGGCU
------------.....(--(((((.......))))))(((((..(((((((((--((---((...)))))).-------------......)))))))..)))))(((....))). ( -32.31)
>DroSec_CAF1 164470 103 - 1
------------CGGUUUCUGUUUCGCUCGAGCAGU--CAAGUUAAGUAGUUAGAGAAGCACUCCGGAUCCACUAGAUCUGCUGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU
------------......((((((.....)))))).--(((((..((((((((...((((.(..((((((.....))))))..).))))..))))))))..)))))(((....))). ( -34.60)
>DroSim_CAF1 167856 103 - 1
------------CGGUUUCUGUUUCGCUCGAGCAGU--CAAGUUAAGUAGUUAGAGAAGCACUCCGGAUCCACUAGAUCUGCUGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU
------------......((((((.....)))))).--(((((..((((((((...((((.(..((((((.....))))))..).))))..))))))))..)))))(((....))). ( -34.60)
>DroEre_CAF1 162417 115 - 1
AGGUUUCGGUUUCGGUUUCUUUUUCGCUCGAGCAGU--CGAGUUAAGUAGUUAGAGGAGCACUUUGGAUCCACUAGAUCUGCUGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU
(((..(((....)))..))).....(((......((--(((((..((((((((...((((.((..(((((.....)))))...))))))..))))))))..))))))).....))). ( -32.60)
>DroYak_CAF1 168037 114 - 1
-GGGUUCGGGUUCGGUUUCUGUUUCGUUCGAGCAGU--CAAGUUAAGUAGUUAGAGGAGCACUCUGGAUCCACUAGAUCUGCUGUGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU
-..((((((...(((........))).))))))...--(((((..((((((((...((((((..((((((.....))))))..))))))..))))))))..)))))(((....))). ( -41.40)
>consensus
____________CGGUUUCUGUUUCGCUCGAGCAGU__CAAGUUAAGUAGUUAGAGAAGCACUCCGGAUCCACUAGAUCUGCUGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU
..................((((((.....))))))...(((((..((((((((...((((.(..((((((.....))))))..).))))..))))))))..)))))(((....))). (-25.42 = -26.93 +   1.52)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:16:16 2006