Locus 4331

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 12,393,372 – 12,393,462
Length 90
Max. P 0.500000
window6824

overview

Window 4

Location 12,393,372 – 12,393,462
Length 90
Sequences 6
Columns 96
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.61
Mean single sequence MFE -32.80
Consensus MFE -20.30
Energy contribution -20.75
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.62
SVM decision value -0.08
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12393372 90 - 22407834
AUGCGCCGCCGAUGCCGG---GACUGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUUUCCGGUGGGUGGUGGAAAUUUAGUCCUGAUUU---UCCAUAGUUAU
....((((((...(((((---((..(((((.((....)).)))))....))))))).))))))(((((.(((....))).))---)))........ ( -36.20)
>DroPse_CAF1 299840 90 - 1
AUGUGGCGCCGCCCCCGGAUGGGCCGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUAUCCGGUGGAU---GGAAGUUUAGUCCUGAUUU---UCCAUAUUUAU
..(((....)))((((((((((.(.(((((.((....)).))))).))))))))).))((---(((((.(((....))).))---)))))...... ( -34.60)
>DroEre_CAF1 215948 90 - 1
AUGCGGCGCCGAUGCUGG---GACUGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUUUCCGGUGGGUGGUGGAAAUUUAGUCCUGAUUU---UCCAUAGUUAU
......((((...(((((---((..(((((.((....)).)))))....))))))).))))(((((((.(((....))).))---)))))...... ( -31.60)
>DroWil_CAF1 278158 81 - 1
AAGCGG--CUGAUGC-------ACCGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUAUCCGGUGGGU---GGAAAUUUAAUCCUGAUUUCAUUCCAUUUU---
...(((--.(((((.-------...(((((.((....)).)))))))))).)))(((((.---.((((((.......))))))..)))))...--- ( -22.30)
>DroAna_CAF1 204301 93 - 1
GUGCGGCGCCGCCGCCGGCGAUACCGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUUUCCGGUGGGUGGUGGAAAUUUAGUCCUGAUUU---UCCAUAGUUAU
....((((((((((((((.((.((.(((((.((....)).))))).)).))))))).))))))(((((.(((....))).))---)))...))).. ( -37.50)
>DroPer_CAF1 302298 90 - 1
AUGUGGCGCCGCCCCCGGAUGGGCCGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUAUCCGGUGGAU---GGAAGUUUAGUCCUGAUUU---UCCAUAUUUAU
..(((....)))((((((((((.(.(((((.((....)).))))).))))))))).))((---(((((.(((....))).))---)))))...... ( -34.60)
>consensus
AUGCGGCGCCGACGCCGG___GACCGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUAUCCGGUGGGU___GGAAAUUUAGUCCUGAUUU___UCCAUAGUUAU
............((((((...(((.(((((.((....)).))))).)))..))))))......(((.....(((....)))....)))........ (-20.30 = -20.75 +   0.45)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:15:13 2006