Locus 4329

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 12,389,295 – 12,389,424
Length 129
Max. P 0.979108
window6820 window6821 window6822

overview

Window 0

Location 12,389,295 – 12,389,389
Length 94
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 70.50
Mean single sequence MFE -39.48
Consensus MFE -19.07
Energy contribution -21.04
Covariance contribution 1.97
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.48
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.824317
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12389295 94 + 22407834
CAUUCUGUGGCAUCA---------------AUACGCCGAGCGGUGCGACAGCAGGUGCGGCCACGCCCACCAUUAAUGCCGCAACGGCUCUAAUAGCUGCUCCGCCCUC
........(((....---------------....)))(((.((((.((((((.((((.(((...)))))))((((..((((...))))..)))).)))).))))))))) ( -37.20)
>DroVir_CAF1 270853 106 + 1
CCAUAUGCGGCAUCAGUGCACUCACC---CAAACGCCCAGUGGGGCUGCAGCUGCUGCUGCCACGCCCACGGCGAACACGGCAACUGCGCUGAUUGCCGCAGCGCCGGC
((...(((((((((((((((......---....((((..((((((..(((((....)))))..).))))))))).....(....))))))))).))))))).....)). ( -51.60)
>DroPse_CAF1 295534 109 + 1
CCUUCUGCGGCAUCAAUGCCCUGACCGGCCAGACGCCCAGUGGAGCGUCGGCUGCCACAACCACGCCCACCGCCAACACAGCCACCGCCCUAAUAGCUGCCCCAACCUC
......(((((.(((......)))..(((..(((((((...)).)))))(((((........................)))))...)))......)))))......... ( -28.56)
>DroGri_CAF1 275369 106 + 1
CGAUAUGUGGCAUCGGUGCACUGACC---CAAACGCCCAGUGGCGCUGCUGCUGCAACAGCGACGCCCACAGCGAAUGCGGCAACAGCCCUGAUUGCUGCCACACCAAC
.....(((((((.((((.(((((...---........)))))..((((.(((((((...((..........))...))))))).))))....)))).)))))))..... ( -38.20)
>DroMoj_CAF1 272497 106 + 1
CCAUAUGUGGCAUCAGUGCACUGACA---CAAACGCCCAGCGGCGCUGCAGCAGCGGCUGCCACGCCCACAGCGAACCCGGCCACAGCGCUGAUUGCCGCAGCGCCGGC
((...((((((.((((....))))..---....(((...(.((((..(((((....)))))..)))))...)))......))))))((((((.......)))))).)). ( -44.50)
>DroAna_CAF1 200452 109 + 1
CCUUCUGCGGCAUCGGAGCCCUCACAAAUGGCACGCCCAGUGGUGCUGCUGCGGCCGCCGCCACGCCCACCGCCAAUACAGCCACUGCACUGAUAGCGGCUCCGCCCAC
.....((.(((...((((((........((((.......((((((..((.(.(((....))).))).)))))).......))))..((.......))))))))))))). ( -36.84)
>consensus
CCAUAUGCGGCAUCAGUGCACUGACC___CAAACGCCCAGUGGCGCUGCAGCUGCCGCAGCCACGCCCACCGCGAACACGGCAACAGCCCUGAUAGCUGCACCGCCCAC
......((((((((((.((....................((((((((((....))))).)))))((..............))....)).))))).)))))......... (-19.07 = -21.04 +   1.97)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 1

Location 12,389,295 – 12,389,389
Length 94
Sequences 6
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 70.50
Mean single sequence MFE -51.70
Consensus MFE -24.57
Energy contribution -25.41
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.52
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.48
SVM decision value 1.83
SVM RNA-class probability 0.979108
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12389295 94 - 22407834
GAGGGCGGAGCAGCUAUUAGAGCCGUUGCGGCAUUAAUGGUGGGCGUGGCCGCACCUGCUGUCGCACCGCUCGGCGUAU---------------UGAUGCCACAGAAUG
..((((((.((.((((((((.((((...)))).))))))))..))(((((.((....)).))))).))))))(((((..---------------..)))))........ ( -43.10)
>DroVir_CAF1 270853 106 - 1
GCCGGCGCUGCGGCAAUCAGCGCAGUUGCCGUGUUCGCCGUGGGCGUGGCAGCAGCAGCUGCAGCCCCACUGGGCGUUUG---GGUGAGUGCACUGAUGCCGCAUAUGG
.(((....(((((((.((((.(((.(..((.((..(((((((((.((.(((((....))))).)))))))..))))..))---))..).))).)))))))))))..))) ( -58.70)
>DroPse_CAF1 295534 109 - 1
GAGGUUGGGGCAGCUAUUAGGGCGGUGGCUGUGUUGGCGGUGGGCGUGGUUGUGGCAGCCGACGCUCCACUGGGCGUCUGGCCGGUCAGGGCAUUGAUGCCGCAGAAGG
...((..(.(((((((((.....))))))))).)..))((((((((((((((...))))).)))).))))).((((((..(((......)))...))))))........ ( -52.10)
>DroGri_CAF1 275369 106 - 1
GUUGGUGUGGCAGCAAUCAGGGCUGUUGCCGCAUUCGCUGUGGGCGUCGCUGUUGCAGCAGCAGCGCCACUGGGCGUUUG---GGUCAGUGCACCGAUGCCACAUAUCG
((..(((((((((((........)))))))))))..))(((((((((((((((((...)))))))((.(((((.(.....---).)))))))...)))))).))))... ( -50.20)
>DroMoj_CAF1 272497 106 - 1
GCCGGCGCUGCGGCAAUCAGCGCUGUGGCCGGGUUCGCUGUGGGCGUGGCAGCCGCUGCUGCAGCGCCGCUGGGCGUUUG---UGUCAGUGCACUGAUGCCACAUAUGG
((.((((((((((((....(((..((.((((.((((.....)))).)))).)))))))))))))))))))((((((((.(---(((....)))).)))))).))..... ( -54.40)
>DroAna_CAF1 200452 109 - 1
GUGGGCGGAGCCGCUAUCAGUGCAGUGGCUGUAUUGGCGGUGGGCGUGGCGGCGGCCGCAGCAGCACCACUGGGCGUGCCAUUUGUGAGGGCUCCGAUGCCGCAGAAGG
((((.(((((((((.......))(((((((((.(..(.((((.(((((((....))))).))..)))).)..)))).))))))......)))))))...))))...... ( -51.70)
>consensus
GAGGGCGGAGCAGCAAUCAGCGCAGUGGCCGUAUUCGCGGUGGGCGUGGCAGCAGCAGCUGCAGCACCACUGGGCGUUUG___GGUCAGUGCACUGAUGCCACAGAAGG
((.((((..((((((........))))))..)))).)).(((((((((((((...))))))).)).))))..((((((.................))))))........ (-24.57 = -25.41 +   0.84)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 12,389,320 – 12,389,424
Length 104
Sequences 6
Columns 104
Reading direction forward
Mean pairwise identity 71.54
Mean single sequence MFE -42.56
Consensus MFE -12.82
Energy contribution -14.52
Covariance contribution 1.70
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.30
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.627069
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12389320 104 + 22407834
CGGUGCGACAGCAGGUGCGGCCACGCCCACCAUUAAUGCCGCAACGGCUCUAAUAGCUGCUCCGCCCUCGGCGGGACGUACCAAUCCGUCGAUGGCGGCCGCAC
..(((((.((((.((((.(((...)))))))((((..((((...))))..)))).))))..(((((.((((((((.........)))))))).))))).))))) ( -50.10)
>DroVir_CAF1 270890 104 + 1
UGGGGCUGCAGCUGCUGCUGCCACGCCCACGGCGAACACGGCAACUGCGCUGAUUGCCGCAGCGCCGGCAGCGCAGCGCACGAAUCCAUCAAUGGCAGCCGCAU
((.((((((.(((((.((((((.((((...)))).....(((..((((((.....).))))).))))))))))))))....((.....))....)))))).)). ( -55.00)
>DroPse_CAF1 295574 104 + 1
UGGAGCGUCGGCUGCCACAACCACGCCCACCGCCAACACAGCCACCGCCCUAAUAGCUGCCCCAACCUCGGCCCCGAGACCCAAUCCAUCGAUGGCCGCAGCAC
.((.(((..(((((........................)))))..))))).....(((((......((((....))))..(((.((....)))))..))))).. ( -29.96)
>DroGri_CAF1 275406 104 + 1
UGGCGCUGCUGCUGCAACAGCGACGCCCACAGCGAAUGCGGCAACAGCCCUGAUUGCUGCCACACCAACAGUGCAACGCACGAAUCCAUCGAUGGCAGCAGCCU
.(((((((.(((((((...((..........))...))))))).))))......(((((((((.......((((...))))((.....))).))))))))))). ( -42.60)
>DroMoj_CAF1 272534 104 + 1
CGGCGCUGCAGCAGCGGCUGCCACGCCCACAGCGAACCCGGCCACAGCGCUGAUUGCCGCAGCGCCGGCAGCUCAACGCCCGAAUCCUUCAAUGGCCGCAGCGU
.((((..(((((....)))))..))))....(((....((((((..(((.(((((((((......)))))).))).)))..((.....))..))))))...))) ( -43.10)
>DroAna_CAF1 200492 104 + 1
UGGUGCUGCUGCGGCCGCCGCCACGCCCACCGCCAAUACAGCCACUGCACUGAUAGCGGCUCCGCCCACGGCGACUCGCCCCAACCCCUCGAUGGCAGCCGCGU
.(((((.((((.(((....)))..((.....)).....))))....)))))....((((((.((((...))))....(((.............))))))))).. ( -34.62)
>consensus
UGGCGCUGCAGCUGCCGCAGCCACGCCCACCGCGAACACGGCAACAGCCCUGAUAGCUGCACCGCCCACAGCGCAACGCACCAAUCCAUCGAUGGCAGCAGCAU
....((....)).((.((.((((......((((((.((..((....))..)).))))))...(((.....)))...................)))).)).)).. (-12.82 = -14.52 +   1.70)

alignment

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