Locus 4301

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	12,299,258 – 12,299,406
Length	148
Max. P	0.776177

overview

Window 1

Location	12,299,258 – 12,299,375
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.11
Mean single sequence MFE	-57.05
Consensus MFE	-38.38
Energy contribution	-37.88
Covariance contribution	-0.50
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.11
SVM RNA-class probability	0.589335
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12299258 117 - 22407834
GGUCAGUUGGGCGCUUCCAGGCGAUGUGGCAGCGGCGGCUGCCGCGGCGGCAUUCGAGAGACUCGGCUGC---GUCAUGGCCGCAAUGGCCGCUAGAUUCUGGACGGUCAUCGGGGUCAA
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>DroPse_CAF1 184519 117 - 1
CUGCAGUUGGGCACUGCCCGGCGAUGAGGCAGCGGCAGCGGCUGCUGCGGCAUUCGUCAGACUCGGCUGC---GUCAUGGCCGCAAUGGCGGCCAGAUUCUGCACAGUCAUCGGAGUCAG
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>DroWil_CAF1 143237 117 - 1
UGUCAGCUGGGCACUGCCCGGCGAUGUGGCAGCGGC---UGCUGCAGCAGCAUUCGACAGUCCUGGCUGUCCUGCCAUGGCCGCAAUAGCUGCCAGAUUCUGAACAGUCAUCGGUGAGAG
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>DroYak_CAF1 126364 117 - 1
GGUCAGUUGGGCGCUUCCAGGCGAUGAGGCAGCGGCUGCUGCCGCGGCGGCAUUCGAGAGACUCGGCUGC---GUCAUGGCCGCAAUGGCCGCCAGAUUCUGGACGGUCAUCGGGGUCAG
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>DroAna_CAF1 110476 117 - 1
GGUGAGCUGUGCACUUCCCGGCGAUGUGGCAGCCGCGGCGGCUGCGGCAGCGUUUGAGAGACUCGGCUGU---GUCAUGGCCGCGAUGGCUGCCAAGUUCUGGACGGUCAUCGGGGUCAA
(..((((((.(..((..(..(((.(((.(((((((...))))))).))).)))..)..)).).))))).)---..).(((((.((((((((((((.....))).))))))))).))))). ( -58.90)
>DroPer_CAF1 190043 117 - 1
CUGCAGUUGGGCACUGCCCGGCGAUGAGGCAGCGGCAGCGGCUGCUGCGGCAUUCGUCAGACUCGGCUGC---GUCAUGGCCGCAAUGGCGGCCAGAUUCUGCACAGUCAUCGGAGUCAG
..((((((((((...))))(((((((..((((((((....))))))))..)).)))))......))))))---....(((((((....)))))))(((((((.........))))))).. ( -58.90)
>consensus
GGUCAGUUGGGCACUGCCCGGCGAUGAGGCAGCGGCAGCGGCUGCGGCGGCAUUCGACAGACUCGGCUGC___GUCAUGGCCGCAAUGGCCGCCAGAUUCUGGACAGUCAUCGGGGUCAG
.....((((((.....))))))((((..((.(((((....))))).))..)))).....((((((((((........((((.((....)).)))).........)))))....))))).. (-38.38 = -37.88 +  -0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	12,299,298 – 12,299,406
Length	108
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.43
Mean single sequence MFE	-45.27
Consensus MFE	-33.17
Energy contribution	-32.87
Covariance contribution	-0.30
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-1.30
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.54
SVM RNA-class probability	0.776177
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12299298 108 - 22407834
GGAGUAACUCACAGAGCAGCGCAGCCGUGUUGGUCAGUUGGGCGCUUCCAGGCGAUGUGGCAGCGGCGGCUGCCGCGGCGGCAUUCGAGAGACUCGGCUGC---GUCAUGG
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>DroPse_CAF1 184559 104 - 1
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>DroWil_CAF1 143277 104 - 1
----ACACUUACACAAUAAGGCAGCUGUAUUUGUCAGCUGGGCACUGCCCGGCGAUGUGGCAGCGGC---UGCUGCAGCAGCAUUCGACAGUCCUGGCUGUCCUGCCAUGG
----...............(((((((((...((((.(((((((...)))))))))))..))))).((---(((....)))))....((((((....)))))).)))).... ( -46.80)
>DroYak_CAF1 126404 108 - 1
GGAGUUACUCACAGAGCAGCGCAGCCGUGUUGGUCAGUUGGGCGCUUCCAGGCGAUGAGGCAGCGGCUGCUGCCGCGGCGGCAUUCGAGAGACUCGGCUGC---GUCAUGG
(((((..((.((.((.((((((....)))))).)).)).))..)))))....(.((((.(((((...((((((....))))))..((((...)))))))))---.)))).) ( -45.40)
>DroAna_CAF1 110516 108 - 1
AAAAAUACUUACAGAGCAGAGCGGCCGUGUUGGUGAGCUGUGCACUUCCCGGCGAUGUGGCAGCCGCGGCGGCUGCGGCAGCGUUUGAGAGACUCGGCUGU---GUCAUGG
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>DroPer_CAF1 190083 104 - 1
----AAACUUACAAAGCAACGCCGCUGUAUUCUGCAGUUGGGCACUGCCCGGCGAUGAGGCAGCGGCAGCGGCUGCUGCGGCAUUCGUCAGACUCGGCUGC---GUCAUGG
----..............((((.((((...(((((.(((((((...)))))))((((..((((((((....))))))))..)))).).))))..)))).))---))..... ( -44.60)
>consensus
____AAACUUACAGAGCAACGCAGCCGUAUUGGUCAGUUGGGCACUGCCCGGCGAUGAGGCAGCGGCAGCGGCUGCGGCGGCAUUCGACAGACUCGGCUGC___GUCAUGG
...........((..((...(((((((..((..((.((((((.....))))))((((..((.(((((....))))).))..)))).))..))..)))))))...))..)). (-33.17 = -32.87 +  -0.30)

alignment

secondary structure

dotplot

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