Locus 4220

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 12,083,247 – 12,083,357
Length 110
Max. P 0.507284
window6663

overview

Window 3

Location 12,083,247 – 12,083,357
Length 110
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.76
Mean single sequence MFE -43.59
Consensus MFE -24.18
Energy contribution -26.93
Covariance contribution 2.75
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.55
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.507284
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12083247 110 + 22407834
-CAUGGAUCUGGUGACACCUGCUCCUGCUCC--UGGAGGAGUAGGUGGUGGAUCCG----UGUCCCUUUGAUUCUAGUACCAUGAGGGAUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU
-((((((((((....(((((((((((.(...--.).))))))))))).))))))))----))((((((((..........)).))))))((.(((((.(((....)))))))).)). ( -46.40)
>DroSec_CAF1 19599 110 + 1
-CAUGGAUCUGGUGACACCUGCCCCUGCUCC--UGGAGGAGUAGGUGGUGGAUCCG----UGUCUCUUCGAUUCUAGUACCAGGAGGGAUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU
-((((((((((....)....(((((((((((--....)))))))).))))))))))----))(((((((.............)))))))((.(((((.(((....)))))))).)). ( -44.92)
>DroSim_CAF1 19908 109 + 1
-CAUGGAUCUGCUGACACCUGCU-CUGCUCC--UGGAGGAGUAGGUGGUGGAUCCG----UGUCUCUUCGAUUCUAGUACCAGGAGGGAUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU
-((((((((..(...((((((((-((.(...--..).)))))))))))..))))))----))(((((((.............)))))))((.(((((.(((....)))))))).)). ( -43.12)
>DroEre_CAF1 19737 107 + 1
-CAGGGAUCUGGUGACACCUGCUCCUGCUCG--CGGAGGAGGAGGUGCAGGAUCCG----AGUUUCUCCGAUUCUAGUACCAG---UGGUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU
-(((((((((..((.(((((.(((((.(...--.).))))).))))))))))))).----.......(((.(((((.((....---)).)))))))))))..(((((...))))).. ( -40.40)
>DroYak_CAF1 20567 101 + 1
--------------ACACCUGCUCCUGCUCC--UGGAGGAGGAGGUGGAGGAUCCGUAGGAGGAUCUCCGAUUCUAGUACCAGGUGGGGUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU
--------------(((((((((((....((--(((...((((..(((((.((((......))))))))).))))....))))).)))))))(((((.(((....)))))))))))) ( -41.60)
>DroAna_CAF1 21271 103 + 1
UCUAGGAUAUGGUGACACCUGCUCCUGCUGGGGAGGAGGUGGAGGCGGGAGAUCCC--------UCCU------CAGUACCAGGAGUGGUAGAACGGCUGCGGCGGCAUCGCUGUGU
((((..((.(((((.(((((.(((((....))))).)))))((((.(((....)))--------.)))------)..)))))...))..))))......((((((....)))))).. ( -45.10)
>consensus
_CAUGGAUCUGGUGACACCUGCUCCUGCUCC__UGGAGGAGGAGGUGGUGGAUCCG____UGUCUCUUCGAUUCUAGUACCAGGAGGGAUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU
....((((((.....(((((.(((((.(......).))))).)))))..)))))).................((((...((....))..))))(((((.(((....))).))))).. (-24.18 = -26.93 +   2.75)

alignment

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secondary structure

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