| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 12,041,194 – 12,041,299 |
| Length | 105 |
| Max. P | 0.957413 |
| Location | 12,041,194 – 12,041,299 |
|---|---|
| Length | 105 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 75.80 |
| Mean single sequence MFE | -43.98 |
| Consensus MFE | -22.60 |
| Energy contribution | -23.72 |
| Covariance contribution | 1.12 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -2.31 |
| Structure conservation index | 0.51 |
| SVM decision value | 1.48 |
| SVM RNA-class probability | 0.957413 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 12041194 105 + 22407834 CGAUGGCAUCCAGUAUAAACUGGAUGGAAUGCGCCGUCCGUGGCAGCCACUCCAUGAUACGAGAGGUGGUCGAGACGGGC------GGUGUCGC---UGCAUCGCCGUCAUCCA .(((((((((((((....)))))))((...(((((((((((..(.(((((..(.........)..))))).)..))))))------)))))..)---).....))))))..... ( -50.10) >DroGri_CAF1 3055 111 + 1 CAAUGGCAUCCAGUAUGAACUGAAGAGAAUGCGCUGUGCGUGGUAACCAAUUCAUAAUGCGCGAUGUGGUUGAAGUGGUUGAUGGCUGACUCGU---UGCUUCGCUGUCAUCCA ((((.(((((((((....))))........((((((((..(((...)))...))))..))))))))).))))...(((.(((((((.(((....---.).)).))))))).))) ( -33.30) >DroEre_CAF1 2427 105 + 1 CGAUGGCAUCCAGUAUAAACUGGAUGGAGUGCGCCGUCCGUGGCAGCCACUCCAUGAUGCGGGAGGUGGUCGAAACGGGC------GGAGUCGC---UGCAUCGCCGUCGUCCA ((((((((((((((....)))))))(.(((((.((((((((..(.((((((((........))).))))).)..))))))------)).).)))---).)...))))))).... ( -56.00) >DroYak_CAF1 2287 105 + 1 CGAUGGCAUCCAGUAUGAACUGGAGGGAGUGCGCCGUCCGUGGCAGCCACUCCAUGAUGCGGGAAGUGGUCGAAACGGGC------GGUGUCGC---UGCAUCGCCGUCGUCCA (((((((.((((((....)))))).(.((((((((((((((..(.((((((((........)).)))))).)..))))))------)))).)))---).)...))))))).... ( -58.80) >DroAna_CAF1 2287 105 + 1 CGAUCGCAUCUAGGAUGAACUUGAUCGAUUGCGUCGUCUUAGGAAUCCACUCCAUUAUGCGGGAUGUGGUGGAAACCGGU------GGUACUAC---UGCAUCGCCAUCAUCGA ((((((.(((.((......)).)))))))))..(((.....((..(((((..((((......))))..)))))..))(((------(((.(...---.).)))))).....))) ( -31.50) >DroPer_CAF1 2130 108 + 1 CAAUGGCGUCUAAAAUGAAUUUUACGGAAUGCGCUGUGCGUGGUAGCCACUCCAUGAUGCGGGAUGUGGUUGAUACCGGU------GGCGGCGCAUCGGCAUCGGCAUCAUCAA .....((((((((((....))))).(((.((.((((.......)))))).)))..)))))..((((..((((((.(((((------(......)))))).))))))..)))).. ( -34.20) >consensus CGAUGGCAUCCAGUAUGAACUGGAUGGAAUGCGCCGUCCGUGGCAGCCACUCCAUGAUGCGGGAUGUGGUCGAAACGGGC______GGUGUCGC___UGCAUCGCCGUCAUCCA .((((((((((((......)))))).((.((((((......))).((((((((........))).)))))............................)))))))))))..... (-22.60 = -23.72 + 1.12)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:12:21 2006