Locus 4067

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 11,749,929 – 11,750,049
Length 120
Max. P 0.996127
window6407

overview

Window 7

Location 11,749,929 – 11,750,049
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.22
Mean single sequence MFE -31.15
Consensus MFE -28.80
Energy contribution -28.97
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 2.66
SVM RNA-class probability 0.996127
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11749929 120 + 22407834
CCUUUGUUGUUAUUGCCAUUGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGCGCCAUGUUCAACAGGCCAUUGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU
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>DroSec_CAF1 8269 120 + 1
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>DroSim_CAF1 7126 120 + 1
CCUUUGUUGUUAUUGCCAGGGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGCGCCAUGUUCAACAGGCCAUUGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU
.....((((((((((((((((......)))))))..((((.(((((((...((((((.((((.(((.......))).))))))))))))))))).....))))......))))))))).. ( -33.40)
>DroEre_CAF1 15408 120 + 1
CCUUUGUUGUUAUCGCCAGCGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGCGCCAUGUUCAACAGGCCAUUGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU
........(((((((((((.(......).)))))..((((.(((((((...((((((.((((.(((.......))).))))))))))))))))).....)))).........)))))).. ( -29.30)
>DroYak_CAF1 8638 120 + 1
CCUUUGUUGUUAUUGCCAGUGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGUGCCAUGUUCAACAGGCCAUAGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU
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>DroAna_CAF1 10158 120 + 1
CCUUUGUUGUUAUUACUGCGGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGCGCCAUGUUCAACAGGCCAUUGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU
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>consensus
CCUUUGUUGUUAUUGCCAGGGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGCGCCAUGUUCAACAGGCCAUUGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU
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alignment

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secondary structure

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