Locus 4066

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 11,749,770 – 11,749,880
Length 110
Max. P 0.882651
window6406

overview

Window 6

Location 11,749,770 – 11,749,880
Length 110
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.06
Mean single sequence MFE -34.68
Consensus MFE -27.70
Energy contribution -28.12
Covariance contribution 0.42
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.93
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.92
SVM RNA-class probability 0.882651
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11749770 110 - 22407834
---------GAGCUUAACGCUUUAAGCAGUCAUUGCAUUUAAUGGCUGCUUUGAGGUUUAUUAGCUGCUGAUUGUUAGCGUAAUUACAACUGCCUAGUAUUCUCGCCUAGUGCGG-AUAU
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>DroSec_CAF1 8110 110 - 1
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>DroSim_CAF1 6959 110 - 1
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>DroEre_CAF1 15234 105 - 1
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>DroYak_CAF1 8449 110 - 1
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>DroAna_CAF1 9994 120 - 1
AAGGCCAUAGAGCUUUACGCUUUAAGCAGUAGUUGCGUUUAAUUGCUGCUUUGAGGUUUAUUAGCUGCUGAUUGUCAGCAUAAUUACAUUUGCCUAAGCCAGCCAAAUAGUUCGGCUUAU
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>consensus
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..........((((.(((.(((.((((((((((((....)))))))))))).))))))....))))((((.....))))..........(((((((...........))).))))..... (-27.70 = -28.12 +   0.42)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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