Locus 4036

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 11,697,330 – 11,697,448
Length 118
Max. P 0.963077
window6358

overview

Window 8

Location 11,697,330 – 11,697,448
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.31
Mean single sequence MFE -30.23
Consensus MFE -26.77
Energy contribution -26.50
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 1.55
SVM RNA-class probability 0.963077
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11697330 118 - 22407834
GGAAUGCG--UACAGUCGCUUCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAUAAGCUGUGGUGAUGGAAGUUUUACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG
(((((((.--.((((((((((....(((((((..(((((((..(......)..))))))))))))))....))))...(((((........)))))...))))))...)))))))..... ( -28.90)
>DroSec_CAF1 158832 118 - 1
GGAAUGCG--UACAGUCGCUUCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAUAAGCUAUGGUGGUGGAAGUUUCACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG
(((((((.--.((((((((((....(((((((..(((((((..(......)..))))))))))))))....))))...(((((........)))))...))))))...)))))))..... ( -30.20)
>DroSim_CAF1 156405 118 - 1
GGAAUGCG--UACAGUCGCUCCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAUAAGCUGUGGUGGUGGAAGUUUCACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG
(((((((.--.((((((((((.(((((..(((((((((....)))))..))))..)))))..))))............(((((........)))))...))))))...)))))))..... ( -29.90)
>DroEre_CAF1 181833 118 - 1
GGAAUGCG--UACAGUCGCUACUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACACAAGCAGUGGUGGCGGAAGUUUCACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG
(((((((.--.(((((((((..(((((..(((((((((....)))))..))))..)))))...))).....(((.(((((.(((....)))))))))))))))))...)))))))..... ( -34.10)
>DroYak_CAF1 155566 118 - 1
GGAAUGCG--UACAGUCGCUCCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAUAAGCAGUGGUGGUUGAAGUUUGACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG
(((((((.--....((.((((.(((((..(((((((((....)))))..))))..)))))..)))).)).((((((((.(.(((..(...)..)))..).)))))))))))))))..... ( -29.00)
>DroAna_CAF1 163054 119 - 1
AGAAUGCGUGUACAUUCGCUUCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAGCAGCU-UGGUAGCUGAAAUUUGGCUCUUGAUUGUUUAGCAUUUUGUUUG
(((((((....(((.((.....(((((..(((((((((....)))))..))))..)))))((((((.....(((((-....))))).......)))))))).)))...)))))))..... ( -29.30)
>consensus
GGAAUGCG__UACAGUCGCUUCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAUAAGCUGUGGUGGUGGAAGUUUCACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG
(((((((....(((((((((.....(((((((..(((((((..(......)..)))))))))))))).....)))...(((((........)))))...))))))...)))))))..... (-26.77 = -26.50 +  -0.27)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:07:40 2006