Locus 3854

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 11,291,728 – 11,291,848
Length 120
Max. P 0.646887
window6072

overview

Window 2

Location 11,291,728 – 11,291,848
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.00
Mean single sequence MFE -49.52
Consensus MFE -40.61
Energy contribution -42.67
Covariance contribution 2.06
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.24
SVM RNA-class probability 0.646887
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11291728 120 + 22407834
GCAGUGUCAGGUGAAGAUACUGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGGACCGGCGACCAGGUCCUCGGAUCUGGUCUGGUUCCCUCCUGGCCACCAUUGCUACGCU
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>DroSec_CAF1 11199 120 + 1
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>DroSim_CAF1 11140 120 + 1
GCAGUGUCAGGUGAAGAUACUGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGGACCGGCGACCAGGUCCUCGGAUCUGGUCUGGUUCCCUCCUGGCCACCAUUGCUGCGCU
(((((((((((((.((...)).))))))).))))))((((......)))).......((((...(((((((((((((....)))))))))((((..((....))..))))..)))))))) ( -53.20)
>DroEre_CAF1 13581 120 + 1
GCAGUGUCAGGUGAAGAUACAGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGGGCCGGCGACCAGGGCCUCAGAUUUGGUCUGGUUCCCUCCUGGCCACCAUUGCUGCGCU
(((((((((((((.........))))))).))))))((((......)))).......((((((((((.((...(((..((((((...))))))..)))))))))))..((....)))))) ( -45.90)
>DroYak_CAF1 11068 120 + 1
GCAGUGUCAGGUGAAGAUACAGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGGGCCGGCGACCAGGUCCUCGGAUCUGGUCCGGUUCCCUCCUGGCCACCAUUGCUGCGCU
(((((((((((((.........))))))).))))))((((......))))...........((((((((((((((((....))))))))).(((..((....))..)))...)))).))) ( -52.10)
>DroAna_CAF1 10006 110 + 1
GCAGUGUCAGGUGAAGAUACUGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGUCCC--------GGUCCCGCGACCGGAUCUGGGUGCCUUUGG--AGCCACCAUUGCACC
(((((((((((((.((...)).))))))).))))))((((((((((((.(....((....))...--------.).))))))).))).))..(((((...(((--.....)))..))))) ( -44.80)
>consensus
GCAGUGUCAGGUGAAGAUACUGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGGACCGGCGACCAGGUCCUCGGAUCUGGUCUGGUUCCCUCCUGGCCACCAUUGCUGCGCU
(((((((((((((.........))))))).))))))((((......))))........(((...(((((((((((((....))))))))).(((..((....))..)))...))))))). (-40.61 = -42.67 +   2.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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