| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,117,583 – 11,117,703 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.633898 |
| Location | 11,117,583 – 11,117,703 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.54 |
| Mean single sequence MFE | -44.60 |
| Consensus MFE | -16.31 |
| Energy contribution | -15.28 |
| Covariance contribution | -1.02 |
| Combinations/Pair | 1.46 |
| Mean z-score | -2.44 |
| Structure conservation index | 0.37 |
| SVM decision value | 0.21 |
| SVM RNA-class probability | 0.633898 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 11117583 120 + 22407834 CUGUGGCAGUAGUUGGCGCAUAUAUUGCGGCUGAUUCUGUUGCAGAUACUGCAAUCCCUCUCCGGUAAUGCAGAGAUCAUGUGUGGCUAGCAAAUGGGAAAGCUUUUUGCUACCAGGCUU (((..((((.(((..(((((.....))).))..)))))))..)))...(((((..((......))...))))).......((.(((.(((((((.((.....)).)))))))))).)).. ( -45.60) >DroVir_CAF1 15012 117 + 1 CUGGGGCAGCACCUUGAGCAUGUACUGAUGGUGCGCUUGUUGCAUAUACUGUAAUCCCUCGCCGGUAAUGCACAAAUCAUUGGCGGACAGCAGCAUUGAAAUGUUCUUGCUGC---UCUU ..(((((((((....((((((....(((((.(((....((((((.....))))))...((((((((.((......)).))))))))...))).)))))..)))))).))))))---))). ( -40.80) >DroPse_CAF1 11674 116 + 1 GUGGGGCAGCAGCUGACGCAUAUACUGGGGUUGAUUGUGCUGUAGAUGCAGCAGUCCCUCGCCAGUAAUACACAGAUCGUGCGUGGCAAGCAUGGGAGAUAUGCUCUUGCUGC---GCU- ..((.(((((((((.((((((.((((((.(..(((..((((((....)))))))))...).))))))...........))))))))).((((((.....))))))..))))))---.))- ( -44.60) >DroSec_CAF1 10565 120 + 1 CUGUGGCAGUAGUUGGCGCAUAUAUUGCGGCUGAUUCUGUUGCAGAUACUGCAGUCCCUCUCCGGUAAUGCAGAGAUCAUGCGUGGCUAGCAAAUGGGAGAGCUUUUUGCUACCAGGCUU (((..((((.(((..(((((.....))).))..)))))))..)))...(((((..((......))...))))).......((.(((.(((((((.((.....)).)))))))))).)).. ( -48.20) >DroSim_CAF1 10800 120 + 1 CUGUGGCAGUAGUUGGCGCAUAUAUUGCGGCUGAUUCUGUUGCAGAUACUGCAGUCCCUCUCCGGUAAUACAGAGAUCAUGCGUGGCUAGCAAAUGGGAAAGCUUUUUGCUACCAGGCUU (((..((((.(((..(((((.....))).))..)))))))..))).(((((.((.....)).))))).............((.(((.(((((((.((.....)).)))))))))).)).. ( -43.80) >DroPer_CAF1 11742 116 + 1 GUGGGGCAGCAGCUGACGCAUAUACUGGGGUUGAUUGUGCUGUAGAUGCAGCAGUCCCUCGCCAGUAAUACACAGAUCGUGCGUGGCAAGCAUGGGAGAUAUGCUCUUGCUGC---GCU- ..((.(((((((((.((((((.((((((.(..(((..((((((....)))))))))...).))))))...........))))))))).((((((.....))))))..))))))---.))- ( -44.60) >consensus CUGGGGCAGCAGCUGGCGCAUAUACUGCGGCUGAUUCUGUUGCAGAUACUGCAGUCCCUCGCCGGUAAUACACAGAUCAUGCGUGGCUAGCAAAUGGGAAAGCUUCUUGCUAC___GCUU ....(((.((.(((.((((((((..((..((((.....(((((((...))))))).......))))....))...)).))))))))).((((((.((.....)).))))))))...))). (-16.31 = -15.28 + -1.02)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:01:56 2006