| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,901,536 – 10,901,656 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.894791 |
| Location | 10,901,536 – 10,901,656 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.78 |
| Mean single sequence MFE | -43.17 |
| Consensus MFE | -30.81 |
| Energy contribution | -32.15 |
| Covariance contribution | 1.34 |
| Combinations/Pair | 1.30 |
| Mean z-score | -1.93 |
| Structure conservation index | 0.71 |
| SVM decision value | 0.98 |
| SVM RNA-class probability | 0.894791 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10901536 120 - 22407834 UUGUAUUCAGUGGUCAACACACCACUUGUGGGCAGGGAAAGAGCGAUUGUGAUGGACGUGAACGAGUGCUUCGGUCACUUCUACACAUGCUUUGAUGUCCUGCUGACCAUCGGCGCCAUC ......((.((((((..((((.....))))(((((((..((((((..((((.((((.((((.((((...)))).)))).))))))))))))))....))))))))))))).))....... ( -43.80) >DroSec_CAF1 43116 120 - 1 UUCUAUUCAGUGGUCCACACACCACUUGUGGGCAGGGAAAGAGCGAUUGUGAUGGACGUGACCGAGUGCUUCGGGCACUUCUACACAUGCUUUGAUGUCCUGCUGACCAUUGGCGCCAUC ......(((((((((..((((.....))))(((((((..((((((..((((.((((.(((.(((((...))))).))).))))))))))))))....))))))))))))))))....... ( -48.30) >DroSim_CAF1 42495 120 - 1 UUCUAUUCAGUGGUCCACACACCACUUGUGGGCAGGGAAAGAGCGAUUGUGAUGGACGUGAACGAGUGCUUCGGGCACUUCUACACAUGCUUUGAUGUCCUGCUGACCAUUGGCGCCAUC ......(((((((((..((((.....))))(((((((..((((((..((((.((((.(((..((((...))))..))).))))))))))))))....))))))))))))))))....... ( -47.30) >DroEre_CAF1 41242 120 - 1 CUGUAUUCAGUGGUCAACACUCCACUGGUGGGCAGGGAAAGAGCAAUUGUGCUGGACGUGAACGAGUUGUUCGGGCACUUCUACACGGCCUUUGACGUUCUGCUGACCACUGGCGCCAUC ......(((((((((..((((.....))))(((((((..((((...(((((.((((.(((..((((...))))..))).))))))))).))))....))))))))))))))))....... ( -42.90) >DroYak_CAF1 42308 120 - 1 CUGUAUUCAGCGGUCAACACCCCACUUGUGGGCAGGGAGAGAGCCAUUGUGAUGGACGUGAACGAGGUGUUCGGCCAUUUCUACACUUCAUUUGAUGUGCUGCUGACCAUUGGUGCCAUC ..((((.(((.(((((.....(((....)))(((((((((..(((...((.....))..((((.....)))))))..))))).(((.((....)).)))))))))))).))))))).... ( -34.20) >DroAna_CAF1 45467 120 - 1 GUCUACGCCCUGUUCAAUAUCACGAAUGUUGGCAGGACAAGAGCCGUUGUCCUGGAUGUCCAUGUGGCCUUUGGCUAUAUGUACACCAGCUUCGAUAUUAUCCUGAAUACCGUAGCUAUC (.(((((...(((((((((...((((.(((((((((((((......))))))))..(((.(((((((((...))))))))).))))))))))))....)))..)))))).)))))).... ( -42.50) >consensus UUCUAUUCAGUGGUCAACACACCACUUGUGGGCAGGGAAAGAGCGAUUGUGAUGGACGUGAACGAGUGCUUCGGGCACUUCUACACAUGCUUUGAUGUCCUGCUGACCAUUGGCGCCAUC ......(((((((((..((((.....))))(((((((..(((((...((((.((((.(((..((((...))))..))).)))))))).)))))....))))))))))))))))....... (-30.81 = -32.15 + 1.34)
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